本列表中包括臺灣特有種及臺灣特有變種，地域上的分布包括臺灣本島，以及澎湖群島、綠島、蘭嶼等離島。
蕨類植物
Lycopodiaceae
- 石杉屬 Huperzia
- 反捲葉石杉 Huperzia quasipolytrichoides (Hayata) Ching
- 石松屬 Lycopodium
- 寬葉石松 Lycopodium cunninghamioides Hayata
- 臺灣石松 Lycopodium taiwanense Kuo
- 玉山地刷 Lycopodium yueshanense Kuo
Marattiaceae
Hymenophyllaceae
- 厚葉蕨屬 Cephalomanes
- 厚葉蕨 Cephalomanes clathratum (Tagawa.)K. Iwats.
- 膜蕨屬 Hymenophyllum
- 棣氏膜蕨 Hymenophyllum devolii Lai
Dicksoniaceae
Plagiogyriaeae
- 瘤足蕨屬Plagiogyri
- 臺灣瘤足蕨 Plagiogyria formosana Na
Polypodiaceae
- 瓦葦屬Lepisorus
- 擬笈瓦葦 Lepisorus monilisorus (Hayata) Tagawa
Dryopteridaceae
Blechnaceae
- 烏毛蕨屬Blechnum
- 韓氏烏毛蕨 Blechnum hancockii Hance
- 水韭屬Isoetes
- 台灣水韭 Isoetes taiwanensis DeVol
裸子植物
- 台灣穗花杉 Amentotaxus formosana
- 台灣粗榧 Cephalotaxus wilsoniana
- 蘭嶼羅漢松 Podocarpus costalis
- 叢花百日青 Podocarpus fasciculus
- 桃實百日青 Podocarpus nakaii
- 台灣冷杉 Abies kawakamii
- 台灣油杉 Keteleeria davidiana var. formosana
- 台灣雲杉 Picea morrisonicola
- 台灣華山松 Pinus armandii var. masteriana
- 天龍二葉松 Pinus fragilissima
- 台灣五葉松 Pinus morrisonicola
- 台灣二葉松 Pinus taiwanensis
- 台灣黃杉 Pseudotsuga wilsoniana
- 台灣鐵杉 Tsuga chinensis var. formosana
- 巒大杉 Cunninghamia konishii
- 台灣杉 Taiwania cryptomerioides
- 紅檜 Chamaecyparis formosensis
- 台灣扁柏 Chamaecyparis obtusa var. formosana
- 台灣肖楠 Calocedrus formosana
被子植物
雙子葉植物綱 單子葉植物綱
雙子葉植物綱
楊柳科 殼斗科 榆科 桑科 桑寄生科 石竹科 藜科 莧科 木蘭科 五味子科 八角科 樟科 毛茛科 小蘗科 防已科 胡椒科 馬兜鈴科 大花草科 獼猴桃科 茶科 金絲桃科 山柑科 十字花科 金鏤梅科 景天科 薔薇科 豆科 牻牛兒苗科 大戟科 芸香科 槭樹科 冬青科 衛矛科 鼠李科 葡萄科 杜英科 瑞香科 胡頹子科 堇菜科 秋海棠科 桃金孃科 野牡丹科 五加科 繖形科 杜鵑花科 紫金牛科 灰木科 木犀科 夾桃科 茜草科 紫草科 馬鞭草科 唇形科 玄參科 爵床科 忍冬科 敗醬科 菊科 報春花科 龍膽科 車前科
- 柳屬 Salix 台灣有5種和4變種，全為特有種
- 薄葉柳 Salix fulvopubescens var.doii (Hayata) Yang & Huang 特有變種
- 褐毛柳 Salix fulvopubescens var. fulvopubescens
- 白毛柳 Salix fulvopubescens Hayata var. tagawana Koidz. 特有變種
- 水社柳 Salix kusanoi (Hayata) Schneider
- 關山嶺柳 Salix okamotoana Koidz.
