Γεννήθηκε στην Χίο την 1η Αυγούστου 1661 και ορφάνεψε σε μικρή ηλικία και από τους δύο γονείς[1].
Χειροτονήθηκε διάκονος στις 9 Νοεμβρίου 1679 από τον Πατριάρχη Αλεξανδρείας Παρθένιο Α΄, ο οποίος περιόδευε στην Χίο, και τον πήρε μαζί του στην Αίγυπτο. Εκεί, στις 26 Σεπτεμβρίου 1680 τον προχείρισε αρχιδιάκονο, στις 30 Ιανουαρίου 1687 τον χειροτόνησε πρεσβύτερο και στις 2 Φεβρουαρίου του ίδιου έτους τον όρισε Πρωτοσύγκελλο του Πατριαρχείου Αλεξανδρείας[1]. Το 1693 ορίστηκε Μέγας Πρωτοσύγκελλος του Οικουμενικού Πατριαρχείου από τον Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως Διονύσιο Δ΄.
Το 1697 χειροτονήθηκε Μητροπολίτης Λιβύης και με αυτή την ιδιότητα περιόδευσε κατά τα έτη 1699-1702 προκειμένου να μαζέψει χρήματα για την εξόφληση χρεών που είχαν δημιουργηθεί από την εξαγορά χριστιανών αιχμαλώτων[2].
Το 1711 εξελέγη Πατριάρχης Αλεξανδρείας. Μετά την εκλογή του στον Πατριαρχικό Θρόνο αντιμετώπισε το πρόβλημα της παράλληλης και αντικανονικής εκλογής από το Οικουμενικό Πατριαρχείο του Κλαυδιουπόλεως Κοσμά ως Πατριάρχη Αλεξανδρείας, πετυχαίνοντας μάλιστα και την έκδοση Σουλτανικού φιρμανίου που τον αναγνώριζε ως Προκαθήμενο της Εκκλησίας της Αλεξάνδρειας. Η ενέργεια αυτή οδήγησε σε εντάσεις μεταξύ των δύο Εκκλησιών και ο Σαμουήλ έφτασε το 1713 να διαπραγματεύεται με τον Πάπα Κλήμη ΙΑ΄ την ένωση του Πατριαρχείου Αλεξανδρείας με την Καθολική Εκκλησία. Δύο χρόνια αργότερα ο νέος Οικουμενικός Πατριάρχης Κυπριανός ανεγνώρισε τον Σαμουήλ ως κανονικό Πατριάρχη Αλεξανδρείας, δίνοντας τέλος στη διαμάχη.
Το 1712 έστειλε με τον Θηβαΐδος Αρσένιο επιστολή στην Βασίλισσα της Βρετανίας Άννα Στιούαρτ, με την οποία της ζητούσε οικονομική βοήθεια, και εκείνη έστειλε 500 λίρες[2]. Το 1714 δραπέτευσε από την Αίγυπτο και περιόδευσε στη Βλαχία, Μολδαβία και Χίο, αναζητώντας χρήματα για τις ανάγκες του Πατριαρχείου[3]. Το 1720 περιόδευσε στην Ήπειρο και στα Μετέωρα και εξέδωσε και σιγίλλιο για μια από τις μονές[4].
Πέθανε τον Σεπτέμβριο του 1723. Στην πόλη της Χίου, ένας δρόμος φέρει το όνομά του[5].
