Pendant ce temps Jacques l'Archevêque intrigue à la cour du sultan. Il débarque en à la tête d'un détachement mamelouk, et prend rapidement le contrôle de l'île. La reine et les barons loyalistes se retirent dans la forteresse de Cérines (Kyrenia), qui n'est prise que trois années plus tard, en [1]. Charlotte part alors en Occident.
En 1485, elle cède tous ses droits sur Chypre et Jérusalem à son neveu Charles Ier de Savoie et meurt à Rome le . Elle est enterrée au Vatican, dans la crypte de la basilique Saint-Pierre. Elle n'a aucun enfant de ses deux mariages.