- 玉山柳 Salix taiwanalpina var. morrisonicola (Kimura) Yang & Huang 特有變種
- 臺灣山柳 Salix taiwanalpina var. taiwanalpina
- 高山柳 Salix taiwanalpina var. takasagoalpina (Koidz.) Ying 特有變種
- 水柳 Salix warburgii O. Seemen
FAGACEAE
- 栲屬 Castanopsis (苦櫧)
- 細刺苦櫧 Castanopsis kusanoi Hayata
- 杏葉石櫟屬 Lithocarpus
- 鬼石櫟 Lithocarpus castanopsisifolius (Hayata) Hayata
- 石櫟屬 Pasania
- 柳葉石櫟 Pasania dodoniifolius Hayata
- 台灣石櫟 Pasania formosana (Skan ex Forbes et. Hemsl.) Schottky
- 三斗石櫟 Pasania hancei (Benth.) var. ternaticupula (Hayata) J.C. Liao
- 細葉三斗石櫟 Pasania hancei (Benth.) var. ternaticupula (Hayata) Liao f. subreticulata (Hayata) Liao
- 大葉石櫟 Pasania kawakamii (Hayata) Schottky
- 油葉石櫟 Pasania konishii (Hayata) Schottky
- 南投石櫟 Pasania nantoensis (Hayata) Schottky
- 浸水營石櫟 Pasania shinsuiensis (Hayata & Kanehira) Nakai
- 青剛櫟屬 Cyclobalanopsis
- 谷園青剛櫟 Cyclobalanopsis glauca (Thunb. ex Murray) Oerst. var. kuyuensis (Liao) Liao
- 圓果青剛櫟 Cyclobalanopsis globosa (Lin & Liu) Liao
- 佳保台圓果青剛櫟 Cyclobalanopsis globosa Lin & Liu f. chiapautaiensis (Liao) Liao
- 灰背櫟 Cyclobalanopsis hypophaea (Hayata) Kudo
- 錐果櫟 Cyclobalanopsis longinux (Hayata) Schottky
- 郭氏錐果櫟 Cyclobalanopsis longinux (Hayata) Schottky var. kuoi Liao
- 紫背錐果櫟 Cyclobalanopsis longinux (Hayata) Schottky var. lativiolaciifolia Liao
- 森氏櫟 Cyclobalanopsis morii (Hayata) Schottky
- 波葉櫟 Cyclobalanopsis rapandifolia Liao
- 狹葉櫟 Cyclobalanopsis stenophylloides Hayata
- 山毛櫸屬 Fagus
- 台灣山毛櫸 Fagus hayatae Hayata
ULMACEAE
- 朴屬 CELTIS
- 小葉朴 Celtis nervosa Hemsl.
MORACEAE
- 榕樹屬 FICUS
- 越橘葉蔓榕 Ficus vaccinioides Hemsl.
LORANTHACEAE
- 桑寄生屬 LORANTHUS
- 高氏桑寄生 Loranthus kaoi (Chao) Kiu
- 大葉楓寄生屬 SCURRULA
- 忍冬桑寄生 Scurrula lonicerifolia (Hayata) Danser
- 恒春桑寄生 Scurrula pseudochinensis (Yamamoto) Y. C. Liu & K. L. Chen
- 杜鵑桑寄生 Scurrula rhododendricola (Hayata) Danser
- 埔姜桑寄生 Scurrula ritozanensis (Hayata) Danser
- 松寄生屬 TAXILLUS
- 松寄生 Taxillus matsudae (Hayata) Danser
- 槲寄生屬 VISCUM
- 台灣槲寄生 Viscum alniformosanae Hayata
- 柿寄生 Viscum diospyrosicolum Hayata
