La revue paraît annuellement de 1996 à 2002 (numéros 1 à 7), puis semestriellement de 2003 à 2004 (numéros 8 à 11) avant de revenir à une parution annuelle en 2006 (à partir du numéro 12, qui inaugure une nouvelle maquette et un nouveau format). La revue est dirigée par Thierry Groensteen jusqu'au numéro 13 inclus. À partir du numéro 14, Jean-Marie Compte, directeur du CNBDI, choisit d'en confier la rédaction en chef à Jean-Pierre Mercier, qui en coordonnera deux numéros.
À la création de la Cité internationale de la bande dessinée et de l'image en 2008, son premier directeur général, Gilles Ciment, engage l'établissement dans une mutation numérique et décide en 2010 d'abandonner l'édition papier très confidentielle pour faire migrer la revue sur Internet, sous le titre Neuvième Art 2.0, d'abord pilotée par Pouria Amirshahi. En 2012, Gilles Ciment fait revenir Thierry Groensteen et lui confie la rédaction en chef de la revue en ligne. Il passera la main en 2021 à Sylvain Lesage et Irène Le Roy Ladurie.