עם פרוץ מלחמת העולם השנייה פעל צוקרמן בלבוב בירתה של אוקראינה המערבית, שם עסק בארגון מסגרת תנועתית במחתרת. באפריל 1940 שב על פי בקשתו לוורשה, הבריח גבולות תחת סיכונים, והפעיל את מרכז החלוץ בוורשה ברחוב דזיעלנא 34, מרכז זה היווה נקודת-מוקד ליהדות פולין לפני הקמת הגטו ולאחריו. כמו כן עסק בשיקום התנועה במחתרת, והפך לאחד המנהיגים הבולטים של המחתרת בוורשה ובפולין כולה. ארגן סמינרים וכנסים חשאיים וכך ארגן את הגימנסיה דרור - החלוץ. בין השאר אף ערך במשותף עם אליהו גוטקובסקי את האנתולוגיה "פיין און גבורה" שהודפסה במחתרת בגטו ורשה והופצה בין הגטאות השונים ושימשה צעירים רבים כהכשרה רעיונית לקראת המרד. ביקר באורח לא חוקי בגטאות בשטח הכיבוש הגרמני, היה פעיל בהתארגנות ובהכוונה של הסניפים והתאים של תנועתו בערי השדה ובארגון והכשרות בתנאי המחתרת. הוא היה בקשר עם נציגי ארמייה קריובה באמצעות אירנה אדמוביץ'.
כשהחלו להגיע ידיעות מווילנא על רצח המוני של יהודים החליט צוקרמן (בניגוד לדעתם של רבים שסירבו להאמין) שחייבים להקים ארגון שילחם בגרמנים. וביום השני לשילוח הגדול מגטו ורשה, 23 ביולי 1942, יזם צוקרמן כינוס של נציגי הכוחות הציבוריים המאורגנים במחתרת ותבע מהם לקרוא לציבור ולגלות התנגדות פעילה לשילוח מהגטו.
ב-28 ביולי 1942 השתתף בישיבה מצומצמת של ראשי תנועות חלוציות, ובה הוחלט על הקמת הארגון היהודי הלוחם (אי"ל), וצוקרמן נבחר לחבר המפקדה של הארגון.
בסוף חודש אוקטובר 1942 הוקם הארגון היהודי הלוחם שאיגד בתוכו את מרבית הכוחות הפועלים בגטו. צוקרמן מונה לסגנו של המפקד מרדכי אנילביץ', והיה אחראי לחימוש, חבר הנשיאות של הוועד היהודי הלאומי ומזכיר וועדת התיאום.
בדצמבר 1942 השתתף צוקרמן בהתקפה על בית הקפה "ציגנריה" בקרקוב, שם ישבו כדרך קבע קצינים גרמנים ונפצע ברגלו, אך הצליח לחזור לגטו ורשה.
לאחר נפילתו של מרדכי אנילביץ' בחודש מאי 1943, מונה צוקרמן למפקד אי"ל, עמד בראש כל הארגונים היהודיים הלוחמים בערי פולין ופיקד על יחידת לוחמים יהודית בימי המרד הפולני של שנת 1944.
במהלך המרד שהה מחוץ לגטו על מנת לספק נשק ללוחמים. הוא ארגן את חילוץ שרידי הלוחמים בגטו, ביניהם מי שתהיה אשתו, צִבְיָה לוּבֶּטְקִין, שאף היא הייתה ממנהיגות אי"ל. גם לאחר דיכוי המרד המשיך צוקרמן בלחימה, ואף עמד בראש אנשיו בפלוגה שלחמה לצד הארמייה לודובה במהלך מרד ורשה, באוגוסט 1944.
בינואר 1945 שוחררו צוקרמן ואשתו בידי הצבא הסובייטי. צוקרמן, סטפן גראייק וחברים מבין לוחמי הגטאות הגיעו ללובלין. כאן הם פגשו את אבא קובנר וחברים מבין הפרטיזנים ודנו בשאלה "מה עכשיו". קובנר טען שעכשיו יש לעלות לארץ ישראל ובדרך לנקום. צוקרמן טען שעכשיו יש להישאר כאן ולהכין את התשתיות לקלוט את השורדים שיגיעו מהמחנות, מהמחבואים, מהיערות. ואין לעסוק בנקמה. ב-2 בינואר 1945 הם הכריזו על הקמת "ועד הבריחה". לא ברור איך נבחר השם. קובנר יצא לדרך בראש קבוצה של שורדים, שירדו לרומניה בכוונה להגיע לארץ דרך טורקיה. צוקרמן נשאר והתרכזו בטיפול ב"שארית הפליטה" של יהדות פולין וביציאתם מפולין במסגרת ארגון "הבריחה". יצחק צוקרמן עלה לארץ ב-29 באפריל1947 באוניית הנוסעים קורינתיה. משעלה לארץ היה פעיל בהנצחת פעולות הארגון היהודי הלוחם, ובשימור מורשת הגבורה של הפועלים במסגרתו.
היה ממקימי קיבוץ לוחמי הגטאות והקים בו את מוזיאון בית לוחמי הגטאות להנצחת השואה, הגבורה והמרד. צוקרמן העיד במשפט אייכמן והקריא בו את המכתב האחרון שקיבל ממרדכי אנילביץ' מיום 23 באפריל1943, בזמן הקרבות בגטו. כתביו על נושא הלחימה היהודית בגטאות יצאו בספרים לאחר מותו.
המרכז הלימודי בבית לוחמי הגטאות הוקדש לזכר הזוג צביה ויצחק צוקרמן ונושא את שמם. גם רחוב "צביה ויצחק" בחיפה ובבאר שבע ובשכונת גילה בירושלים, נקרא על שמם.
