En , au moment où la France se mobilise, il fait la connaissance de Félix Éboué, gouverneur du Tchad[1]. Tenant Laurentie en haute estime et appréciant ses qualités professionnelles, Félix Éboué refuse de le laisser partir dans une unité combattante et le nomme secrétaire général du Tchad en [2]. Lorsque l'armistice du 22 juin 1940 est signé, il refuse de prêter allégeance au régime de Vichy et, après l'appel du général de Gaulle, se range du côté de la France libre avec le gouverneur Éboué qu'il assiste dans le ralliement du Tchad à la cause de de Gaulle[4],[2]. Laurentie est envoyé par Éboué au Nigeria en juillet afin d'y entrer en contact avec les forces britanniques, puis il revient au Tchad dont le ralliement est obtenu le [2]. Éboué est plus tard nommé gouverneur général de l'Afrique-Équatoriale française et Laurentie son secrétaire-général[4],[3].
Dès lors, Henri Laurentie participe au ralliement de l'ensemble de l'AEF à la France libre et s'attache à favoriser la promotion sociale des autochtones[1]. En 1942, il est promu gouverneur des colonies et est chargé de la préparation de la Conférence de Brazzaville, puis est appelé à Alger par René Pleven en pour prendre le poste de directeur des affaires politiques au Commissariat aux colonies[4],[2]. En à Brazzaville, alors que se tient la conférence à la préparation de laquelle il a œuvré, le général de Gaulle lui remet la Croix de la Libération[3]. En septembre suivant, il est muté à Paris au poste de directeur des affaires politiques au ministère de la France d'outre-mer, fonction qu'il exerce jusqu'en 1947[2].
Après-guerre
En 1947, il part pour New York où il est adjoint du délégué de la France auprès de l'ONU[1]. De retour en France, il est à nouveau appelé par René Pleven, devenu Président du conseil, qui en fait son conseiller technique au sein de son second gouvernement d' à [2]. Travaillant ensuite une nouvelle fois pour les Nations-Unies, il est représentant de l'assistance technique de l'ONU à Rio de Janeiro, puis au Rwanda et au Burundi[3]. Il prend sa retraite en 1957 et se retire à Néron en Eure-et-Loir où il meurt le et où il est inhumé[1].
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