עם פרוץ המערכה על צרפת שהה פלוון בלונדון מכוח תפקידו. ביוני 1940 כאשר הכריז שארל דה גול על הקמת צרפת החופשית נמנה פלוון על הראשונים שהודיעו על התמיכה בו. דה גול הכיר בכשרונותיו הארגוניים, והטיל עליו את ניהול משק הכספים של הארגון, ואת ניהול הקשר עם המושבות.[2]
באוגוסט 1940 נשלח על ידי דה גול ללאגוס על מנת להכשיר את התנאים להצטרפות מושבות אפריקה המשוונית הצרפתית אל צרפת החופשית. בלאגוס נפגש עם מושל צ'אדפליקס אבואה, ועם אישים נוספים אזרחים ואנשי צבא כגנרל פיליפ לקלרק, וחבורה זו תכננה תוכנית פעולה להעברתן של המושבות לתמיכה בצרפת החופשית. ב-24 באוגוסט הגיע אל פור לאמי, ושם הצליח להביא להכרזתו של אבואה ב-26 באוגוסט כי צ'אד תומכת בצרפת החופשית. לאחר מכן עברו רוב המושבות האחרות של אפריקה המשוונית הצרפתית אל צרפת החופשית.[3] בספטמבר 1941 צורף אל "הוועד הלאומי" שהקים דה גול כמעין ממשלה זמנית.[4] תפקידו היה הממונה על הכלכלה, הכספים והמושבות. בגלגוליו של הוועד הלאומי בשנים שלאחר מכן, עד סוף המלחמה, שימש פלוון בתפקידים מיניסטריאליים ביצועיים שונים, כשר הכלכלה ושר המושבות.
במסגרת מילוי תפקידו כינס פלוון בברזוויל ב-30 בינואר1944 ועידה של מושבות צרפת באפריקה. בוועידה בה נכחו אישים כשארל דה גול, פליקס אבואה ופליקס גואן התוו הנוכחים מתווה להפיכת המושבות האפריקאיות ל"איחוד צרפתי".[5] על אף שהחלטות הוועידה היו רובן בתחום המינהלי והתרבותי, שכן לא הייתה למתכנסים סמכות חוקתית לבצע שינויים במצב המלחמה והפילוג בו הייתה נתונה צרפת, הייתה זו אבן דרך חשובה בתהליך הדקולוניזציה של מושבות אלו.
במסגרת תפקידו כ"שר החוץ" של צרפת החופשית יצר פלוון קשרים הדוקים עם איש הסוכנות היהודית, הסופר אלבר כהן שניסה ליצור בסיס לשיתוף פעולה בין אנשי הסוכנות היהודית ואנשי צרפת החופשית. קשרים אלו שימשו כבסיס למדיניותו האוהדת של פלוון כלפי מדינת ישראל בשנים שלאחר המלחמה.[6]
ב-1945 נמנה פלוון על מקימי "האיחוד הדמוקרטי והסוציאליסטי של הרזיסטאנס" (Union démocratique et socialiste de la Résistance), הידועה בראשי התיבות UDSR. מקימיה של המפלגה היו אנשי הפלגים הלא קומוניסטים של הרזיסטאנס, ורצו להקים מפלגת פועלים מתונה ברוח אנשי הרזיסטאנס. למפלגה הצטרפו אישי מרכז ושמאל ידועים, וביניהם פרנסואה מיטראן. יוזמה זו נכשלה בשל הקמתם וארגונם מחדש של גופים מתחרים כגון המפלגה הסוציאליסטית הצרפתית והמפלגות הגוליסטיות, שמשכו רבים מאנשי הרזיסטאנס לשעבר. לאחר הקמתה זוהתה המפלגה עם המפלגה הרדיקלית מהרפובליקה הצרפתית השלישית, שעל אף שמה נתפסה כמפלגת מרכז ובמשך שנים רבות החזיקה בשלטון. בשנת 1947 נמנתה ה-UDSR על מייסדי האינטרנציונל הליברלי. פלוון שימש כיושב ראש המפלגה בין 1946 ל-1953.
