Au début de sa carrière sa recherche porte essentiellement sur Kant et Fichte, qu'Alexis Philonenko aborde sous un angle nouveau, tendant à souligner des interdépendances jusque-là méconnues. Notamment la vision de la philosophie fichtéenne s'en est trouvée renouvelée et la synthèse quintuple apparaît comme une clé essentielle pour le déchiffrage de nombreux textes. En 1967, il publie chez Vrin une traduction des Réflexions sur l'éducation de Kant, avec un essai intitulé « Kant et le problème de l'éducation ».
Auteur en filigrane d'une histoire de la philosophie de la guerre, de laquelle il publie certains chapitres dans Guerres et Paix et Études Polémologiques (Kant, Fichte, Tolstoï, Machiavel, Hegel, Bergson, De Gaulle), plus tard compilé chez Vrin.
Par la suite, son intérêt le porte vers une approche que l'on peut qualifier d'histoire philosophique avec une dissection systématique du raisonnement d'auteurs aussi variés que Platon ou Jean-Jacques Rousseau, ainsi que Léon Chestov ou encore Jankelevitch [6] (voir publications).
Ses travaux ont inclus des ouvrages sur le sport, et la boxe en particulier ; en 1991, il reçoit, pour son Histoire de la boxe[7], le grand prix du livre sportif de l'association des écrivains sportifs, dont il devint membre à part entière. Il publie également un ouvrage dédié à Mohamed Ali : Un destin américain[8].
Commentaire de la "Phénoménologie" de Hegel : de la certitude sensible au savoir absolu, Paris, Vrin, "Bibliothèque d'histoire de la philosophie", 2001.
Leçons aristotéliciennes, Paris, Les Belles Lettres, 2002.
Leçons plotiniennes, Paris, Les Belles Lettres, 2003.
Schopenhauer, critique de Kant, Paris, Les Belles Lettres, 2005.
Wilhelm von Humboldt ou L'aurore de la linguistique, Paris, Les Belles Lettres, 2006.
Mohamed Ali, Un destin américain, Paris, Bartillat, 2007.
Jankélévitch, un système de l'éthique concrète, Paris, éd. du Sandre, 2011.
De Victor Hugo à Dostoievski, Entretiens philosophiques avec Michel Sogny, éd. France-Empire, 2014.
↑Druet Pierre-Philippe. « Fichte et l'intersubjectivité : les thèses de M. A. Philonenko ». In: Revue philosophique de Louvain. Quatrième série, tome 71, no 9, 1973. p. 134-143. [[www.persee.fr/doc/phlou_0035-3841_1973_num_71_9_5728 lire en ligne]]
↑ Cf la préface a Hugues Lethierry Agir avec Jankelevitch , Chronique sociale , lyon ,2013