През 1876 година Сарафов е арестуван от османските власти. Категорично отхвърля възможността да се откаже от българската си народност. Заради достойното си поведение е освободен от ареста.[7] Преследван от властите в 1878 година се преселва в София. Участва в Кресненско-Разложкото въстание като член на софийския комитет „Единство“. Още на 18 ноември е изпратен от Методий Кусев в района на въстанието, за да събере информация.[8] Методий Кусев пише за него:
„
известен на цялото почти население в Неврокопско и Мелничко за патриотическите му чувства и за неговите подвизи по църковните въпроси.[8]
↑Борис Сарафов: „човек со звезда“. София, Издание на ВМРО-СМД, 1994. с. 14.
↑ абГрудев, Стефан. Кръстьо Сарафов: Жизнен и творчески път. София, Наука и изкуство, 1970. с. 10.
↑Маркова, Зина. Българската екзархия 1870 – 1879. София, Издателство на Българската академия на науките, 1989. с. 325.
↑„Документи за българското Възраждане от архива на Стефан И. Веркович 1860-1893“. София, 1969, стр.481.
↑Просветното дело в Неврокоп /Гоце Делчев/ и Неврокопско през Възраждането, София, 1979, стр.150.
↑Z. Два санджака отъ Источна Македония // Периодическо списание на Българското книжовно дружество въ Средѣцъ Година Осма (XXXVII-XXXVIII). Средѣцъ, Държавна печатница, 1891. с. 68.
↑ абДойнов, Дойно. Кресненско-Разложкото въстание 1878 – 1879, БАН, София, 1979, стр. 73, 141.
↑Билярски, Цочо. Княжество България и македонският въпрос, т.1. Върховен македоно-одрински комитет 1895 – 1905 (Протоколи от конгресите), Българска историческа библиотека, 5, Иврай, София, 2002, стр. 138.
↑Енциклопедия. Българската възрожденска интелигенция. Учители, свещеници, монаси, висши духовници, художници, лекари, аптекари, писатели, издатели, книжари, търговци, военни.... София, ДИ „Д-р Петър Берон“, 1988. с. 584.