Capel étudie à l'Université de Floride à Gainesville où il pratique par ailleurs le football américain au sein des Florida Gators. Il remporte le titre NCAA du 200 m en 1999. Vainqueur des sélections olympiques américaines 2000, il se classe huitième des Jeux de Sydney, avec de loin le plus mauvais temps de réaction (0,348 s).
John Capel remporte la médaille de bronze du 200 m lors des Championnats du monde 2005 d'Helsinki, s'inclinant face à ses compatriotes Justin Gatlin et Wallace Spearmon. En 2006, il est suspendu deux ans par l'IAAF après avoir été contrôlé positif au cannabis lors du meeting en salle de Birmingham[3].