- 刀葉桑寄生 Viscum multinerve (Hayata) Hayata
CARYOPHYLLACEAE
- 無心菜屬 ARENARIA
- 亞毛無心菜 Arenaria subpilosa (Hayata) Ohwi
- 高山無心菜 Arenaria takasagomontana (Masamune) S. S. Ying
- 卷耳屬CERASTIUM
- 阿里山卷耳 Cerastium arisanensis Hayata
- 小瓣卷耳 Cerastium parvipetalum Hosokawa
- 玉山卷耳 Cerastium trigynum Vill. var. morrisonense (Hayata) Hayata
- 蠅子草屬SILENE
- 南湖大山蠅子草 Silene glabella (Ohwi) S. S. Ying
- 台灣蠅子草 Silene morii Hayata
- 玉山蠅子草 Silene morrison-montana (Hayata) Ohwi & Ohashi
- 高山蠅子草 Silene transalpina (Hayata) S. S. Ying
- 繁縷屬 STELLARIA
- 小花繁縷 Stellaria micrantha Hayata
- 網脈繁縷 Stellaria reticulivena Hayata
CHENOPODIACEAE
- 藜屬CHENOPODIUM
- 台灣藜 Chenopodium formosanum Koidz
AMARANTHACEAE
- 青箱屬 CELOSIA
- 台東青箱 Celosia taitoensis Hayata
MAGNOLIACEAE
- 木蘭屬MAGNOLIA
- 烏心石舅 Magnolia kachirachirai (Kanehira & Yamamoto) Dandy
- 烏心石屬 MICHELIA
- 烏心石 Michelia formosana (Kanehira) Masamune &Suzuki
SCHISANDRACEAE
- 五味子屬 SCHISANDRA
- 阿里山五味子 Schisandra arisanensis Hayata
ILLICIACEAE
- 八角屬 ILLICIUM
- 台灣八角 Illicium arborescens Hayata
LAURACEAE
- 樟屬 CINNAMOMUM
- 台灣肉桂 Cinnamomum insularimontanum Hayata
- 牛樟 Cinnamomum kanehirae Hayata
- 蘭嶼肉桂 Cinnamomum kotoense Kanehira & Sasaki
- 胡氏肉桂 Cinnamomum macrostemon Hayata
- 土肉桂 Cinnamomum osmophloeum Kanehira
- 土樟 Cinnamomum reticulatum Hayata
- 釣樟屬 LINDERA
- 內苳子 Lindera akoensis Hayata
- 楨楠屬 MACHILUS
- 大葉楠 Machilus kusanoi Hayata
- 恆春楨楠 Machilus obovatifolia (Hayata) Kanehira & Sasaki
- 菲律賓楠 Machilus philippinensis Merr.
- 假長葉楠 Machilus pseudolongifolia Hayata
- 香楠 Machilus zuihoensis var. zuihoensis Hayata
- 新木薑子屬NEOLITSEA
- 高山新木薑子 Neolitsea acuminatissima (Hayata) Kanehira &Sasaki
- 武威新木薑子 Neolitsea buisanensis Yamamoto & Kamikoti
- 大武新木薑子 Neolitsea daibuensis Kamikoti
- 小芽新木薑子 Neolitsea parvigemma (Hayata)Kanehira & Sasaki
- 蘭嶼新木薑子 Neolitsea villosa (Bl.) Merr.
- 檫樹屬
- 台灣檫樹 Sassafras randaiense (Hayata) Rehder
RANUNCULACEAE
- 烏頭屬 ACONITUM
- 台灣烏頭 Aconitum fukutomei Hayata var. fukutomei
- 鐵線蓮屬 CLEMATIS
- 屏東鐵線蓮 Clematis akoensis Hayata
- 台灣鐵線蓮 Clematis formosana Kuntz.