ב-1968 סיפר צוקרמן על הרהורים שעלו בלבו לגבי השפעת מצבו האישי כבחור צעיר ללא ילדים משלו, על בחירתו בהתנגדות מזוינת:
"נמרצים היינו, קשוחים היינו, ראינו רק עניין אחד לבד, רק מטרה אחת: המאבק בגרמנים. לימים, לפני 20 שנה, כבר פה בארץ, כשיצאתי באחד מימי האביב לטייל, ולידי בני בכורי הפעוט – עלתה פתאום מחשבת סרק במוחי: הגטו, האקציה – אני ופעוטי לידי, מה הייתי עושה?".[1]
בשנת 1981 הלך צוקרמן לעולמו בגיל 66, ונקבר בקיבוצו לוחמי הגטאות. בבית לוחמי הגטאות בקיבוצו קרוי על שמו "המרכז הלימודי ע"ש צביה ויצחק צוקרמן", המקיים סדנאות לימודיות.
בשנת 2001 יצא לאור סרט הטלוויזיה "התקוממות" אודות מרד גטו ורשה בו מגולמת דמותו של צוקרמן על ידי השחקן דייוויד שווימר.
משפחתו
אחותו שרה (סוניה) פרידלנד, ילידת 1914, עלתה ארצה טרם מלחמת העולם השנייה.
אחיו הבכור, אברהם צוקרמן, יליד 1907, עבר להתגורר בברית המועצות טרם מלחמת העולם השנייה ולאחר המלחמה לא נוצר ביניהם קשר שוב. ייתכן שאברהם נרצח בידי הסובייטים.
אחותו לנה (Lesha) בורשטיין, ילידת 1911, נרצחה יחד עם בעלה, דוד, בנה הקטן, בנציון, ויחד עם הוריה, שמעון ורבקה, ביער פונאר הסמוך לווילנה.
היה נשוי לצביה לובטקין, לשניים היו שני ילדים שמעון (1947) ויעל (1949).
קאפיטלען פון עיזבון / יצחק צוקערמאן (אנטעק); (געבראכט צום דרוק שמואל באראנטשוק [=ברנצ'וק], ראובן יציב), לוחמי הגטאות: בית לוחמי הגיטאות והקבוץ המאוחד, תשמ"ב-1982. (ביידיש)
פרקים מן העזבון / מאת יצחק צוקרמן (אנטק); (תרגם מכתב-יד ביידיש: ק. א. ברתיני; התקין לדפוס: שלמה דרך), לוחמי הגיטאות: בית לוחמי הגיטאות, תל אביב: הקיבוץ המאוחד, תשמ"ב-1982.
בגיטו ובמרד (ערך והביא לדפוס: שלמה דרך), לוחמי הגיטאות: בית לוחמי הגיטאות, תשמ"ה-1985.
יציאת פולין: על "הבריחה" ועל שיקום התנועה החלוצית (ערכו והביאו לדפוס: שלמה דרך, שלמה אבן שושן, יודקה הלמן), לוחמי הגטאות: בית לוחמי הגיטאות, 1988.
שבע השנים ההן: 1939–1946 / יצחק צוקרמן (אנטק); (ערך והביא לדפוס: עמנואל ביחובסקי), לוחמי הגטאות: הקיבוץ המאוחד, 1990. (יצא לאור לאחר מותו.)
פיין און גבורה - אין דעם יידישן עבר אין ליכט פון דער קעגנווארט (ענות וגבורה בעבר היהודי לאור המציאות של ימינו), / בעריכת יצחק צוקרמן ואליהו גוטקובסקי, הוצאת תנועת דרור בגטו ורשה תמוז ת"ש (יולי-אוגוסט 1940). (הוצאה מחודשת בתרגום לעברית - דרור לנפש 2011)
ספר מלחמות הגיטאות: בין החומות במחנות ביערות / ערוך בידי יצחק צוקרמן, משה בסוק, תל אביב – לוחמי הגטאות: הקיבוץ המאוחד – בית לוחמי הגיטאות ע"ש יצחק קצנלסון, תשי"ד-1954. (במהדורה הבאה יצא בשם "מלחמות הגיטאות".)
ספרים ומאמרים לזכרו
שלמה אבן שושן, ארנסט הורביץ, גיל אלדמע, מן המיצר שירים מן הגיטאות והמחנות ושירי המרד, (סדרת ספרים ע"ש יצחק צוקרמן), מו"ל : לוחמי הגיטאות, הקיבוץ המאוחד, 1987.[3]
חוי דרייפוס, "כתביו של אנטק צוקרמן : עד ומקור, מנהיג ואדם", ילקוט מורשת, כרך 92-93 (תשע"ג), עמ' 117-132
לקריאה נוספת
ניר איציק, יצחק (אנטק) צוקרמן ועדויותיו על הארגון היהודי הלוחם בגטו ורשה, עבודת גמר לתואר שני, אוניברסיטת ת"א, 2018.
ניר איציק, "עדויותיו של יצחק (אנטק) צוקרמן מימי המלחמה ועד ל-שבע השנים ההן - עיון מחודש", ילקוט מורשת, כרך 99 (תשע"ט), עמ' 126-91.
^אתר הספרייה הלאומית, ערך : גיל אלדמע, "מן המיצר שירים מן הגיטאות והמחנות ושירי מרד", שלמה אבן שושן, ארנסט הורוביץ, גיל אלדמע, (סדרת ספרים ע"ש יצחק צוקרמן), לוחמי הגיטאות, הקיבוץ המאוחד, 1987, ספר גיטו 2, 179 עמודים