San Emiliano ist eine Gemeinde (Municipio) mit 626 Einwohnern (Stand: 1. Januar 2022) im nordwestlichen Zentral-Spanien in der Provinz León in der Autonomen GemeinschaftKastilien-León. Die Gemeinde besteht neben dem namensgebenden Hauptort San Emiliano aus den Ortschaften Candemuela, Cospedal, Genestosa, La Majúa, Pinos, Riolago, Robledo de Babia, Torrebarrio, Torrestío, Truébano, Villafeliz de Babia, Villargusán und Villasecino.
San Emiliano liegt im nördlichen Teil der Provinz León und liegt an den Südhängen des Kantabrischen Gebirges am Río Luna in einer Höhe von 1180 m. Die Stadt León liegt etwa 75 Kilometer südsüdöstlich von San Emiliano.