בשנת 1947 התחולל משבר ממשלתי, בו מוריס תורז, סגן ראש הממשלה מטעם הקומוניסטים, עזב ביחד עם חברי מפלגתו את הקואליציה של פול רמדיה. ה-USDR השתתפה בקואליציה חדשה של מפלגות מרכז. במסגרת זו שימש פלוון כשר ההגנה בממשלתו של ז'ורז' בידו החל מאוקטובר 1949.[7]
ביוני 1950 נפגש פלוון עם הנספח הצבאי של צה"ל בפריז, האלוף דוד שאלתיאל. בפגישה, בה נכח גם שר הפנים ז'יל מוק הציגו הצדדים את עמדותיהם. פלוון הכריז כי הוא רואה בצה"ל מכשול כלפי חדירה סובייטית למזרח התיכון, ושאלתיאל פרש בפניו אפשרויות לסיוע ביטחוני צרפתי לישראל. הפגישה גיבשה מדיניות צרפתית של שיתוף פעולה וסיוע לישראל, שנותרה בעינה עד למשבר האמברגו הצרפתי על ישראל בסוף שנות ה-60.[8]
כהונותיו כראש ממשלה
לאחר פרישת הקומוניסטים מן הממשלה עלה רעיון "הכוח השלישי", של ממשלות המתבססות על גורמים פוליטיים בספקטרום שאינו כולל את הקומוניסטים משמאל ואת הגוליסטים מימין. רעיון זה הביא למעשה לשלטון סיעות הקתולים בתמיכת המפלגות הרדיקליות הקטנות, כאשר הסוציאליסטים משחקים תפקיד משני, ממשלות שאף הן נטו להתפרק כעבור זמן קצר.[9] במסגרת זו זכה גם פלוון, שעמד בראש מפלגת מרכז שמאל קטנה, לשתי כהונות קצרות בראשות הממשלה.
פלוון נבחר בראשונה כראש ממשלת צרפת ביום 12 ביולי1950. הוא נבחר ברוב של 373 קולות נגד 185, הרוב הגדול ביותר של קולות בו זכתה ממשלה מאז ממשלת רמדייה ב-1947.[10] בתקופת כהונתו דחף פלוון למימוש תוכניתו של רובר שומאן ליצירת קהילת הפחם והפלדה האירופית ולקידומה. במדיניות החוץ נקט במדיניות פרו אמריקאית, וניסה לתאם את פעולותיה של צרפת, המעורבת במלחמת הודו סין הראשונה עם פעולותיה של ארצות הברית המעורבת במלחמת קוריאה. במסגרת זו נסע לארצות הברית בינואר 1951 ונפגש שם עם הנשיא אייזנהאואר.[11] באותה התקופה העלה רעיון ליצירת צבא אירופי משותף, בו ישתתפו גם גרמניה המערבית ואיטליה.[12] ב-28 בפברואר1951 התפטר בשל כך שלא הצליח לקדם יוזמה לשינוי שיטת הבחירות.[13] באוגוסט 1951 קיבל פלוון הזדמנות נוספת לעמוד בראשות הממשלה. על הפרק עמד מימונם של בתי הספר הקתוליים בצרפת, שנתפס כנושא בעייתי בשל מחויבותה של צרפת למדיניות חילונית. פלוון, קתולי בעצמו, נתפס כאדם שביכולתו למצוא פתרון גמיש למשבר. ב-11 באוגוסט 1951 נבחר פלוון שוב לראש הממשלה, שנתפסה כממשלה ימנית ושמרנית.[14] גם ממשלה זו לא החזיקה מעמד זמן רב, וב-20 בינואר1952 פרש פלוון מתפקידו.
שר בממשלות צרפת
פלוון המשיך למלא תפקידים מרכזיים בממשלות צרפת, ושימש בתפקיד שר ההגנה. הוא ניסה לקדם את תוכניתו ליצירת צבא אירופי, אך זו לא הייתה מקובלת על הגוליסטים, הקומוניסטים והסוציאליסטים. כן הטיף לנקיטת יד קשה במלחמה בהודו-סין. בתקופת כהונתו כשר ההגנה נחלה צרפת את התבוסה הקשה בקרב דיין ביין פו ב-1953 הודח מתפקיד יושב ראש ה-UDSR, והוחלף בפרנסואה מיטראן שתמך בשיחות שלום בהודו-סין. ב-1957 התבקש על ידי הנשיא רנה קוטי להרכיב ממשלה.[15] הוא כשל ולא מונה בשלישית לראש הממשלה. ב-1958 מונה לשר החוץ האחרון של הרפובליקה הרביעית.
בשנת 1969 שב ומונה לכהונת שר המשפטים בממשלתו של ז'אק שבאן-דלמאס. הוא שימש בתפקיד זה עד שנת 1973. כאשר כשל בבחירות לפרלמנט בשנה זו, פרש מהפוליטיקה הלאומית, ופעל כנשיא למועצה לפיתוח מקומי בחבל מולדתו ברטאן. בשנת 1993 מת מהתקף לב. הוא היה אלמן, והותיר אחריו שתי בנות.