בה' באדר תשס"ב פברואר 2002 נרצח בפיגוע טרור בקניון קרני שומרון תלמיד נוסף מהישיבה.
תפיסה חינוכית
תלמידים בעלי הפרעת קשב ריכוז והיפראקטיביות מתקשים לממש את הפוטנציאל שלהם בכיתות הרגילות. רבים מהם סובלים גם ממגוון ליקויי למידה נוספים. הישגיהם הנמוכים בבית הספר עלולים לפגוע בהערכה העצמית שלהם. מתבגרים עלולים לנשור ממסגרות חינוכיות, ובחברה הדתית - גם להתנתק ממחויבויות דתיות.
מטרת ישיבת בני חיל לאפשר לתלמיד לממש את מלוא יכולותיו באווירה תורנית. חלק מהתלמידים עברו כבר בתי ספר אחדים, והגיעו לישיבת בני חיל לאחר שלא השתלבו במסגרות קיימות.
המסגרת הלימודית בישיבה כוללת תוכנית לימודים מלאה לתלמידי כיתות ט' עד י"ב. מספר התלמידים בכיתה אינו עולה על 15, כדי לאפשר התייחסות מלאה לצרכים המיוחדים של התלמידים. מחנך הכיתה נוכח במקום בכל שעות הלימודים ומסייע למקד את תשומת לב הנערים בחומר הנלמד. צוות החינוך המיוחד עובד עם התלמידים באופן פרטני, מסייע להם בהבנת החומר הלימודי ומדריך אותם כיצד להתגבר על ליקויי הלמידה השונים.
