נולד בליבורנו שבאיטליה ב-8 בינואר 1882 ללאורה ולרב אהרון יהונתן פראטו. אמו הייתה בתו של משה מוסקאטו, בן למשפחת הרבנים אוטולנגי. בילדותו למד בבתי הספר הממשלתיים ובתלמוד תורה של הקהילה היהודית, ומשם המשיך לבית המדרש לרבנים בעיר, שם למד עברית אצל הרב אליהו בן אמוזג, וקיבל את התואר "משכיל" ("יודע תורה").
בשנת 1904 (ה'תרס"ד) החל לשמש כמורה בבית הספר של הקהילה היהודית בפירנצה, ולאחר מספר שנים מונה למנהלו. בבית הספר הכניס לראשונה את הוראת השפה העברית לתוכנית הלימודים, ולשם מטרה זו הביא מורה מארץ ישראל. במקביל לעבודתו כמורה, למד בבית המדרש לרבנים בפירנצה, שם למד בין היתר אצל הרב צבי פרץ חיות והרב שמואל צבי מרגליות. במקביל למד פילוסופיה וספרות לטינית באוניברסיטה המקומית, ובסיום לימודיו קיבל תואר דוקטור, על סמך חיבורו "אדריאנוסקיסר בתלמוד ובמדרש". לאחר מכן שימש כמורה לספרות האיטלקית והיסטוריה בבתי הספר של הממשלה, ולפי המקובל במדינה, קיבל תואר פרופסור לספרות ולהיסטוריה.
בשנת 1905 (ה'תרס"ה) נישא לרחל (קורינה) בת יוסף סרבי.
כשנוסד בפירנצה ועד למען יהודים פליטים מאתיופיה, פעל בו יחד עם הרב שמואל צבי מרגליות ויעקב פייטלוביץ'.
בפעילותו העיתונאית שימש כסופרו האיטלקי של "ל'אוניברס איזראליט" הצרפתי, לקח חלק בהוצאת כתבי העת "לוקס" ו"אנטולוגיה הבראיקה", נמנה עם מייסדי ומנהלי השבועון "סטימאנה איזראליטיקה"[1], ובמשך שנים רבות ערך את השבועון לנוער של כתב העת "ישראל".
עם סיום מלחמת העולם הראשונה נשלח מטעם ממשלת איטליה לטריפולי שבלוב, לשם ארגון הקהילה היהודית המקומית, כדרישת החוק לשלבם במערכת הארגון האיטלקי. הודות לפעילותו שם קיבל אות כבוד מהשלטון.
כשעסק יחד עם ידידיו דן לאטס, אלפונסו פצ'יפיצ'י ואחרים בפעילות לחיזוק רוח הדת ביהודי איטליה שהחלו להיטמע באוכלוסייה המקומית, התוודע לציונות ובועידת סן רמו נלווה אל חיים ויצמן, ושימש כמזכירו האישי בשליחות זו. בעזרת ידידיו אלו גם פעל ליצירת תנועה ציונית גדולה באיטליה.
בשנת 1922 (ה'תרפ"ב) פרש מתחום ההוראה, והחל לשמש כמזכיר הראשי של הפדרציה הציונית והקרנות הציוניות באיטליה ומושבותיה, וייצג אותה בקונגרס הציוני ה-13 בקרלסבד. כן השתתף בוועידה העולמית של היהודים הספרדים, שהתכנסה אז שם, ובה הוכרז על ייסוד ההסתדרות העולמית של היהודים הספרדים. בהמשך אף שימש כנציג יהודי מצרים בקונגרס הציוני בציריך, והשתתף בהכנות לייסוד הקונגרס היהודי העולמי. במקביל לתפקידו כמזכיר, ייסד באיטליה אגודות לאומיות להפצת תרבות, חברות חסד ומועדונים לנוער.
לאחר פטירת הרב רפאל דלה-פרגולה, רבה של אלכסנדריה שבמצרים, נבחר בשנת 1927 (ה'תרפ"ז) לשמש כרב העיר תחתיו. באלכסנדריה פעל לקרב את בני הקהילה אל היהדות, ועל ידי גיוסם לפעילות קהילתית, הרחיקם מהתרבות האיטלקית והצרפתית שנטמעה בהם. כן ייסד בעיר ישיבה גדולה שבה למדו צעירים יהודים, והיה מוסר בה הרצאות שבועיות בענייני הרוח וחכמת היהדות. בישיבה אף נמסרו שיעורים לעברית, תורה, ספרות והיסטוריה ישראלית. כשביקרו חיים נחמן ביאליק, נחום סוקולוב ודוד ילין באלכסנדריה מספר פעמים, מסרו שיעורים במוסד.
בהשפעתו על הקהילה נוסדו בעיר בית החולים היהודי הגדול, בית יתומים, שני בתי אבות, בית כנסת על שם הרב אליהו בכור חזן ובית ספר חדש על שם הרב דלה-פרגולה. כן הנהיג לימוד עברית בכל בתי הספר של הקהילה, גם עבור תלמידים יהודים מבתי הספר הכלליים של האנגלים, הצרפתים והאיטלקים, והביא לשם מטרה זו מורים מארץ ישראל.
