Après avoir pratiqué le football et le judo, Eddy Seigneur commence le cyclisme à l'âge de treize ans au VC Beauvais[1]. En catégorie juniors, il intègre l'équipe de France et participe aux championnats du monde[1]. Chez les amateurs, il court au CC Nogent-sur-Oise, alors sponsorisé par Z[1]. Il est engagé par l'équipe professionnelle Z, d'abord comme stagiaire. Pour sa première course parmi les professionnels, il s'impose lors du prologue du Tour du Poitou-Charentes et de la Vienne[1]. Il devient coureur professionnel dans la même équipe en 1992. En 1994, il remporte la dernière étape du Tour de France, après avoir été échappé en compagnie de Frankie Andreu qu'il règle au sprint après être parti à un kilomètre et demi de la ligne d'arrivée. Il devient un spécialiste du contre-la-montre à partir de 2002 et a pris sa retraite en 2005. Il a remporté à quatre reprises le titre de champion de France contre-la-montre et celui de la course en ligne en 1995.
Après la fin de sa carrière de coureur en 2005, il passe les diplômes de directeur sportif en 2006. Il commence « par des vacations avec Cofidis » en 2007, puis encadre l'équipe Crédit agricole en 2008[1]. Il devient responsable logistique dans l'équipe kazakhe Astana en 2010, dirigée par le Français Yvon Sanquer[2]. De 2013 à 2016, il exerce la fonction de directeur sportif dans l'équipe IAM[3]. Sans emploi après la disparition de cette équipe, il devient chauffeur de taxi à Chantilly en 2018[1],[4].