Bonstetten est située dans le parc naturel d'Augsbourg-Westliche Wälder, sur les pentes sud du Stauffenberg (577 m d'altitude), sur la rivière Laugna, sous-affluent du Danube par la Zusam, à 21 km au nord-ouest d'Augsbourg.
La commune fait partie de la communauté d'administration de Welden.
La première mention écrite de Bonstetten date de 1063. Au XIIe siècle, le village passe dans l'orbite du monastère St Ulrich et Afra d'Augsbourg. Il y restera jusqu'à la sécularisation de 1803 et à son incorporation dans le royaume de Bavière.
Bonstetten a appartenu à l'arrondissement de Zusmarshausen jusqu'à sa disparition en 1925.