בעין נקובא מתגוררים כ-3,700 תושבים (נכון לשנת 2022), והוא היישוב הגדול ביותר במועצה האזורית מטה יהודה.
היסטוריה
היישוב הוקם בשנת 1962 על ידי פליטים מהכפר בית נקובא שתושביו עזבו אותו במלחמת העצמאות, ולא הורשו לחזור אליו לאחריה (על מקומו נבנה המושב בית נקופה). תושבי בית נקובא התגוררו באבו גוש עד 1962, אז קיבלו שטח להקמת ישובם בצמוד לכפר עין ראפה (שמקור תושביו בכפר סובא). בשנת 1976 התפצל היישוב עין נקובא מעין ראפה והוכר כיישוב עצמאי.