Ab den 1970er Jahren engagierte sich Meckel in der DDR-Opposition. Im Oktober 1989 initiierte er gemeinsam mit Martin Gutzeit die Gründung der Sozialdemokratischen Partei der DDR (SDP),[3] zu deren Zweitem Sprecher er an ihrem Gründungstag, dem 7. Oktober 1989, gewählt wurde. Vom 23. Februar 1990 bis zum Vereinigungsparteitag mit der westdeutschen SPD am 27. September 1990 war er stellvertretender Parteivorsitzender der ostdeutschen SPD. Daneben führte er nach dem Rücktritt von Ibrahim Böhme vom 26. März bis 10. Juni 1990 die Geschäfte des Vorsitzenden der Ost-SPD.
Vom 5. April bis zum 2. Oktober 1990 gehörte Meckel der einzigen frei gewählten Volkskammer der DDR an. Vom 20. Dezember 1990 bis zum 27. Oktober 2009 war er Mitglied des Deutschen Bundestages in dessen 12. bis 16. Wahlperiode. Bei den Bundestagswahlen1990, 1994 und 1998 wurde er als direkt gewählter Abgeordneter des Wahlkreises Prenzlau – Angermünde – Schwedt – Templin – Gransee, 2002 und 2005 im neu zugeschnittenen Wahlkreis Uckermark – Barnim I gewählt. Bei der Bundestagswahl 2009 kandidierte er erneut im Wahlkreis, unterlag aber seiner Mitbewerberin der ParteiDie Linke; auch Platz 9 auf der Landesliste der SPD Brandenburg genügte nicht für einen erneuten Einzug in den Bundestag.
Von 1992 bis 1994 war Meckel Sprecher der SPD-Bundestagsfraktion in der von ihm initiierten Enquete-KommissionAufarbeitung von Geschichte und Folgen der SED-Diktatur in Deutschland[4] und von 1994 bis 1998 Sprecher der SPD-Fraktion in der Enquete-Kommission Überwindung der Folgen der SED-Diktatur im Prozess der deutschen Einheit, sowie von 2001 bis 2009 stellvertretender außenpolitischer Sprecher der SPD-Fraktion.
Meckel (r.) als Volksbundpräsident mit seinem Vorgänger Reinhard Führer
Am 12. Oktober 2013 wurde Markus Meckel zum Präsidenten des Volksbundes Deutsche Kriegsgräberfürsorge e. V. gewählt. Während seiner Amtszeit versuchte er, den Volksbund als wichtigen Akteur der nationalen und europäischen Erinnerungskultur zu etablieren und durch strukturelle Reformen dessen Zukunft zu sichern. Die Auseinandersetzungen innerhalb des Volksbundes über ein von Meckel entwickeltes Leitbild[8] endeten mit seinem Rücktritt am 22. September 2016.[9]
Zu wandeln die Zeiten. Erinnerungen, Evangelische Verlagsanstalt, Leipzig 2020
Zeitansagen. Reden und Texte aus zwei Jahrzehnten. 2019
Selbstbewußt in die Deutsche Einheit – Rückblicke und Reflexionen. Verlag Arno Spitz, Berlin 2001, ISBN 3-8305-0151-X.
mit Martin Gutzeit (Hrsg.): Opposition in der DDR – Zehn Jahre kirchliche Friedensarbeit. Bund Verlag, Köln 1994.
„Wie ich den 9. November 1989 erlebte“. In: Petra Heß, Christoph Kloft (Hrsg.): Der Mauerfall. 20 Jahre danach … Rhein-Mosel-Verlag, Zell/Mosel 2009.
„Zur Freiheit hat uns Christus befreit“. In: Arnd Brummer (Hrsg.): Vom Gebet zur Demo. 1989 – Die Friedliche Revolution begann in den Kirchen. edition chrismon, 2009.
Ehrhart Neubert: Unsere Revolution. Die Geschichte der Jahre 1989/90. Mit einem Vorwort von Markus Meckel und Rainer Eppelmann. Piper Verlag, München 2008.
Ilko-Sascha Kowalczuk: Endspiel. Die Revolution von 1989 in der DDR. Beck-Verlag, München 2009.
Geborgenheit und Wagnis. In: Christoph Kleßmann (Hrsg.): Kinder der Opposition – Berichte aus Pfarrhäusern in der DDR. Gütersloh 1993, S. 95–108.
Der Pastor. In: Sandra Pingel-Schliemann, Der Landesbeauftragte für Mecklenburg-Vorpommern für die Unterlagen des Staatssicherheitsdienstes der ehemaligen DDR (Hrsg.): Lebenswege … im Schatten des Staatssicherheitsdienstes., Schwerin 2008, ISBN 978-3-933255-27-3, S. 137–157.
Interview mit Markus Meckel am 29. Juni und 15. Oktober 1992. In: Wolfgang Herzberg, Patrik von zur Mühlen (Hrsg.): Auf den Anfang kommt es an – Sozialdemokratischer Neubeginn in der DDR. Bonn 1993, S. 106–133.
↑Im Schatten des Domes: Theologische Ausbildung in Naumburg 1949–1994. Ev. Verlagsanstalt, Leipzig 2012, ISBN 978-3-374-03048-4.
↑Stephen Brown: Von der Unzufriedenheit zum Widerspruch: Der Konziliare Prozess für Gerechtigkeit, Frieden und Bewahrung der Schöpfung als Wegbereiter der friedlichen Revolution in der DDR. Lembeck, Frankfurt am Main 2010, ISBN 978-3-87476-619-7.
↑Markus Meckel, Steffen Reiche (Hrsg.): Nichts muss bleiben, wie es ist. Gedanken zur Gründung der Ost-SPD. Vorwärts Buch Verlag, 2010, ISBN 978-3-86602-480-9.
↑Materialien der Enquete-Kommission ‚Aufarbeitung von Geschichte und Folgen der SED-Diktatur in Deutschland‘, Suhrkamp, 1995, ISBN 3-518-09162-X.