En 1630 fut ajoutée la chapelle de la Vierge puis le bas-côté droit en 1633, la même année que le portail récupéré de l'église Saint-Pierre, construite en 667 sur la rive gauche de l'École[1].
Le portail principal ogival en calcaire de style roman fut récupéré de l'ancienne église Saint-Pierre dans les faubourgs de Milly. Il est orné par de multiples tores[3]. Le clocher culmine à cinquante-sept mètres, sa base est la seule partie subsistante de la chapelle du château du XIIe siècle, et les étages supérieurs sont contemporains de la collégiale du XIIIe siècle.
Une Vierge à l'Enfant en bois polychrome de cent soixante centimètres est présente dans la nef[4], elle est classée aux monuments historiques depuis 1911[5]. Le reliquaire de Saint Wulfram, abrite les restes de l'évangélisateur de la Frise, archevêque de Sens[6]. Un lutrin en chêne de cent cinquante centimètres d'époque Louis XI subsiste, il est décoré d'un aigle symbolisant Saint Jean[7]. Il porte les armes des familles Perrault, Saint-Aulaire et Marle et est inscrit aux monuments historiques depuis 1972[8]. Trente six miséricordes en chêne sont disposées dans le chœur, elles servaient aux chanoines séculiers[9], sculptées au XVe siècle, elles sont classées depuis 1912[10]. Des lustres en bronze du XIXe siècle sont eux classés depuis 1975[11].
