ב-1957 השתחרר שמחוני מצה"ל והצטרף לקיבוץ גינוסר, שם עבד בדיג בכנרת ובענפי המשק השונים. בשנת 1960 התחתן עם חברת הקיבוץ אילנה דאר[4]. שמחוני הצטרף לצי הסוחר הישראלי ושירת כימאי באוניות א/מ פלמ"ח וא/מ פלי"ם של חברת הספנות הקיבוצית תרשיש. הוא התחיל כמלח פשוט והגיע לרמה של רב מלחים. הניסיון הימי שצבר בעבודתו גרם לכך שבהיותו אלוף נחשב על ידי הרמטכ"ל רפאל איתן כמועמד לפיקוד על חיל הים.[דרוש מקור]
פורסם כי היה מעורב בפרשת איראן-קונטראס[16]. אך לטענתו לא היה מעורב בשום צורה, אף לא בידיעה כללית.
לאחר שחרורו מצה"ל
לאחר שחרורו מצה"ל הקים חברת ייעוץ ותיווך, ושימש כיועץ לחברת "מזל"ט", חברה שהוקמה כשותפת בין תדיראן והתעשייה האווירית לישראל לשיווק כלי טיס בלתי מאוישים תוצרתם. עוד קודם, בעת שהיה נספח צה"ל בארצות הברית, סייע למנכ"ל החברה צבי שילר לקדם עסקה למכירת מזל"טים מסוג פיוניר לצי האמריקאי[17]. בשנת 1988 חשף ה-FBI פרשת שוחד בה היה מעורב מלווין פייזלי, תת-מזכיר הימייה בממשל האמריקאי[18]. מלווין פייזלי הודה בקבלת שוחד, ואדם נוסף, ויליאם גלבין, לוביסט ויועץ פרטי בעסקאות נשק, הודה במתן השוחד. שניהם חתמו על עסקאות טיעון עם התביעה האמריקנית, והפלילו את שמחוני ואת שילר[19]. בנוסף טען ה-FBI שבידיו הקלטה בה דנים שמחוני, שילר, פייזלי וגלבין בחלוקת 2 מיליון דולר דמי תיווך כביכול בעסקה למכירת תחנת בקרה קרקעית עבור המזל"טים (עסקה שלא יצאה לפועל לבסוף)[17]. בפרשה הייתה מעורבת חברה ישראלית נוספת בשם "פוקאל תעשיות"[20], שהייתה בבעלות שלמה וחיים זבלודוביץ', בעלי מפעל "סולתם"[18].
ב-1991 פתחה משטרת ישראל גם בחקירת הפרשה[17]. במאי 1993 הוגש נגד שמחוני כתב אישום בארצות הברית, שביקשה את הסגרתו[21]. לאחר עסקת טיעון מול משרד המשפטים האמריקאי, אשר כללה את כל המעורבים האחרים, למעט שמחוני שסירב לחתום, הפרשה נסגרה בלא שהוגשו כתבי אישום[22].
ניהול סולתם
בינואר 1989 מונה למנכ"ל מפעל הנשק "סולתם"[23], שהיה שקוע בהפסדים עקב שורה של זעזועים שספג, בהם ניתוק הקשרים הדיפלומטיים בין ישראל ואיראן, אליה הופנה חלק ניכר מייצוא החברה. בתחילת 1990 ספגה החברה מכה נוספת, כאשר צה"ל החליט על הפסקת פרויקט פיתוח התותח המתנייע ה"שולף"[24]. ב-1990 רשמה החברה הפסדים של יותר מ-60 מיליון ש"ח, והנהלת החברה הודיעה על כוונתה לפטר רבים מעובדי המפעל. בתגובה להודעת הפיטורים הושבת הייצור ועובדי המפעל התבצרו בו. פריצה בכוח לתוך המפעל בליווי כלבים אימתניים תועדה באמצעי התקשורת וזכתה לכינוי "ליל הכלבים"[25]. הפינוי הוביל לדיון ציבורי נרחב בתקשורת, וכעבור ימים אחדים שמחוני התפטר[26].
תפקידים נוספים
באוקטובר 1990 מונה במשרד החקלאות לממונה על היצוא החקלאי למזרח אירופה[27].