- 台灣草牡丹 Clematis psilandra Kitagawa
- 田村氏鐵線蓮 Clematis tamurae Yang & Huang
- 高山鐵線蓮 Clematis tsugetorum Ohwi
- 毛茛屬 RANUNCULUS
- 掌葉毛茛 Ranunculus cheirophyllus Hayata
- 蓬萊毛茛 Ranunculus formosa-montanus Ohwi
- 高山毛茛 Ranunculus junipericolus Ohwi
- 森氏毛茛 Ranunculus morii (Yamamoto) Ohwi
- 南湖毛茛 Ranunculus nankotaizanus Ohwi
- 唐松草屬 THALICTRUM
- 密葉唐松草 Thalictrum myriophyllum Ohwi
- 南湖唐松草 Thalictrum rubescens Ohwi
- 玉山唐松草 Thalictrum sessile Hayata
- 大花傅氏唐松草 Thalictrum urbaini Hayata var. majus T. Shimizu
- 傅氏唐松草 Thalictrum urbaini Hayata var. urbaini
- 金蓮花屬 Trollius
- 台灣金蓮花 Trollius taihasenzanensis Masamune
BERBERIDACEAE
- 小檗屬BERBERIS
- 長葉小檗 Berberis aristatoserrulata Hayata
- 高山小檗 Berberis brevisepala Hayata
- 清水山小檗 Berberis chingshuiensis Shimizu
- 台灣小檗 Berberis kawakamii Hayata
- 眠月小檗 Berberis mingetsuensis Hayata
- 玉山小檗 Berberis morrisonensis Hayata
- 太魯閣小檗 Berberis tarokoensis Lu & Yang
- 十大功勞屬MAHONIA
MENISPERMACEAE
- 土防己屬 CYCLEA
- 土防己 Cyclea gracillima Diels
- 台灣土防己 Cyclea ochiaiana (Yamamoto) H. S. Lo
- 青牛膽屬TINOSPORA
- 恒春青牛膽 Tinospora dentata Diels
PIPERACEAE
- 椒草屬PEPEROMIA
- 山椒草Peperomia nakaharai Hayata
- 胡椒屬 PIPER
- 恒春風藤 Piper kawakamii Hayata
- 薄葉風藤 Piper sintenense Hatusima
- 台灣荖藤 Piper taiwanense Lin & Lu
- 馬兜鈴屬ARISTOLOCHIA
- 瓜葉馬兜鈴 Aristolochia cucurbitifolia Hayata
- 細辛屬 ASARUM
- 鴛鴦湖細辛 Asarum crassusepalum S. F. Huang, T. H. Hsieh & T. C. Huang
- 下花細辛 Asarum hypogynum Hayata
- 大花細辛 Asarum macranthum Hook. f.
- 太平山細辛 Asarum taipingshanianum S. F. Huang, T. H. Hsieh & T. C. Huang
RAFFLESIACEAE
- 奴草屬MITRASTEMON
- 菱形奴草 Mitrastemon kanehirai Yamamoto
- 台灣奴草 Mitrastemon kawasasakii Hayata
ACTINIDIACEAE
- 獼猴桃屬ACTINIDIA
- 台灣羊桃 Actinidia chinensis Planch. var. setosa Li
THEACEAE
- 楊桐屬 ADINANDRA
- 台灣楊桐 Adinandra formosana Hayata
- 鈍葉楊桐 Adinandra formosana Hayata var. obtusissima (Hayata) H. Keng
- 毛柱楊桐 Adinandra lasiostyla Hayata
- 茶梨屬ANNESLEA
- 細葉茶梨Anneslea lanceolata (Hayata) Kanehira
- 山茶屬CAMELLIA
- 恒春山茶Camellia hengchunensis Chang
- 能高山茶Camellia nokoensis Hayata
- 台灣山茶Camellia sinensis (L.) Kuntze f. formosensis Kitam.
- 細葉山茶Camellia tenuifolia (Hayata) Coh.-Stuart
- 阿里山茶Camellia transarisanensis (Hayata) Coh.-Stuart
- 泛能高山茶Camellia transnokoensis Hayata
- 紅淡比屬CLEYERA
- 長果紅淡比 Cleyera japonica Thunb. var. longicarpa (Yamamoto) Ling & Hsieh
- 森氏紅淡比 Cleyera japonica Thunb. var. morii (Yamamoto) Masam.
