Depuis la signature des actes de capitulation du Japon de 1945, elle est une base conjointe de l'United States Navy et de la Force maritime d'autodéfense japonaise créée en 1954 dont elle est le quartier-général. Elle est désignée pour la partie japonaise よこすかきち、JMSDF Yokosuka Naval Base (Base navale de Yokosuka de la Force maritime d'autodéfense japonaise) et pour la partie américaine sous le nom de « United States Fleet Activities Yokosuka » ou « Commander, Fleet Activities Yokosuka » (CFAY).
Elle est le port d'attache depuis 1973 du seul porte-avions des États-Unis attaché en permanence à une base outre-mer ; celui-ci est accompagné de son groupe aéronaval. Onze navires américains au total sont attachés à cette base en 2008[2].
Les porte-avions sous la gestion du United States Fleet Activities Yokosuka ont été :