באביב תש"ג (1943) פרסם בעיתון הצופה מאמר ביקורת כללי כנגד רבנים הקוראים לפרישה מכנסת ישראל[3]. בתגובה התפרצו חסידי גור לדרשה אותה העביר בשבת בבית כנסת, והפריעו את מהלכה בקריאות בוז, לאחר שהבינו כי דברי הביקורת מכוונים כלפי האדמו"ר מגור, רבי אברהם מרדכי אלתר[4]. הרב עמיאל עצמו הכחיש כי כיוון בדבריו אל האדמו"ר מגור[5].
הרב עמיאל התאפיין במקוריות מחשבתית ובשקידה; כך שיחד עם פעילותו הציבורית והרבנית הענפה הוא השקיע ביצירה ההלכתית. בשנת תרפ"ב יצא לאור ספרו הראשון דרכי משה - דרך הקודש (חלק ראשון, אנטוורפן), העוסק בדיני קודשים; ובהמשך יצא לספר אף חלק שני (תרפ"ג) ושלישי (תרפ"ט). בהמשך הוציא את הספר דרכי משה - דרכי הקנינים חלק ראשון (אנטוורפן, תרפ"ח) וחלק שני (בילוגוריי, תרצ"א); העוסק בענייני ממונות ואישות. יצירתו המרכזית נקראת המידות לחקר ההלכה, חלק ראשון (ירושלים, תרצ"ט), חלק שני (תל אביב, תש"ב) וחלק שלישי (תל אביב, תש"ה); אשר שואף לקביעת הכללים ההגיוניים העומדים ביסוד המחשבה התלמודית.
יצירתו ההגותית
מלבד העיסוק המתמיד בספרות התלמודית ובפסיקה ההלכתית, הרב עמיאל עסק רבות בענייני הגות; כגון דת ומודרניות, אמונות ודעות ועניינים אקטואליים. יצירתו זו מתבטאת בספרו דרשות אל עמי, חלק ראשון (אנטוורפן, תרצ"ג) וחלק שני (ירושלים, תרצ"ו). בספריו עסק רבות בעניינים אקטואליים, כגון מאורעות תרפ"ט. את התעסקותו בהגות ומחשבה ניתן לראות בספרו לנבוכי התקופה, העוסק ב-'פרקי הסתכלות במהות היהדות' (ירושלים, תש"ג).
מאמריו
יצירתו ההגותית התבטאה גם בפרסום מאמרים פובליצסטיים שונים; את מאמריו פרסם בעיקר בעיתון 'המזרחי'. ביניהם ניתן למנות את: 'במי אשם' (גיליון 8) הקורא לאיחוד הרשימות היהודיות; 'הקלריקליות שלנו' (גיליון 14) הטוען שהיסוד הדתי בתנועה הציונית אינו תלוי ברוב מספרי; 'תחיית התורה' (גיליון 22–23) המיצר על העלמות הרגש הדתי; 'הציונות והיהדות' (גיליון 29) על היחס בין התנועה ליהדות ועוד.
נקודת יסוד בתפיסתו ההלכתית מושתתת על הלימוד המקובל והקלאסי, אך יחד איתו הרב עמיאל שילב בין אגדה להלכה. כמו כן בתפיסתו קיימת נטייה מהותית לעסוק בסברה ובהגיון של הדיון ההלכתי; גישה שהתבטאה בצורה מלאה בספרו 'מידות לחקר ההלכה'.
משנתו ההגותית
הרב עמיאל הדגיש את העיקר של רס"ג "אין ישראל אומה אלא בתורתה", וראה בתפיסה המחשיבה את היהדות לדת (religion) - זיוף וחיקוי של הפרוטסטנטיות, ולפיכך התנגד לסיסמת המשכילים "היה אדם בצאתך ויהודי באהלך", שמתוך "היה אדם בצאתך" ביטלו את "יהודי באהלך", כאילו זה סרח עודף, ונעשו מתבוללים, בעוד לפי היהדות המקורית אדם ויהודי היינו הך. כן התנגד לציונות החילונית, שלדבריו מטרתה ליצור אומה ישראלית ככל הגויים שתהיה בכלל אומות הגויים, בניגוד לתפיסת חז"ל עולם הגויים לחוד ועולם ישראל לחוד, ולדברי התורה: "כי עם קדוש אתה לה' א-להיך ובך בחר להיות לו לעם סגולה מכל העמים"[8], להתרומם לגובה מוסרי מקסימלי ובכך לרומם גם את כל העמים.[9]
הרב עמיאל התנגד לגישת הרפורמים, והתעמת איתם במובנים רבים (כגון ההקדמה לספרו דרכי משה 'דרכה של תורה'). לדעתו המהות היהודית חשובה, ויש להדגישה. חשיבות זו שהקנה ליהדות התבטאה אף בגישתו כלפי מקומה של הציונות הדתית בתנועה הציונית; הרב עמיאל כתב רבות על כך שהמזרחי צריכה לתפוס מקום מרכזי יותר בציונות אף בפעילות מעשית (כגון מאמרו בגיליון ט של 'התור', תרצ"ב; ודבריו בוועידת קראקא, תרצ"ג).
פעולתו הציונית
בעקבות דבריו של יצחק גרינבוים על הרצון לקביעת ערכים חדשים ליהודים, לעומת ערכי היהדות; כתב הרב עמיאל תגובה[10] בה הוא יוצא נגד המנהיגים האחרונים שמביעים נייטרליות כלפי הדת, לעומת המנהיגים הקודמים (כדוגמת אחד העם) שאף אם לא שמרו מצוות, הרי הביעו יחס חיובי לדת. בכך התבטאה לראשונה פעולתו בתנועת המזרחי, והוא נבחר כציר לוועידה השנייה של המזרחי בפולין (ורשה, ניסן תרע"ט); ובה נבחר לנשיאות הוועידה. בהמשך היה אחד משבעת הצירים מפולין, לוועידה העולמית הראשונה של המזרחי באמסטרדם (טבת תר"פ); וכן נבחר כציר לקונגרס הציוני השלושה-עשר (תרפ"ג) והארבעה-עשר (תרפ"ה), ובאחרון אף כיהן בוועדת החינוך.
החלטה מיוחדת הובילה לכינוס וועידה עולמית של המזרחי, באלול תרפ"ו; למקום הוועידה נבחרה אנטוורפן, עירו של הרב עמיאל, והוא עמד בראש הוועדה המכינה של הוועידה. בוועידה נבחר הרב עמיאל לוועד הראשי של התנועה. בוועידת קראקא (אב, תרצ"ג) הרב עמיאל התייחס לכך שתנועת המזרחי צריכה להשקיע את עיקר מרצה בפעילות כלפי החברה החרדית, ופחות במחנה הציוני-חילוני[11], ואף קרא להצטרפות להסתדרות החדשה של הרוויזיוניסטים, תוך פרישה מההסתדרות הציונית.
בדבריו קרא הרב עמיאל לפתיחת שורות המזרחי גם לכאלו אשר אינם חברים בהסתדרות הציונית[12].
אבינועם רוזנק, 'עיון בדגם חברתי-תרבותי לבחינת הזיקה שבין תרבות יהודית לתרבות כללית לאור משנתו של הרב משה אביגדור עמיאל', בתוך: יהוידע עמיר (עורך), דרך הרוח: ספר היובל לאליעזר שביד, כרך א, ירושלים: מכון ון ליר, והאוניברסיטה העברית, תשס"ה, עמ' 409–438.