Pendant vingt ans, il occupe plusieurs fonctions : chef de cabinet à Alep, inspecteur des services administratifs de l'État du Grand Liban, chef de cabinet à Damas, chef de la section financière de la Délégation de Syrie, président du Tribunal arbitral de Beyrouth, chef du service de presse du Haut-Commissariat, conseiller chargé de l'administration, faisant fonction en fait de gouverneur de la Province du Liban-Nord.
En 1940, il hésite entre Charles de Gaulle et Philippe Pétain et se range du côté de ce dernier. À l'été 1941, l'avance des troupes du général Catroux l'obligea de nouveau à choisir entre la France libre et le gouvernement de Pétain. Il retourne à Vichy. Là, il fut nommé directeur de l'Office du Levant, s'occupant principalement de la réintégration de ses anciens collaborateurs et collègues dans les services du gouvernement de Vichy.
Il se montra plus modéré que Darquier, pratiquant un antisémitismeà la française, éloigné des préoccupations raciales des nazis. Il aurait accepté ce poste sur les conseils de son cousin, Antoine d'Ursel, membre de réseaux de renseignements et par la suite chef du Réseau Comète pour la Belgique« pour rendre le C.G.Q.J. aussi inoffensif que possible », ce qu'il aurait fait, en premier lieu par une grande passivité et une désorganisation des services. Le , il déclare : « J’ai accepté le poste de commissaire d’accord avec les représentants des services de renseignements alliés et français ». Malheureusement, Antoine d'Ursel, effectivement en contact avec les alliés, meurt en traversant la frontière franco-espagnole en en tentant de rallier Londres et ne pouvant plus désormais ni confirmer, ni infirmer ces propos[5].
Constatant toutefois l'impossibilité de satisfaire aux exigences de l'occupant sans s'engager dangereusement dans la collaboration, il décida qu'il valait mieux ne pas s'attarder dans un poste qui ne présentait de toute façon aucun avenir. Il le quitta le .
En 2007, un journaliste du Figaro, rendant compte de l'ouvrage Au bureau des affaires juives – L'administration française et l'application de la législation antisémite (1940-1944) (La Découverte, 2006), rédigé par Tal Bruttmann, écrit de lui : « Appelé à ces fonctions uniquement parce qu'il était le fils de l'accusateur de Dreyfus, il s'acquitta de sa triste tâche sans dureté, en portant un intérêt sincère à la détresse des représentants de la communauté juive. »[6]
Après la Libération
Après la Libération, un mandat d'arrêt à son encontre est délivré le . Il est arrêté à son domicile de Versailles en novembre 1946 et écroué[7]. Le dossier d'instruction évolua complètement en sa faveur, le juge d'instruction acceptant même qu'il eût pu jouer un rôle de " saboteur " en accord avec la Résistance. Le , son affaire fut classée sans suite par la Commission d'instruction près la Haute Cour de justice, par une décision de non-lieu. Il fut immédiatement libéré.
Tombé malade durant sa détention, mal soigné, il mourut quelques mois après sa sortie de prison.
↑Marc Knobel, « C.-M.-V. du Paty de Clam, commissaire général aux questions juives », Le Monde Juif, vol. 117, no 1, , p. 18–24 (ISSN0026-9425, lire en ligne, consulté le )
↑France-Soir, 21 novembre 1946 : "Les inspecteurs de la Sûreté nationale ont appréhendé M. Charles Mercier du Paty de Clam, ancien commissaire général aux questions juives, ex-gouverneur du Liban-Nord, demeurant 2, impasse des Chevau-Légers à Versailles. Il faisait l'objet d'un mandat d'arrêt délivré le 30 août 1945. Il a été écroué."
