Ağayev Rafael Mahir oğlu 4 mart 1985-ci ildə Sumqayıt şəhərində anadan olub.
Atasının yolu ilə gedərək 7 yaşından futbolla məşğul olub. Ailənin üç oğlundan Rafael ən kiçiyi idi. Onun hər iki qardaşı da idmanla məşğul olurdu: Ruslan (böyük) — cüdo; Rüstəm (orta) — boks.
Eyni zamanda ilk məşqçisi, Rafael Məmmədovun məktəbində karate ilə məşğul olmağa başlayıb. İlk məşqçisi onda karateyə qarşı böyük sevgi oyada bilmiş, ona ilk vərdiş və bacarıqları alışdırmışdır. İlk milli yarışlarda iştirak etməklə o, diqqəti özünə çəkmiş və Füzuli Musayevin rəhbərliyi altında respublikanın ən məşhur idman klublarından biri olan "Budokan"da məşq etməyə başlamışdır. 2018-ci ildə verdiyi müsahibədə Ağayev karateyə gəlişini belə təsvir edir:
"Yeddi yaşımda ilk dəfə Bruce Li filmlərinə baxdım və dərhal karateyə aşiq oldum. Və atamdan məni bölməyə göndərməsini xahiş etməyə başladı. Atam peşəkar idmançı olub, "Polad" (Sumqayıt) futbol komandasında çıxış edib. O, məndən həqiqətən futbolla yox, karate ilə məşğul olmaq istəyib-istəmədiyimi soruşdu və bundan sonra məni ilk məşqçim Rafael Məmmədovla bölməyə gətirdi. İndi isə 22 ildir ki, karate ilə məşğulam."
Rafael Ağayev artıq ilk respublika çempionatında bütün rəqibləri üzərində inamlı qələbə qazanaraq Milli Karate Federasiyasının prezidenti Yaşar Bəşirovun diqqətini cəlb edə bilmişdi. O, beynəlxalq yarışlarda ilk dəfə olaraq milli yığma komandanın tərkibində 1997-ci ildə, Macarıstanda keçirilən açıq Dünya Kubokunda iştirak etmişdir. Növbəti il o, İngiltərənin açıq çempionatının qalibi olmuş və bundan sonra, heç bir yarışdan medalsız geri qayıtmamışdır.
Rafael Ağayev, karate ilə məşğul olmağa yeddi yaşında başlayıb. İdmanda atdığı ilk addımlarda Rafael Məmmədovun (məşqçi) rolu həlledicidir. Brüs Linin lent yazılarını seyr etmək Rafaeli ruhlandırırdı. Həmin vaxtı o uşaq idi və Brüs Linin məşq etdiyi kunq-fu idman növünü karate ilə səhv salırdı. Uşaqlıqda dəcəl olduğu üçün valideynləri onun karate ilə məşğul olmağına qərar verdilər. Valideynləri onu həvəsləndirirlər. Həmişə yarışdan əvvəl Allaha dua edir. 2013-cü ildə ayağından zədə aldığı üçün 2014-cü ilə yarışlara qatıla bilmədi. 2015-ci ildə yenidən var gücü ilə mübarizə aparmağa başlamışdır.
2003-cü ildə 21 №-li orta məktəbi bitirdikdən sonra Azərbaycan Dövlət Bədən Tərbiyəsi və İdman Akademiyasının təkmübarizlik fakültəsinə daxil olmuş, 2007-ci ildə oranı güləşmə və onun metodikası karate üzrə məşqçi-müəllim ixtisası üzrə bitirmişdir.
75 kiloqram çəki dərəcəsində karatenin kumite növü üzrə Rəfael Ağayev 2015 Avropa Oyunlarında ilk görüşü ukraynalı İlya Nikulinə 3:0 hesabı ilə qalib gəlmişdir. İdmançı ikinci görüşdə türkiyəli Erman Eltemura 3:5 hesabı ilə məğlub olmuşdur. Qrupun son görüşündə latviyalı Ruslan Sadıqova 3:1 hesabı ilə qalib gələn Rəfael Ağayev yarımfinala yüksələ bilmişdir. O, yarımfinalda Almaniya idmançısı Noah Bitchini 1:0 hesabı ilə məğlub edərək final görüşünü İtaliya idmançısı Luici Busa ilə keçirmişdir. O, görüşün son saniyələrində fərqlənərək birinci Avropa Oyunlarının çempionu adını qazanmış, qızıl medala sahib olmuşdur.[8]
Dövlət təltifləri
"Şöhrət" ordeni — Azərbaycan Prezidentiİlham Əliyevin 29 iyun 2015-ci il tarixli 1299 nömrəli Sərəncamına əsasən I Avropa Oyunlarında qazanılmış yüksək nailiyyətlərə və Azərbaycan idmanının inkişafında böyük xidmətlərinə görə "Şöhrət" ordeni ilə təltif olunub