Après la signature du concordat de 1801, Jean-Baptiste Flavigny redevient à partir de 1802 simple curé de la même paroisse Saint-Georges. Il meurt à Vesoul le [1].
Georges Gazier, « J.-B. Flavigny, évêque constitutionnel de la Haute-Saône ; sa correspondance avec Grégoire et dom Grappin (1795-1802) », dans Mémoires de la Société d'émulation du Doubs", 1906, p. 331-412 Lire en ligne, et 1907, p. 370-376 Lire en ligne.
« Flavigny (Jean-Baptiste) » dans Dictionnaire de biographie française, vol. 13, Paris, [détail des éditions] .
Jean Girardot, « Jean-Baptiste Flavigny, évêque constitutionnel de la Haute-Saône », dans Société d'Agriculture, Lettres, sciences et arts de la Haute-Saône, 1955, p. 5-11.