- 太平紅淡比 Cleyera japonica Thunb. var. taipinensis H. Keng
- 柃木屬EURYA
- 假柃木 Eurya crenatifolia (Yamamoto) Kobuski
- 厚葉柃木 Eurya glaberrima Hayata var. glaberrima
- 薄葉柃木 Eurya leptophylla Hayata
- 南仁山柃木 Eurya nanjenshanensis C. F. Fsieh, L. K. Ling and Sheng Z. Yang
- 蓮華池柃木 Eurya rengechiensis Yamamoto
- 粗毛柃木 Eurya strigillosa Hayata
- 清水山柃木 Eurya taitungensis C. E> Chang
- 烏皮茶屬Pyrenaria
- 烏皮茶 Pyrenaria shinkoensis (Hayata) H. Keng
- 武威山烏皮茶 Pyrenaria buisanensis (Sasaki) C.F.Hsieh, S.Z.Yang and M.H.Su
GUTTIFERAE
- 福木屬 GARCINIA
- 蘭嶼福木 Garcinia linii C. E. Chang
- 金絲桃屬 HYPERICUM
- 台灣金絲桃 Hypericum formosanum Maxim.
- 玉山金絲桃 Hypericum nagasawae Hayata
- 能高金絲桃 Hypericum nokoense Ohwi
- 方莖金絲桃 Hypericum subalatum Hayata
- 藤黃屬 Garcinia
CAPPARACEAE
- 魚木屬CRATEVA
- 臺灣魚木 Crateva adansonii DC. subsp. formosensis Jacobs
CRUCIFERAE (BRASSICACEAE)
- 筷子芥屬 ARABIS
- 台灣筷子芥 Arabis formosana (Masamune ex S. F. Huang) S. S. Ying
- 山芥屬 BARBAREA
- 山芥菜Barbarea orthocera Ledeb. var. formosana Kitamura
- 台灣山芥菜Barbarea taiwaniana Ohwi
- 碎米薺屬CARDAMINE
- 阿玉碎米薺 Cardamine agyokumontana Hayata
- 腎葉碎米薺 Cardamine reniformis Hayata
- 假山葵屬COCHLEARIA
- 台灣假山葵 Cochlearia formosana Hayata
- 山薺屬DRABA
HAMAMELIDACEAE
- 蠟瓣花屬CORYLOPSIS
- 台灣瑞木Corylopsis stenopetala Hayata
- 楓香 Liquidambar formosana Hance
CRASSULACEAE
- 燈籠草屬KALANCHOE
- 鵝鑾鼻燈籠草 Kalanchoe garambiensis Kudo
- 小燈籠草 Kalanchoe gracile Hance
- 佛甲草屬 SEDUM
- 星果佛甲草 Sedum actinocarpum Yamamoto
- 珠芽佛甲草 Sedum buliferum Makino
- 紅子佛甲草 Sedum erythrospermum Hayata
- 小萼佛甲草 Sedum microsepalum Hayata
- 玉山佛甲草 Sedum morrisonense Hayata
- 能高佛甲草 Sedum nokoense Yamaoto
- 石碇佛甲草 Sedum sekiteinse Yamamoto
- 穗花八寶 Sedum subcapitatum Hayata
ROSACEAE
- 薔薇屬ROSA
- 玉山薔薇 Rosa morrisonensis Hayata
- 高山薔薇 Rosa transmorrisonensis Hayata
- 舖地蜈蚣屬COTONEASTER
- 台灣舖地蜈蚣 Cotoneaster konishii Hayata
- 玉山舖地蜈蚣 Cotoneaster morrisonensis Hayata
- 樂山舖地蜈蚣 Cotoneaster rokujodaisanensis Hayata
- 枇杷屬ERIOBOTRYA
- 武威山枇杷 Eriobotrya deflexa forma buisanensis (Hayata) Nakai
- 台灣枇杷 Eriobotrya deflexa forma deflexa
- 蚊子草屬FILIPENDULA
- 台灣蚊子草 Filipendula kiraishiensis Hayata
- 草莓屬FRAGARIA
- 台灣草莓 Fragaria hayatai Makino
- 石楠屬PHOTINIA
- 台東石楠 Photinia ardisiifolia Hayata
- 毛瓣石楠 Photinia lasiopetala Hayata
- 玉山假沙梨 Photinia niitakayamensis Hayata
- 翻白草屬POTENTILLA
- 雪山翻白草 Potentilla tugitakensis Masamune
- 老葉兒樹屬POURTHIAEA
- 清水石楠 Pourthiaea chingshuiensis T. Shimizu
- 台灣石楠 Pourthiaea lucida Decaisne
- 假皂莢屬 PRINSEPIA
- 假皂莢 Prinsepia scandens Hayata
- 梅屬PRUNUS
- 霧社山櫻花 Prunus taiwaniana Hayata
- 阿里山櫻花 Prunus transarisanensis Hayata
- 火刺木屬PYRACANTHA
- 台灣火刺木 Pyracantha koidzumii (Hayata) Rehd.
