EHF Champions League 1998-99 for mænd var den sjette EHF Champions League-turnering for mænd. Turneringen blev arrangeret af European Handball Federation og havde deltagelse af 33 hold. Holdene spillede først to cup-runder (1/32- og 1/16-finaler). De seksten vindere af 1/16-finalerne gik videre til gruppespillet, der bestod af fire grupper med fire hold, hvorfra de fire vindere og fire toere gik videre til kvartfinalerne.
Turneringen blev for fjerde år i træk vundet af FC Barcelona fra Spanien, som i en gentagelse af de forrige to års finaler over to kampe samlet vandt 51-40 over kroatiskeBadel 1862 Zagreb. Det danske mesterhold, GOG, repræsenterede Danmark i turneringen og formåede at kvalificere sig til gruppespillet, hvor holdet endte på tredjepladsen i gruppe C.