En juin 1993, lors de l'élection municipale partielle de Perpignan qui fait suite à la démission du maire Paul Alduy, Christian Bourquin mène avec Jacqueline Amiel-Donat en deuxième position, une liste à « ossature politique » du Parti socialiste, ouverte à trois composantes de la cité, les écologistes, les acteurs économiques, les rapatriés pieds-noirs. Avec un résultat de 10%, il siège alors dans l'opposition face à Jean-Paul Alduy[4].
Aux élections cantonales françaises de 1998, il est le chef de file de la gauche qui gagne 90 % des sièges renouvelables. Ce résultat lui permet d'accéder à la présidence du conseil général qui le réélit en 2001. Il doit alors abandonner sa fonction de maire pour cause de cumul et son épouse Damienne Beffara le remplace comme première élue à la mairie de Millas[4].
Christian Bourquin perd son poste de parlementaire avec la vague bleue des législatives de 2002. Il a été condamné pour minoration des comptes de campagne lors de l'élection cantonale de 2001, le 7 janvier 2009[5].
La gauche conforte cependant sa majorité, réélisant Christian Bourquin pour un quatrième mandat de président du conseil général en 2008.
Le 23 février 2010, il est exclu du Parti socialiste à cause de son ralliement à Georges Frêche, lui-même exclu du PS trois ans plus tôt pour des propos polémiques sur l'équipe de France de football. Réintégré en 2011, le président de la région garde cependant jusqu'à la fin ses distances avec « Solférino ».
Élu au Sénat en 2011, Christian Bourquin fait le choix de ne pas siéger au groupe socialiste, mais à celui du RDSE, à majorité PRG.
Il meurt le des suites d'un cancer du rein, à l'hôpital Saint-Eloi de Montpellier. Ses obsèques civiles ont lieu le 29 août à Millas, accompagnées par une foule de plus de 3 000 personnes et par de nombreuses personnalités politiques régionales et nationales, dont Manuel Valls[8].
Affaires judiciaires
Le , Christian Bourquin est condamné par la cour d'appel d'Aix-en-Provence à une amende de 5 000 euros pour une affaire de complicité de délit de faux et minoration de comptes de campagne [9].
Le , Christian Bourquin est renvoyé au tribunal correctionnel de Perpignan pour favoritisme dans sa qualité d'ex-président du Conseil Général des Pyrénées-Orientales. La justice lui reproche des faits présumés de favoritisme dans un marché public qui remontent à 1999[réf. nécessaire].
Le , il est condamné à deux mois de prison avec sursis par le tribunal de Bordeaux pour favoritisme[10]. Le 18 septembre 2012, le parquet requiert deux mois avec sursis et 10 000 € d'amende à l'encontre de Christian Bourquin lors du jugement en appel[11]. Le jugement du 30 octobre 2012 ne confirme que les deux mois avec sursis[12]. Le 22 janvier 2014, la condamnation de Bourquin à deux mois de prison avec sursis est définitive à la suite du rejet de son pourvoi en cassation (no 13-80009)[13].
En décembre 2012, une plainte a été déposée à son encontre pour délit de favoritisme[14] et la condamnation définitive a été prononcée par la Cour de cassation, chambre criminelle, le 22 janvier 2014, no 13-80009 (deux mois de prison avec sursis pour lui et son receleur, le dirigeant de la SARL Synthèse).
La Chambre Régionale des Comptes, dans son rapport d’observations définitives no 136/453 du 17 avril 2013, dénonce des « abus »[15] et des « irrégularités »[16] dans l'utilisation des fonds de la région, notamment 130 000 euros d'alcool en 2010, du linge commandé hors marché pour 31 654,28 euros ainsi qu'un voyage en Chine au devis anormalement élevé (103 320,37 euros)[17]. Elle note la multiplication par dix du chiffre d'affaires de communication réalisé avec la société Sens Inédit (plus de cinq millions facturés en dernière année), société détenue à 100 % par la société Synthèse, dont le dirigeant fut condamné en recel de délit de favoritisme avec Christian Bourquin pour les marchés passés par le conseil général dont Christian Bourquin était le Président, et relève « l'opacité » et de « nombreuses erreurs » dans l'attribution du marché à cette société (p. 58).
Prises de position politiques
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Georges Frêche
Sur le plan politique, Christian Bourquin est proche de Georges Frêche (1938-2010), au point d'en être souvent présenté comme le « fils spirituel». Il est d'ailleurs élu à la première vice-présidence du conseil régional de Languedoc-Roussillon, chargé des finances. À la mort de Frêche en 2010, Bourquin devient à son tour président du conseil régional et continue la politique de son prédécesseur. Cette fidélité lui vaut d'être exclu en 2010 du parti socialiste, comme Frêche quelques années auparavant.
Régionalisme
Christian Bourquin, en 2003, inaugurant un panneau signalétique en occitan indiquant le Fenouillèdes, partie occitane des Pyrénées-Orientales.
Attaché à sa région et à son département, Christian Bourquin promeut la « catalanité » (langue et culture catalanes), qu'il oppose au « catalanisme » (ou indépendantisme catalan). Issu de la partie catalane de la France, il encourage les initiatives visant à promouvoir la langue catalane, aide à la création ou au développement d'entités culturelles catalanes, tout en étant attaché à la région Languedoc-Roussillon (de traditions occitane et catalane) et à la France. Pour son département, il adopte le slogan « l'accent catalan de la république française »[18]. En tant que conseiller régional, il promeut également la culture occitane.
En 2014, une réforme des régions françaises est proposée par le président de la République François Hollande. Une des motivations principales de cette réforme est de réduire le nombre de régions, d'en créer de nouvelles, plus grandes et supposément plus fortes économiquement. Le projet retenu propose de fusionner le Languedoc-Roussillon avec la voisine Midi-Pyrénées. Christian Bourquin, bien que faisant partie de la majorité gouvernementale, s'oppose vigoureusement à cette fusion, parlant d'« annexion » et de « mépris ». Il milite pour la conservation d'une région Languedoc-Roussillon, qui a selon lui une identité propre à préserver.
Deux établissements d'enseignement secondaire des Pyrénées-Orientales sont nommés Christian-Bourquin en hommage à l'ancien président de la région Languedoc-Roussillon :
↑Sophie Babey, « Christian Bourquin est décédé », L'Indépendant, (lire en ligne, consulté le )
↑ ab et c« Christian Bourquin, la fin du combat », L'Indépendant,
↑ abc et dDenis Dupont et Patrick Claeys, Alduy, Bourquin et les autres... amour et désamour en politique : Abécédaire de 25 ans de politique dans les Pyrénées-Orientales, Thuir, Critérium éditions, , 263 p. (ISBN9782953112504, BNF41205053)