Des missionnaires jésuites, espagnols ou portugais, parcourent la région au XVIe siècle, dont le jésuite espagnol, Fernão Mendes Pinto (1511-1583, SJ), qui visite le Cambodge en 1554. En 1555, Gaspard Da Cruz (1520-1570, OP), réside à la cour. Au XVIIe siècle, Jésuites, Dominicains et Franciscains fondent quelques postes.
« La formule qualifiée en espagnol de patronato(en) et en portugais de padroado, se traduit par un ensemble d’engagements mutuels. Inscrit à partir de la deuxième moitié du XVe siècle dans une série de bulles pontificales, le système du patronage revient à faire légitimer la colonisation par l’Église, et en retour à mettre les moyens humains, matériels et financiers. »[1] : protectorat des missions(en).
Les missionnaires français
En 1665, l'arrivée du P. Louis Chevreuil, des Missions étrangères de Paris, à Colompé (Phnom Penh) et Pinhalu signe un nouveau départ pour la mission au Cambodge, malgré les difficultés de la mission du fait des troubles de la guerre. En 1768, le père Levavasseur entreprend de nouveau l'évangélisation et traduit un catéchisme en khmer. Ces efforts sont réduits à rien après la dispersion des chrétiens par suite de la guerre avec le Siam et le Vietnam.
Le à l’appel d’Emile Destombes, alors représentant de Caritas Internationalis au Cambodge, a lieu à Phnom Penh pour la première fois depuis 15 ans, un synode des communautés chrétiennes. Les responsables des neuf communautés y participent sous la présidence d’Yves Ramousse, ancien vicaire apostolique de Phnom-Penh qui s’aprête à reprendre le poste. Leur témoignage dessine le panorama de l’Église au Cambodge : on comptait 602 familles chrétiennes cambodgiennes soit environ 3 000 baptisés. Dans les camps de réfugiés, il y avait 350 baptisés et autant de catéchumènes adultes. Depuis, l'Église et le nombre de chrétiens sont en forte croissance au Cambodge.
En 2010, l'Église catholique au Cambodge comprenait :
46 paroisses,
97 prêtres,
101 religieuses,
22 établissements scolaires,
10 organismes de bienfaisance.
La population catholique représentait 21 008 chrétiens, soit 0,14 % de la population.
Organisation
Les catholiques sont répartis en 3 juridictions, 1 vicariat et 2 préfectures :