Az újpesti megállóhely az esztergomi vasútvonal megnyitása után több mint egy évtizeddel létesült. Újpest község tanácsa 1906. szeptember 27-én kezdeményezte az Államvasútnál, hogy a környék gyárainak munkás- és lakosainak élelmiszerigényére tekintettel létesítsenek megállóhelyet a vasútvonalnak a községet érintő részén. A község a megállóhely kiépítésére 1000 koronát ajánlott fel. A kereskedelmi miniszter 1908-ban a létesítést jóváhagyta, ám Újpesttől az előzetes ígéretnél jóval több, 3500 korona hozzájárulást harcolt ki. Újpest (akkor már város) megállóhelye 1910. május 1-én nyílt meg a forgalom előtt.[1]
1955-ben a megállóhely Esztergom felőli végében tartották az újjáépített Újpesti vasúti híd (népnyelven Északi összekötő) avatási ünnepségét. A megállóhely régi épülete és peronja a vágány Angyalföld felőli oldalán helyezkedett el. Az 1970-es évektől kezdve a főváros úgy tervezte, hogy Újpest megállóhelynél épül meg az észak-déli metró új állomása, ettől kezdve a megállóhely ún. hídfőállomásként funkcionál majd.
1986-ban a magyar állam 130 millió forintot irányzott elő a megállóhely modernizálásához az 1990-ben átadott M3-as metróvonal újpesti szakaszán építéséhez kapcsolódóan.
A megállóhely peronját már korábban úgy alakították ki, hogy kétvágányos megálló lehessen. A 2017-ig csak a peron Újpest felőli (északi) oldalán álltak meg a vonatok, a déli oldalon ugyanis nem épült meg a vágány, ott egy fémkorlát zárta le az építményt. Az esztergomi vasútvonal fejlesztésének utolsó fázisában, 2016–2017 között épült meg a déli oldalon lévő vágány és az ahhoz kapcsolódó félperon.