באלכסנדריה הוציא לאור וערך את הירחון "אילוסטראסיון ג'ואיף" ("עיתון עברי מצויר", שחלקו הודפס בצרפתית וחלקו בעברית ברמה ספרותית גבוהה, ונמנה עם הירחונים העבריים הנחשבים בעולם) ולאחר מכן את הירחון "המחברות היהודיות". כן ייסד בעיר את "אגודת הצעירים היהודים", כמענה ל"אגודת הצעירים הנוצרים", שאליה נהג הנוער היהודי ללכת לפני שייסד את המקבילה היהודית. בעזרת אגודה זו משך את הנוער לציונות ולפעולות תרבותיות.
הודות לפעילותו באלכסנדריה, קיבל מאת ממשלת איטליה אות כבוד בשם "גראנד אופיצ'אלה", מלבד שני אותות כבוד נוספים שקיבל עוד באיטליה, על פעילותו למען פצועי מלחמת העולם הראשונה.
בשנת 1930 (ה'תר"ץ) הוצעה לו משרת הרב הראשי ליוון, אך סירב בשל רצונו להמשיך בפעילות בקהילתו באלכסנדריה.
הרב פראטו ביקר בארץ ישראל מספר פעמים, והקדיש זמן רב לביסוס היישוב ולחיזוק הקשרים בין ישראל למצרים. בשל היותו מומחה למשפט עברי, הוזמן להעיד במשפט ירושה של משפחה יהודית בבית הדין העליון האנגלי במומבאי שבהודו. כן סידר לנחום סוקולוב את ראיונו אצל פואד מלך מצרים.
בחודש אוגוסט 1936 (אלול ה'תרצ"ו) החל לשמש כרבה הראשי של רומא שבאיטליה, כמנהל בית המדרש לרבנים ברומא וכיועץ רבני לברית הקהילות.
בשנות כהונתו ברומא השפיע והטיף להנהגת יהודי איטליה דעות לאומיות וציוניות. כן הנהיג מתן ארוחת צהריים לתלמידים עניים, שיעורי עברית, תורה והיסטוריה יהודית לתלמידים היהודים בבתי הספר התיכוניים בשעות שיעורי הדת הקתולית, שמהם היו פטורים התלמידים היהודים. כן הקים מערך שיעורים מיוחד למבוגרים ושיעורי ערב לעברית וליהדות באולם הגדול של בית הקהילה, והנהיג מניין קבוע לתפילות בבית היתומים בהשתתפות תלמידי בית המדרש לרבנים, כדי שהיתומים יוכלו לומר קדיש. הנהיג שיעורי הכנה לבר מצווה ומתן טלית ותפילין על חשבון הקהילה לכל ילד עני, ובהשפעתו נוסד ארגון הנשים "אדאי" שמטרתו פעולות סעד, תרבות וציונות, בדומה לויצו.
בשנים 1929 ו-1937 הוזמן על ידי הנציב האיטלקי באיים הדודקאנסיים לבקר בבית המדרש לרבנים שהקימה הממשלה האיטלקית ברודוס שביוון, לשם הרחבת ההשפעה האיטלקית בקהילות ישראל במזרח הקרוב.
פעילותו הציונית ברומא לא נעמה לרוחם של יהודים מתבוללים מקומיים, וכשגברה ההשפעה הנאצית על העיתונות האיטלקית, היו מתנגדיו תוקפים אותו בעיתונות המקומית, בליווי דברי הסתה אנטישמיים כנגדו. בשל האנטישמיות שגברה במדינה תחת לחץ גרמניה הנאצית, לא יכל עוד להמשיך בפעילות יהודית באיטליה, ובשנת 1939 (ה'תרצ"ט) עלה עם משפחתו לארץ ישראל.
עם עלייתו לארץ מונה לשמש כמנהל משרד הרבנות הראשית בתל אביב, וייעל רבות את המשרד. כן שימש כסגן יו"ר "רשת החינוך התלמודי", סגן יו"ר "עזרת תורה" לתמיכה ברבנים פליטים, חבר הנהלת "ישיבת היישוב החדש" של הרב משה אביגדור עמיאל, יו"ר הוועד הפועל של "ידידי ארגון צעירים ללימודי היהדות" ועוד. לקראת הבחירות לרב הראשי הספרדי של תל אביב, הציעו ידידיו ומוקיריו לבחור בו, אך הוא סירב, שכן לדעתו העיר צריכה רב גדול בתורה, ולא רק רב שפעל לקירוב רחוקים בחו"ל, כמוהו.
בשנת 1940 (ה'ת"ש) פורסמה בהוצאת ועד היובל חוברת על קורות חייו, לרגל עלייתו לארץ ובמלאת 40 שנה לפעילותו הציבורית.
לאחר מלחמת העולם השנייה נענה לבקשת הקהילה היהודית ברומא, וחזר בחודש ספטמבר 1945 לשמש בה כרב ראשי, כיו"ר ועד רבני איטליה וכמנהל בית המדרש לרבנים, לאחר שישראל אנטון צולי, הרב הקודם, המיר את דתו.