Il adhère au protestantisme[2] dès 1561. C'est à cette époque d'effervescence religieuse que Jeanne d'Albret, reine de Navarre, vient à Jarnac avec son fils Henri pour prêcher elle-même les principes de Jean Calvin devant une foule enthousiaste.
Exaspérés par les massacres de Wassy et de Sens, en mars et avril 1562, les huguenots s'attaquent aux édifices religieux. À Jarnac, l'église Saint-Pierre est incendiée, ainsi que les chapelles Saint-Cybard et Saint-Gilles.
C'est à cette époque que survient la bataille de Jarnac. L'armée protestante occupant Jarnac sans avoir eu à combattre, est obligée d'évacuer après la mort du prince de Condé. Tout ceci n'empêche pas Léonor Chabot de faire construire un nouveau temple.
Lors de la promulgation de l'édit de Nantes, il est délégué par ses coreligionnaires pour demander des éclaircissements sur cet édit, non accepté sans appréhension par les protestants.
Il rachète, le , le Quint de Jarnac. À la suite de cette transaction, le domaine de Jarnac se trouve une fois encore en entier entre les mains du seigneur de Jarnac.
Il est gentilhomme de la chambre du roi Henri IV dont il est un fidèle compagnon et qu'il suit dans la plupart de ses guerres.
Son blason est trois chabots avec une étoile en chef, et une couronne de baron sur l’écu.
Il épouse, en 1558, en premières noces, Marguerite de Durfort, fille de Symphorien de Durfort, seigneur de Duras et de Barbe Cauchon de Maupas. Ils auront sept enfants, dont
Il se remarie le [3] à Marie-Claude de Rochechouart (petite-fille d'Antoine, l'auteur de cette branche des Rochechouart), veuve de Philippe de Belleville, comte de Caunac, fille et héritière de Charles de Rochechouart (fils benjamin d'Antoine), baron de Saint-Amand, et de Françoise de Maricourt ; ils laissent :
Marie Chabot, alliée en 1613 à Urbain Gillier, seigneur de Puygarreau, baron de Marmande (cf. l'article Jean V), puis à François de Vernou, seigneur de La Rivière-Bonneuil.
