מיכאלי נולד ליצחק מיכאלוביץ וחנה רחל לבית פודחלבניק בעיירהקולו (Koło), פלך קאליש, שבפולין, אז חלק מן האימפריה הרוסית.
במשפחה היו שבעה ילדים. שלושה מתו בילדותם ונותרו שלושה בנים ובת זקונים. אמו באה ממשפחת סוחרים אמידה ופתחה עם אביו חנות לממכר סידקית. האב היה פעיל ציוני והמשפחה הייתה מסורתית. מיכאלי למד בילדותו ב"חדר" ואחר כך בבית ספר עברי.
אביו יצחק עלה לבדו לארץ ישראל ב-1906, בעקבות הבטחת חברת יק"א שיקבל נחלה להתיישב בה. אמו עלתה עם ילדיה לארץ בקיץ 1908 והמשפחה השתקעה במושבה מנחמיה. האב עבד כפועל שכיר, יק"א לא קיימה את הבטחתה והמשפחה התקיימה בדוחק רב. בעקבות מותה של הבת שפרה בקדחת ורצון האם לשוב לפולין עברה המשפחה ליפו ושם פגש האב ביצחק וילקנסקי, אז מנהל חוות בן-שמן, שהחליט להעסיק את האב בחווה כמדריך לפועלים חדשים. כאשר התברר לאביו שיק"א לא יכולה ליישבו הוא החליט בשנת 1910 לנסוע לארגנטינה ולחסוך שם כספים בעבודה על מנת לרכוש קרקע בארץ ישראל. האם חזרה עם ילדיה לפולין ופתחה שם שוב חנות לדברי סידקית. הבן הבכור הצטרף לאביו בארגנטינה.
באביב 1913 חזרו האב והבן הבכור לארץ ישראל, וחברת יק"א הסכימה ליישבם כאיכרים במושבה סג'רה שבגליל. בדצמבר אותה שנה הגיעה גם האם וילדיה לסג'רה. בצעירותו ארגן מיכאלי את בני הנוער בגליל במטרה לייעל את שיטות העבודה במשקים וכן לנסות ולהשתלב בהנהגת הוועדים במושבות. ב-1920 נטל חלק בוועידת היסוד של ההסתדרות וכן עבד בסלילת הכביש מחיפה לטבעון ולנהלל בראשית שנות ה-20. ב-1923 נבחר לוועד המושבה סג'רה ושימש כחבר הנהלת התאחדות האכרים בגליל התחתון.
בסתיו 1926 עזב מיכאלי את סג'רה ונשלח כחבר "הפועל הצעיר" לרחובות להדריך עולים חדשים.
ב-1927 הצטרף מיכאלי למייסדי מושב כפר יהושע וסייע בקידוח בארות המים שם. במאורעות תרפ"ט סייע בהגנת המושב במסגרת ההגנה. מאוחר יותר נבחר לשמש כמזכיר מועצת הפועלים בבנימינה.
פועלו בהרצליה
באביב 1931 עבר להתגורר בהרצליה, שימש כמזכיר לשכת העבודה המקומית ויזם את הקמתה של אגודת הצרכנים. ב-1933 נמנה עם מייסדי קופת מלווה וחיסכון של העובדים אותה גם ניהל במשך 15 שנים. כמו כן הקים את לשכת בני ברית בעיר ושימש כנשיאה.
מיכאלי נבחר כחבר המועצה המקומית בהרצליה עם כינונה בשנת 1936. מאוחר יותר נבחר לשמש כסגן ראש המועצה (התפקיד נקרא אז "סגן נשיא") ומשנת 1943 נבחר לשמש כראש המועצה[1].
זמן קצר לפני הכרזת העצמאות בשנת 1948, כאשר לא היה ברור עדיין אם ירושלים תשמש כבירת המדינה (כיוון שלפי תוכנית החלוקה לא נכללה בשטח המדינה היהודית), פנה מיכאלי במכתב לדוד בן-גוריון והציע לו שהרצליה תשמש כעיר הבירה של מדינת ישראל. נימוקיו לכך היו:
הרצליה נמצאת במרכז הארץ וקרובה לתל אביב.
העיר רחוקה יחסית מגבולות האזורים שעתידים להמסר למדינה הערבית.
הרצליה שמרה תמיד על יחסים טובים עם הערבים.
הרצליה היא העיר היחידה שנושאת את שמו של חוזה המדינה - בנימין זאב הרצל.
הדיון בהצעתו של מיכאלי נדחה למועד מאוחר יותר, שישה ימים לאחר שנשלח, תגובתו של בן-גוריון במכתב התשובה הייתה: "קראתי תזכירכם בעיון, לפי שעה אין עדיין מוסד מוסמך להחליט בשאלה שעוררתם. כשיוקם מוסד כזה – יובא בפניו תזכירכם לעיון והחלטה".
בשלב ראשון הוקמו משרדי הממשלה בשרונה (כיום-הקריה בתל אביב) ובסוף 1949 עברה הממשלה למערב ירושלים.
מיכאלי יזם את איחוד אזוריה השונים של הרצליה לישות מוניציפלית אחת והצליח להגדיל את שטח השיפוט העירוני עד לים. בתקופת כהונתו הוקם אזור התעשייה, נסללו כבישים פנימיים ומדרכות, חוף הים הוכשר לשימוש המתרחצים והחלה הקמתם של בתי מלון. האוכלוסייה גדלה בלמעלה מ-20,000 תושבים ובעקבות כך נוספו בתי ספר יסודיים, תיכוניים וגני ילדים.
מיכאלי נמנה עם מייסדי מרכז השלטון המקומי ושימש כיושב ראש שלו בשנים 1954–1955. כמו כן שימש כיושב ראש הנהלת אוצר השלטון המקומי, שגם אותו סייע להקים.
לאחר שהתפטר מראשות מועצת הרצליה ומהמועצה עצמה ביולי 1959 שימש כמנהל קופת הקואופרטיבים במרכז הקואופרציה ושימש גם כחבר הנהלת מפעל הפיס.
במהלך השנים כתב מיכאלי מאמרים וספרים רבים על נושאי השלטון המקומי וההסתדרות.
בן ציון מיכאלי הלך לעולמו בשנת 1995 ונטמן בבית העלמין בעיר מגוריו הרצליה. מיכאלי נשא לאשה את חנה לבית צפת ב-1942 ונולדו להם שני ילדים - רחל וישראל.