- 梨屬PYRUS
- 台灣野梨 Pyrus taiwanensis Iketani & Ohashi
- 懸鉤子屬RUBUS
- 梣葉懸鉤子Rubus fraxinifoliolus Hayata
- 桑葉懸鉤子Rubus kawakamii Hayata
- 蘭嶼懸鉤子Rubus lanyuensis Chang
- 霧社懸鉤子Rubus linearifoliolus Hayata
- 尾葉懸鉤子Rubus morii Hayata
- 粗毛懸鉤子Rubus nagasawanus Koidz.
- 小梣葉懸鉤子Rubus parviaraliifolius Hayata
- 李棟山懸鉤子Rubus ritozanensis Sasaki
- 刺花懸鉤子Rubus taitoensis var. aculeatiflorus (Hayata) Ohashi & Hsieh
- 台東刺花懸鉤子Rubus taitoensis var. taitoensis 特有變種
- 台灣莓 Rubus taiwanicolus Koidz. & Ohwi
- 長尾葉懸鉤子Rubus urophyllus Y. C. Liu & F. Y. Lu ex F. Y. Lu
- 玉里懸鉤子Rubus yuliensis Liu & Lu
- 花楸屬SORBUS
- 巒大花楸Sorbus randaiensis (Hayata) Koidz.
- 繡線菊屬SPIRAEA
- 台灣繡線菊Spiraea formosana Hayata
- 假繡線菊Spiraea hayatana Li
- 玉山繡線菊Spiraea morrisonicola Hayata
- 太魯閣繡線菊Spiraea tarokoensis Hayata
LEGUMINOSAE ( FABACEAE)
- 土圞兒屬APIOS
- 台灣土圞兒Apios taiwanianus Hosokawa
- 紫雲英屬ASTRAGALUS
- 南湖大山紫雲英Astragalus nankotaizanensis Sasaki
- 能高大山紫雲英Astragalus nokoensis Sasaki
- 假含羞草屬CHAMAECRISTA
- 鵝鑾鼻決明Chamaecrista garambiensis (Hosokawa) Ohashi
- 野百合屬CROTALARIA
- 紅花假地藍Crotalaria chiayiana Liu & Lu
- 鵝鑾鼻野百合Crotalaria similis Hemsl.
- 木山螞蝗屬DENDROLOBIUM
- 變節山螞蝗Dendrolobium dispermum (Hayata) Schindl.
- 魚藤屬DERRIS
- 疏花魚藤Derris laxiflora Benth.
- 山螞蝗屬DESMODIUM
- 細葉山螞蝗Desmodium gracilium Hemsl.
