Gersthofen se trouvait à l'époque romaine sur le tracé de la Via Claudia Augusta et, au Ve ou VIe siècle, un village alaman y fut fondé. La première mention écrite date de 969 sous le nom de Gerfredeshoua, transformé ensuite en Gershouen puis en Gersthofen en 1424.
La position de Gersthofen sur la première ligne de chemins de fer du royaume bavarois dès 1847 et sa proximité avec la grande ville d'Augsbourg ont permis son rapide développement au XXe siècle. Un aérodrome y fut aménagé en 1904, qui fut ensuite utilisé par les forces armées américaines après la Seconde Guerre mondiale.
Gersthausen a obtenu le statut de marché (markt) en 1950 et celui de ville (stadt) en 1969.
En 1975, la commune de Hirblingen lui est rattachée ainsi que les communes de Batzenhofen, Edenbergen et Rettenbergen en 1978.
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