דיר ראפאת, יחד עם ארבעה כפרים נוספים, נכבשו על ידי חטיבת הראל ב-17–18 ביולי1948 במבצע דני. הכפרים היו בקו החזית מאז אפריל 1948 ורוב תושבי הכפרים הללו כבר עזבו את האזור לפני כן. רבים מאלה שנשארו ברחו כאשר כוחות ישראליים תקפו, והמעטים שנותרו בכל כפר גורשו. [4] במהלך שלושת החודשים הבאים ביצע צה"ל פיצוץ והריסת כפרים נטושים באזור, כולל דיר ראפאת.
בשנת 1992 תואר אתר הכפר: "האתר מכוסה בערימות גדולות של הריסות אבן וטרסות אבן; חלק מהאחרונות עדיין שלמות, בעוד שאחרות נהרסו וכעת מעורבות בהריסות הבתים. קקטוסים גדלים על הקצה הצפון מערבי של האתר. יש אוהלים של שבט הנגב של אל-סאני שחבריהם שכרו קרקע מהמנזר [מנזר דיר ראפאת], בעל אדמות הכפר. המנזר ממוקם 2 ק"מ מערבית לאתר, בראש חזיתו יש פסל גדול של מריה הבתולה, וחלקים מהמבנה מכוסים באריחים אדומים. בקצה המערבי של הכפר יש מעיין ובדרום שוכן בית קברות. בולט קבר אחד גדול. ממערב יש מטע זיתים גדול".
הערות שוליים
^Conder and Kitchener, 1883, SWP III, p. 13, Quoted in Khalidi, 1992, p. 287
^Government of Palestine, Department of Statistics. Village Statistics, April, 1945. Quoted in Hadawi, 1970, p. 102
^Government of Palestine, Department of Statistics. Village Statistics, April, 1945. Quoted in Hadawi, 1970, p. 152