EHF Champions League 1999-2000 for kvinder var den syvende EHF Champions League-turnering for kvinder. Turneringen blev arrangeret af European Handball Federation og havde deltagelse af 24 hold. 16 af holdene spillede først én cup-runde (1/16-finaler). De otte vindere af 1/16-finalerne gik sammen med otte direkte kvalificerede hold videre til gruppespillet, der bestod af fire grupper med fire hold, hvorfra de fire vindere og fire toere gik videre til kvartfinalerne.