Le pouvoir pathogène d'une bactérie dépend de nombreux facteurs, de la bactérie elle-même mais aussi de l'hôte et donc au sens large, de son système immunitaire mais aussi de la voie de pénétration. Considérer un taxon donné comme pathogène doit être pris avec relativité : E. coli par exemple est un commensal chez l'homme mais toutefois certains clones sont pathogènes… On ne peut donc dire que E. coli est pathogène mais que certains clones (EHEC, EIEC, EPEC…) le sont. Cette remarque vaut pour d'autres comme Staphylococcus aureus ou Candida albicans…