1671-ben a Wesselényi-összeesküvésbe bonyolódott fiát megmentette a vérpadtól 400 000 forint váltságdíj lefizetésével és azzal, hogy váraiba német őrséget fogadott. Később teljesen Kis Imre jezsuita ellenreformációs befolyása alá került. Még menye, a különben szintén katolikus Zrínyi Ilona sem maradhatott meg a munkácsi udvarban, miután enyhébb bánásmódot ajánlott a protestáns jobbágyokkal szemben.
Élete végén mindent elkövetett, hogy Zrínyi Ilona és Thököly Imre tervezett házasságát megakadályozza, azonban 1680. június 14-én elhunyt. Fiával, I. Rákóczi Ferenccel együtt az általa alapított kassai jezsuita Szentháromság-plébániatemplom kriptájában temették el. Halála után két évvel, 1682. június 15-én Zrínyi Ilona és Thököly megtartották esküvőjüket a munkácsi várban.
↑Miroslav Marek: Maylád de Szonyogszegh (angol nyelven). Genealogy.eu, 2009. január 30. [2012. október 16-i dátummal az eredetiből archiválva]. (Hozzáférés: 2012. október 4.)
↑Miroslav Marek: Báthori 2 (angol nyelven). Genealogy.eu, 2009. január 30. (Hozzáférés: 2012. október 4.)