Au cours du semestre d'été 1974, il présente une thèse en Préhistoire et Protohistoire, mais obtient son doctorat au semestre d'hiver 1976-1977, sous la direction de Günter Ulbert(de), avec Das römische Gräberfeld auf der Keckwiese in Kempten. En 1977-1978, Mackensen reçoit une bourse de voyage de l'Institut archéologique allemand (DAI). Jusqu'en 1980, il travaille pour le DAI en tant qu'assistant de recherche (excavation des sites de Carthage en Tunisie et de Resafa en Syrie). Pour le projet de Resafa, il obtient en 1979-1980 une subvention de recherche du DAI.
Depuis le semestre d'été 1988, Mackensen donne des conférences à l'université Louis-et-Maximilien de Munich. En 1989, il est nommé professeur C3 à l'université de Cologne. Au semestre d'hiver 1991-1992, Mackensen est habilité à Munich avec Die spätantiken Sigillata- und Lampentöpfereien von El Mahrine (Nordtunesien). Studien zur nordafrikanischen Feinkeramik des 4. bis 7. Jahrhunderts. Depuis le semestre d'été 1994, Mackensen est professeur C3 à l'université Louis-et-Maximilien de Munich en remplacement de Günter Ulbert.
(de) Das römische Gräberfeld auf der Keckwiese in Kempten, Kallmünz, Lassleben, , 198 p. (ISBN3-7847-5034-6) (Materialhefte zur bayerischen Vorgeschichte, Reihe A, Fundinventare und Ausgrabungsbefunde, Bd. 34; Cambodunumforschungen 4).
(de) Eine befestigte spätantike Anlage vor den Stadtmauern von Resafa, Mayence, Philipp von Zabern, (ISBN3-8053-0741-1) (Resafa, 1).
(de) Frühkaiserzeitliche Kleinkastelle bei Nersingen und Burlafingen an der oberen Donau, Munich, Beck, , 344 p. (ISBN3-406-31749-9) (Münchener Beiträge zur Vor- und Frühgeschichte, 41).
(de) Die spätantiken Sigillata- und Lampentöpfereien von El Mahrine (Nordtunesien) : Studien zur nordafrikanischen Feinkeramik des 4. bis 7. Jahrhunderts, Munich, Beck, (ISBN3-406-37015-2) (Münchener Beiträge zur Vor- und Frühgeschichte, 50).
(de) Das spätrömische Grenzkastell Caelius Mons in Kellmünz an der Iller, Stuttgart, Theiss, , 118 p. (ISBN3-8062-1203-1) (Führer zu archäologischen Denkmälern in Bayern, Schwaben 3).
(de) Militärlager oder Marmorwerkstätten. Neue Untersuchungen im Ostbereich des Arbeits- und Steinbruchlagers von Simitthus/Chemtou, Mayence, Philipp von Zabern, , 170 p. (ISBN3-8053-3461-3) (Simitthus, 3).