- 扁豆屬DOLICHOS
- 二裂葉扁豆Dolichos trilobus L. var. kosyuensis (Hosokawa) Ohashi
- 山黑扁豆屬DUMASIA
- 苗栗野豇豆Dumasia miaoliensis Liu & Lu
- 大豆屬GLYCINE
- 扁豆莢大豆Glycine dolichocarpa Tateishi & Ohashi
- 木藍屬INDIGOFERA
- 貓鼻頭木藍Indigofera byobiensis Hosokawa
- 腺葉木藍Indigofera glandulifera Hayata
- 太魯閣木藍Indigofera ramulosissima Hosokawa
- 台灣木藍Indigofera taiwaniana Huang & Wu
- 馬鞍樹屬MAACKIA
- 台灣馬鞍樹Maackia taiwanensis Hoshi & Ohashi
GERANIACEAE
- 牻牛兒苗屬GERANIUM
- 單花牻牛兒苗Geranium hayatanum Ohwi
- 山牻牛兒苗Geranium suzukii Masamune
EUPHORBIACEAE
- 五月茶屬 ANTIDESMA
- 南仁五月茶 Antidesma hiiranense Hayata
- 地錦草屬CHAMAESYCE
- 新竹地錦Chamaesyce hsinchuensis Lin & Chaw
- 田代氏大戟 Chamaesyce tashiroi (Hayata) Hara
- 鐵色屬DRYPETES
- 交力坪鐵色 Drypetes karapinensis (Hayata) Pax
- 大戟屬 EUPHORBIA
- 台灣大戟 Euphorbia formosana Hayata
- 霞山大戟 Euphorbia shouanensis Keng
- 太魯閣大戟 Euphorbia tarokoensis Hayata
- 土沉香屬 EXCOECARIA
- 蘭嶼土沉香 Excoecaria kawakamii Hayata
- 白樹屬GELONIUM
- 白樹仔 Gelonium aequoreum Hance
- 假黃楊屬 LIODENDRON
- 台灣假黃楊 Liodendron formosanum (Kanehira & Sasaki) Keng
- 油柑屬PHYLLANTHUS
- 新竹油柑 Phyllanthus oligospermus Hayata
RUTACEAE
- 月橘屬 MURRAYA
- 山黃皮 Murraya euchrestifolia Hayata
- 花椒屬 ZANTHOXYLUM
- 屏東花椒 Zanthoxylum wutaiense Chen
ACERACEAE
- 槭屬 ACER
- 樟葉槭Acer albopurpurascens Hayata
- 台灣三角楓Acer buergerianum Miq. var. formosanum (Hayata) Sasaki
- 尖葉槭Acer kawakamii Koidz.
- 台灣紅榨槭Acer rubescens Hayata
- 台灣掌葉槭Acer palmatum Thunb. var. pubescens H.L. Li
- 青楓Acer serrulatum Hayata
AQUIFOLIACEAE
- 冬青屬Ilex
- 鈴木氏冬青 Ilex suzukii S. Y. Hu
- 雪山冬青 Ilex tugitakayamensis Sasaki
- 乌来冬青 I. uraiensisj
CELASTRACEAE
- 衛矛屬 EUONYMUS
- 厚葉衛矛 Euonymus carnosus Hemsl.
- 淡綠葉衛矛 Euonymus pallidifolius Hayata
- 卵葉刺果衛矛 Euonymus trichocarpus Hayata
- 假衛矛屬MICROTROPIS
- 恆春假衛矛 Microtropis matsudai (Hayata) Koidz.
- 核子木屬PERROTTETIA
- 佩羅特木 Perrottetia arisanensis Hayata
RHAMNACEAE
- 鼠李屬RHAMNUS
- 清水鼠李 Rhamnus chingshuiensis var. chingshuiensis
- 中原氏鼠李 Rhamnus nakaharai (Hayata) Hayata
- 畢祿山鼠李 Rhamnus pilushanensis Liu & Wang
- 雀梅藤屬SAGERETIA
- 巒大雀梅藤Sageretia randaiensis Hayata
- 翼核木屬 VENTILAGO
- 翼核木Ventilago elegans Hemsl.
VITACEAE
- CISSUS 粉藤屬
- 蘭嶼粉藤 Cissus lanyuensis (Chang) Lu
- 翼莖粉藤 Cissus pteroclada Hayata
- 崖爬藤屬TETRASTIGMA
- 翼柄崖爬藤 Tetrastigma alatum Li
- 三葉崖爬藤 Tetrastigma formosanum (Hemsl.) Gagnep.
