קיבוץ אבוקה עלה על הקרקע ב-11 ביולי1941 בעמק בית שאן, דרומית לקיבוץ נווה איתן, על אדמות שנרכשו ממשפחת אל-עלמי בידי הקרן הקיימת לישראל[1]. מייסדיו היו קבוצת אבוקה, מחניכי תנועת גורדוניה, שהגיעו לארץ ישראל בשנת 1934 והתיישבו בהכשרה בפרדס חנה. חברי הקבוצה עבדו בפרדסי המושבה ורכשו מחסכונותיהם פרות, תרנגולות, סוסים וכלי עבודה חקלאיים. באביב 1941 הציע להם פנחס לבון את הנקודה בעמק בית שאן, ולאחר שמשלחת שלהם סיירה במקום וחזרה עם דיווח חיובי, קיבלה הקבוצה את ההחלטה לעבור למקום. חלק מהחברים שלא היו מרוצים מההחלטה פרשו מהקבוצה.
בתחילה התיישבו חברי הקבוצה בחאן ערבי ישן בן שתי קומות, בנוי לבנים ומוקף חומת אבנים. בחאן הוקם מטבח והוכשרו חדרים למגורי משפחות. לחברים הבודדים הוקמו בתי קש. לרשותם הועמדו 2,000 דונם שהוכשרו לגידולי פלחה, ירקות ומטעים, הגם שרק 1,200 הוקצו להם באופן קבוע והשאר היו מיועדים לקיבוץ עין הנצי"ב[2]. למרות הימצאותם בין שני נחלים שזרמו בקרבתם הם נאלצו להביא מים ממרחק, ומים הייתה אחת הבעיות המרכזיות של המקום[3].
בפברואר1942 הצטרפו למקום חברי קבוצת "שדמות", אף היא מחניכי "גורדוניה", שעלו ב-1939 מאוסטריה ומפולין ושהו בהכשרה בהרצליה. האיחוד בין שתי הקבוצות הציל את משק אבוקה מקיפאון והכניס רוח חדשה בחיים החברתיים.
תוך שנה נבנו במקום ארבעה בתי קבע ומספר מבני משק, והקבוצה כללה 102 חברים ו-15 ילדים. חברי הקבוצה גידלו בשנה הראשונה 1,300 דונם תבואות חורף, 300 דונם תבואות קיץ, ו-50 דונם תלתן. כן קיימו רפת קטנה, לול עופות ועדר צאן, והמשיכו לעבד 300 דונם באזור ההכשרה שלהם בפרדס חנה[4]. באוקטובר 1942 נשרפו מטבח הקבוצה והמחסן בדליקה[5]. בשנת 1943 נקבע שהקיבוץ יישא את שמו של יצחק בן-יעקב[6]. באוגוסט 1944 חוברה הקבוצה לרשת החשמל[7].
בהמשך התרחבו ענפי המשק: גידול העופות התרחב, שדות הפלחה עובדו, גן ירק סודר, כרםגפנים ניטע, ברפת היו כחמישים ראשי בקר, וכן היו עדר צאן ובריכות דגים. בנוסף, נבנו בתי מגורים, מגדל מים, בתי מלאכה ומבנים נוספים, ומספר החברים הגיע ל-160. למרות המצב הכלכלי הטוב, החלו ויכוחים בין שתי הקבוצות, בעיקר בנושאי סידור עבודה והזכות לדיור בבתי הקבע. חברי אבוקה טענו שהם ותיקים יותר, ולכן זכאים לעדיפות בדיור בבתים החדשים. גם חינוכם והרגליהם של יוצאי רומניה היו שונים מיוצאי אוסטריה ופולין למרות השתייכותם לאותה תנועה.
הוויכוחים הבלתי פוסקים והיחסים האישיים המשובשים הכבידו מאוד על החיים במקום, ובסוף 1945 עזבו את המקום אחדים מהמייסדים של הקבוצה והנאמנים ביותר לדרכה. עזיבתם גרמה לזעוע קשה והשפיעה לרעה על הנשארים. בשנים 1946–1948 פרשו עשרות חברים נוספים. בינואר 1946 היו בקבוצה 70 חברים, שאליהם הצטרפו בתחילת פברואר 25 מעולי ספינת המעפילים אנצו סרני ששוחררו ממחנה המעצר בעתלית, והקבוצה תבעה תוספת כוח אדם[3].
תנועת חבר הקבוצות שלחה לאבוקה גרעינים שונים בתקווה שיישבו במקום באופן קבוע אך ללא הצלחה. באפריל 1948 הגיעה למקום קבוצת שגב מעולי בלגיה והקיבוץ גדל ל-160 חברים[8]. בשנת 1952 הונח צינור מים לשתייה[9]. באותה שנה נשארו במקום עשרים חברים שהחליטו לעבור ליישובים אחרים. ביוני 1953 אירעה שרפה בשדות הקיבוץ[10].
חברי הקיבוץ האחרונים עזבו את המקום[11], ובמקומם הוקמה במקום בשנת 1955 חווה חקלאית של "ייצור ופיתוח" להכשרת נוער, בשיתוף עם הגדנ"ע[12][13][14][15]. בספטמבר 1958 שימש המקום מחנה זמני לפועלים שעבדו באזור בקטיף כותנה[16]. החווה לא הצדיקה את עצמה כלכלית ונסגרה[17][18][19]. אדמות אבוקה נמסרו לעיבוד לקיבוצי הסביבה.
בנובמבר 1955 פוצצו חבלנים מירדן את הנגרייה ומכון המים במקום[20][21].
בשטחי אבוקה נמצאת שמורת טבע, שמורת אבוקה, המשמרת את שם הקיבוץ שננטש.
הנצחה
ב-11 בנובמבר2011 נחנכה אנדרטת "יד לאבוקה" במקום בו עמד הקיבוץ. האנדרטה, שעוצבה על ידי יליד אבוקה, יואב שרל, מורכבת משלדת טרקטור ועליה לוח זכוכית המנציח את המתיישבים ותולדות הקיבוץ. בשני צדי הטרקטור מופיעים שמות הגרעינים שעברו בקיבוץ.
