Van Loan est le chef de file de la tentative (sans succès) de convaincre le Premier ministre du Nouveau-BrunswickBernard Lord, de briguer la direction du Parti progressiste-conservateur fédéral en 2002. Il était également un des principaux organisateurs de la campagne du « Oui », mené par le chef toryPeter MacKay, pour ratifier la fusion du Parti progressiste-conservateur et de l'Alliance canadienne dans le nouveau Parti conservateur du Canada. Van Loan a ensuite tenté une nouvelle fois de recruter Lord pour briguer la direciton du nouveau parti, encore une fois sans succès.
Van Loan a été réélu lors de l'élection fédérale de 2006 et fut nommé secrétaire parlementaire du ministre des Affaires étrangères.
Le , Van Loan accède au conseil des ministres en étant nommé ministre des Affaires intergouvernementales, remplaçant Michael Chong. Chong avait démissionné le même jour pour signifier son opposition à la motion du premier ministre Stephen Harper reconnaissant que les Québécois forment une nation au sein du Canada[1].