הקיבוץ הוקם על ידי גרעין "ניר" של השומר הצעיר, שעבר הכשרה בניר דוד. הקיבוץ התארגן ביולי 1946 בראשון לציון ושלח את ראשוני חבריו לגבולות[3]. לאחר שהות של מספר חדשים במצפה גבולות, יצאו חברי נירים במוצאי יום הכיפוריםתש"ז, 6 באוקטובר1946, במסגרת עליית 11 הנקודות לנגב הצפוני. בגלל תקלה לוגיסטית, ההתיישבות לא הייתה במקום המתוכנן[4]. רק כעבור מספר חודשים עברו לנקודה המתוכננת, והתיישבו על כ-1,600 דונם[5] במקומו הראשון של הקיבוץ (ליד קיבוץ סופה של היום), שנקרא דנגור[6]. ברוב המקורות כתוב ששם זה הוא של שייח' ערבי שקברו היה בסביבה, אך למעשה אדמות אלה נקראו על שם רוכשן, הרב שלום דנגור, רבה של העיר סואץ בשנים 1907–1916[7].
בנירים היו באותה שעה 42 איש (30 חברים ו-12 חברות) שנשקם היה 14 רובים, ארבעה סטנים ומקלע אחד. במקום היה בית ביטחון מבטון ושאר המבנים היו מעץ. הלוחמים איישו את החפירות והעמדות. דודו אלון מונה למפקד הכוח.
את קומץ המגינים תקף גדוד חי"ר מצרי שמנה כאלף לוחמים, מחלקה של שישה משוריינים, מחלקת מרגמות "3 (שישה קנים) ומחלקת מקלעים כבדים, וכעשרים זחליליות נושאות נשק אוטומטי. התוקפים נסתייעו בגדוד ארטילריה ובטנקים.
בשעה 07:00 החלה הרעשת תותחים ומרגמות מכיוון רפיח, וטור ממונע, שכלל ארבעה טנקים קלים, מספר מכוניות משוריינות, 27 "נושאי ברן" ומספר מכוניות נושאות חיילים. בחיפוי אש נעצרו המכוניות במרחק 400 מטרים מנירים. החיילים המצרים ירדו מהרכבים, ובחיפוי אש החלו להסתער לעבר הגדרות ללא סדר. המגינים נצרו את נשקם, ובהגיע התוקפים למרחק 150 מטרים פתחו באש מדויקת. שריוני המצרים נעצרו משהבחינו על גדרות המשק בשלטים הכתובים אנגלית: "זהירות! מוקשים!". בחיפוי תותחים נסוגו המצרים בהשאירם במקום 35 הרוגים[9]. בהתקפה נהרגו שבעה מחברי נירים וששה נפצעו. בלילה נהרג ממוקש חבלן מחברי המשק. למחרת המשיכו המצרים להפגיז את המקום אך לא התקיפו אותו. עמידתה של נירים במערכה הועלתה על נס[10], ובעיתונות בישראל פורסמה ההערכה שכישלון ההתקפה על נירים גרמה למצרים להימנע מלנסות לכבוש את הנגב הצפוני, ובמקום זאת להתקדם ישירות על הכביש דרך עזה לכיוון אשדוד[11].
ההתקפות על נירים חודשו בנובמבר 1948 לאחר מבצע יואב וכיתור כיס פלוג'ה, כשהמצרים ביצרו את עמדותיהם[12] וביקשו להפעיל לחץ נגדי על ישראל[13]. בדצמבר הוציאו המצרים שתי התקפות של טנקים לכיוון נירים[14][15][16].
בתקופת ההפגזות על נירים התנהלו חיי המשק מתחת לקרקע. פרט לבית הביטחון נהרסו כל המבנים. מחדר האוכל נשאר קיר ועליו סיסמה, שנתלתה בחגיגות אחד במאי והייתה מאז סמל לכל הלוחמים: לא הטנק ינצח כי אם האדם. שמונת הנופלים נקברו במקום ולזכרם הוצבה אנדרטה צנועה[17]. לימים הוקמה במקום אנדרטת נירים ועליה סיפור הקרב.
לאחר המלחמה, בתחילת 1949 עבר הקיבוץ למקומו הנוכחי[17][18] ובשטחו המקורי הוקם הקיבוץ ניר יצחק. שטח הקיבוץ הוא כ-22,000 דונם.
עיקר פרנסתו של נירים היא על החקלאות. ענף גידולי השדה חולש על שטחים נרחבים וגידולים מגוונים ומעסיק עובדים מקצועיים רבים, מרביתם בני הקיבוץ. בנירים ענפים חקלאיים נוספים, כמו מטע האבוקדו, החממות והרפת, שהישגיהם המקצועיים הם מהטובים בארץ. נירים הוא גם אחד מהמשקים האורגניים הגדולים ביותר במדינת ישראל.
לקיבוץ שותפות במפעל 'נירלט' ובנוסף, חלק נכבד מחבריו מוצא את פרנסתו מחוץ לקיבוץ בעבודות בתחומי החינוך והאקדמיה, החקלאות, הרווחה ובריאות הנפש, ההנדסה והטכנולוגיה.
כיום מונה הקיבוץ כ-400 נפש, מתוכם כ-200 חברים, עוד 100 ילדים ו-40 תושבים המתגוררים במקום ונהנים מחיי קהילה עשירים וסביבה ירוקה ופורחת. בשנים האחרונות עובר הקיבוץ תהליך של שינוי אורחות החיים, ומעבר מקהילה שיתופית לקהילה המקיימת ערבות הדדית במודל 'רשת ביטחון'. מטרתו המרכזית של תהליך השינוי: לעודד צמיחה דמוגרפית וקליטת בנים, בשאיפה להמשיך לקיים במקום קהילה רב-דורית משגשגת.
קליטה
משנת 2015 ועד 2019 נקלטו בקיבוץ כ-53 חברים חדשים. הקיבוץ עודנו קולט משפחות חדשות במעמד של חברות מלאה.
ב-7 באוקטובר 2023, במסגרת מתקפת הפתע על ישראל, פלשו מחבלים מארגון הטרור חמאס לקיבוץ, טבחו בתושביו, רצחו תשעה מהם, וחטפו חמישה תושבים לרצועת עזה. לאחר שעות של קרבות של כיתת הכוננות של הקיבוץ, ולאחר מכן גם של כוח של יחידת דובדבן, הקיבוץ טוהר ממחבלים.
ביום העלייה לנירים בנגבהבדואים השכנים באים לראות בבנין הנקודה החדשה, המוכתר עם מספר חברים באו לקדםיום העלייה לנירים בנגב מכוניות רבות שקעו בחולות הסביבה וטרקטור עוזר לחלצן
