Stefano Borgia est le deuxième fils de Camillo Borgia (1681-1763) et Maddalena Gagliardi (1708-1778). Il est confié à l'âge de neuf ans à son oncle Alessandro Borgia (1682-1764), archevêque de Fermo. À Fermo, il étudie la philosophie et la théologie sous la direction de son oncle. En 1752, il obtient un doctorat en théologie à l'Université de Fermo. Il n'a qu'un lointain lien de parenté avec la branche principale des Borgia qui a donné les plus illustres membres de la famille comme les papes Alexandre VI et Calixte III.
Vie et carrière
Clément XIII nomme le jeune Stefano Borgia en 1758 comme gouverneur de l'exclave papale de Benevento. Il y écrit notamment l'histoire de la ville en trois tomes, le Memorie istoriche della pontificia città di Benevento dal secolo VIII al secolo XVIII.