Jean Boyer commence ses études musicales à Toulouse, où il se formera auprès de Xavier Darasse. Il obtient un premier prix d'orgue en 1969 et enregistre son premier disque en 1971, à l'orgue de Gimont.
Jean Boyer fut un grand « découvreur » d'instruments anciens. Sa discographie, peu abondante, illustre sa méfiance envers le support figé du disque : pour lui le concert était d'une valeur bien supérieure. Jean Boyer a notamment été l'un des quatre organistes assurant l'inauguration de l’orgue Dom Bedos de l'abbatiale Sainte-Croix de Bordeaux, chef-d’œuvre de Dom Bedos nouvellement restauré à sa tribune d'origine, les 23 et .
Bach, Les Chorals de Leipzig - orgue Jürgen Ahrend à Porrentruy (1977, 2 CD Stil éditions 0607 SAN 88 et 1007 SAN 88) (OCLC658584468)
Brahms, Intégrale de l’œuvre d'orgue - orgue Friedrich Becker de l'église Sainte-Marie de Wechold (1977, coffret LP Stil éditions 0605S76) (BNF38030412)
