Marcel Aregger commence le cyclisme à l'âge de huit ans, en disputant une course de VTT qu'il gagne, et s'inscrit au Ägeri-Bike-Club. Il poursuit dans cette discipline pendant quatre ans, avant de passer au cyclisme sur route, au Velo Club Ägeri[1].
Après en avoir pris la troisième place du championnat de Suisse sur route espoirs en 2010, il le remporte en 2011. Durant cette saison, avec l'équipe de Suisse espoirs, il est onzième du championnat d'Europe espoirs et dix-huitième du championnat du monde espoirs.
En 2015, lors d'À travers les Flandres, il chute et perd connaissance. Il s'en relève avec un fracture de la clavicule et une commotion cérébrale[4]. Il reprend la compétition deux mois plus tard, au Tour de Belgique[5]. Il dispute à nouveau la Vuelta durant l'été.
Sans contrat fin 2016 après la disparition de l'équipe IAM, il met fin à sa carrière[6].
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