Il participe au conclave de 2013 qui élit le pape François. Le , le nouveau pape constitue un groupe de neuf prélats issus de tous les continents, chargés de l'épauler dans la réforme de la Curie romaine et la révision de la constitution apostolique Pastor Bonus. Pour l'Amérique latine, c'est le cardinal Errázuriz qui est choisi, ainsi que le cardinal Maradiaga[1].
Affaires d'abus sexuels
En 2003, il reçoit un premier rapport d'accusation contre le curé de la paroisse d'El Bosque, Fernando Karadima, pour des faits d'abus sexuels pratiqués sur les jeunes séminaristes qu'il forme. Karadima, qui bénéficie du soutien du cardinal secrétaire d'ÉtatAngelo Sodano (ancien nonce apostolique du Chili) dans son travail à l'association sacerdotale « Pia Union », est très influent au sein de l'Église chilienne. Errázuriz ne donne aucune suite à ce premier rapport, se basant selon ses dires notamment sur l'avis de l'évêque auxiliaire de Santiago, Andrés Arteaga, formé par Karadima.
En 2004, puis 2005 et 2006, plusieurs autres rapports mentionnant d'autres accusations similaires sont présentés à l'archevêque, en présence également d'un autre évêque, Ricardo Ezzati Andrello. Errázuriz demande alors à Karadima de renoncer à sa charge, et nomme à sa place l'un de ses plus fidèles disciples, Karadima conservant le contrôle effectif de ses ouailles ; dans le même temps, les membres de son archevêché entament des démarches pour couper court à l'enquête, manœuvres que l'on qualifie plus tard de « dynamique de camouflage », parfois engagées par l'archevêque lui-même.
En 2009, un rapport sur des abus sexuels sur mineur l'oblige à transmettre le dossier à la congrégation pour la doctrine de la foi ; à la fin de l'année, l'archevêque prévient Karadima de sa mise en cause très prochaine[2].
En 2018, au cours de la 27e réunion, il est annoncé qu'il n'est pas renouvelé dans ses fonctions de membre pour raison d'âge. Néanmoins, la presse évoque plutôt une mise à l'écart due aux accusation de couverture des agissements de plusieurs ecclésiastiques pédophiles chiliens[3],[4],[5].