Oan 'e ein fan 'e Romeinske Tiid kamen Dijon en hiel Boergonje yn 'e hannen fan 'e Boergonden, in Germaanskfolk, dêr't de regio syn namme oan tanket. De Boergonden stiften yn 411 in selsstannich keninkryk dat him yn 't earstoan útwreide oer wat no eastlik en súdeastlik Frankryk is. Yn 500 waard yn 'e neite fan Dijon de Slach by Dijon útfochten tusken de bruorrenGundobad en Godigisel, dy't allebeide oanspraak makken op 'e Boergondyske troan. Godigisel, dy't stipe waard troch in Frankyskleger, wûn de fjildslach. Dêrnei rekke it Keninkryk fan 'e Boergonden wat langer wat mear yn 'e ynfloedssfear fan it Frankyske Ryk. Yn 534 ferpletteren de Franken de Boergonden yn 'e Slach by Autun, wêrnei't it Boergondyske keninkryk troch it Frankyske Ryk anneksearre waard.
Doe't tsjin 1500 de macht fan Boergonje yn it neigean rekke, waard it hartochdom spylbal yn 'e striid tusken de keningen fan Frankryk en de keizers fan it Hillige Roomske Ryk. Yn 1513 waard Dijon belegere troch in Keizerlike en Switserske troepemacht. Hoewol't it belis tige gewelddiedich wie, wisten de ferdigeners, ûnder lieding fan 'e Frânske gûverneurLoadewyk II fan La Trémoille, de oanhâldende oanfallen fan 'e belegerders ôf te slaan. Uteinlik loek de fijân him werom. De befolking fan 'e stêd, dy't ûnder de belegering oanhâldend de Faam Marije oanroppen hie, seach dat as wûnder. Sadwaande ûntstie der neitiid yn Dijon in libbene foarm fan 'e Marijeferearing om Notre Dame de Bon-Espoir ("Us Leaffrou fan Goede Hope") hinne, in Marijebyld dat noch altyd yn 'e Notre-Dame fan Dijon stiet.
Dijon stiet bekend om 'e Dijonmoster, dy't yn 1856 troch Jean Naigeon, in ynwenner fan 'e stêd, ûntwikkele waard troch ynstee fan jittik as yngrediïntverjus te brûken, it soere 'griene' sop fan druven dy't noch net rjocht ryp binne. Foar de berieding fan 'e hjoeddeiske moster út Dijon wurdt gjin verjus, mar wite wyn brûkt. De tsjintwurdige Dijonmoster komt trouwens foar it meastepart net mear út 'e omkriten fan Dijon, mei't de namme troch de Jeropeeske Uny as 'feralgemiene' beskôge wurdt, yn tsjinstelling ta bygelyks sjampanje, dat ûnder de Jeropeeske wetjouwing beslist út de Sjampanje komme moat.
De âldste befolkingssifers dy't fan Dijon bekend binne, datearje fan 1793, doe't de stêd 20.760 ynwenners hie. Yn 1800 wie dat sakke oant krapoan 19.000. Dêrnei woeks de befolking geandewei de njoggentjinde iuw stadich oan, oant goed 32.000 yn 1851 en mear as 71.000 yn 1901. Yn 1926 wiene der krapoan 84.000 ynwenners, en oan 'e ein fan 'e Twadde Wrâldoarloch, yn 1946, wiene der hast 101.000. Neitiid groeide de befolking fan Dijon troch oant krapoan 152.000 yn 1975, wêrnei't der in weromgong folge nei 141.000 yn 1982. Dêrnei groeide it ynwennertal wer, fan 147.000 yn 1990, fia 150.000 yn 1999 en 152.000 yn 2009, nei 155.090 minsken yn 2016. De stêdekloft fan Dijon, mei alle foarstêden en it heal ferstedske omlizzende plattelân derby, hie yn 2007 250.516 ynwenners hie.