- 台灣崖爬藤 Tetrastigma umbellatum (Hemsl.) Nakai
ELAEOCARPACEAE
THYMELAEACEAE
- 瑞香屬 DAPHNE
- 阿里山瑞香 Daphne arisanensis Hayata
- 白花瑞香 Daphne kiusiana Miq. var. atrocaulis (Rehder) Maekawa
- 玉山瑞香 Daphne nana Tagawa
- 蕘花屬WIKSTROEMIA
- 紅蕘花 Wikstroemia mononectaria Hayata
ELAEAGNACEAE
- 胡頹子屬 ELAEAGNUS
- 台灣胡頹子Elaeagnus formosana Nakai
- 蓬萊胡頹子Elaeagnus formosensis Hatusima
- 慈恩胡頹子Elaeagnus grandifolia Hayata
- 太魯閣胡頹子Elaeagnus tarokoensis S. Y. Lu & Y. P. Yang
- 鄧氏胡頹子Elaeagnus thunbergii Serv.
VIOLACEAE
- 喜岩菫菜Viola adenothrix Hayata
- 台灣菫菜Viola formosana var. formosana
- 尖山菫菜 Viola senzanensis Hayata
BEGONIACEAE
- 秋海棠屬BEGONIA
- 南台灣秋海棠Begonia austrotaiwanensis Chen & Peng
- 九九峰秋海棠Begonia boufordii
- 武威山秋海棠Begonia buimontana Yamamoto
- 溪頭秋海棠Begonia chitoensis Liu & Lai
- 出雲山秋海棠Begonia chuyunshanensis
- 鹿谷秋海棠Begonia lukuana Liu & Ou
- 南投秋海棠Begonia nantoensis Lai & Chung
- 坪林秋海棠Begonia pinlingensis
- 岩生秋海棠Begonia ravenii Peng & Chen
- 台灣秋海棠Begonia taiwaniana Hayata
- 太魯閣秋海棠Begonia tarokoensis Lai已被合併至水鴨腳 B. formosana
- 藤枝秋海棠Begonia tenchiana
- 霧台秋海棠Begonia wutaiana
MYRTACEAE
- 赤楠屬SYZYGIUM
- 細脈赤楠Syzygium euphlebium (Hayata) Mori
- 台灣赤楠Syzygium formosanum (Hayata) Mori
- 高士佛赤楠Syzygium kusukusense (Hayata) Mori
MELASTOMATACEAE
- 金石榴屬 BREDIA
- 小金石榴Bredia gibba Ohwi
- 金石榴Bredia oldhamii Hooker f.
- 圓葉布勒德藤Bredia rotundifolia Y. C. Liu & C. H.Ou
- 野牡丹藤屬MEDINILLA
- 蘭嶼野牡丹藤Medinilla hayataina Keng
- 耳藥花屬 OTANTHERA
- 糙葉耳藥花Otanthera scaberrima (Hayata) Ohwi
- 厚距花屬PACHYCENTRIA
- 台灣厚距花Pachycentria formosana Hayata
ARALIACEAE
- 八角金盤屬 FATSIA
- 台灣八角金盤Fatsia polycarpa Hayata
- 五葉參屬 PENTAPANAX
- 台灣五葉參Pentapanax castanopsisicola Hayata
- 鵝掌柴屬 SCHEFFLERA
- 台灣鵝掌柴Schefflera taiwaniana (Nakai) Kanehira
- 華參屬 SINOPANAX
- 華參Sinopanax formosana (Hayata) Li
- 蓪草屬 Tetrapanax
- 蓪草 Tetrapanax papyrifer (Hook.) K.Koch
UMBELLIFERAE (APIACEAE)
- 當歸屬ANGELICA
- 野當歸Angelica dahurica (Fisch.) Benth. & Hook. var. formosana (Boiss.) Yen
- 森氏當歸Angelica morii Hayata
- 玉山當歸Angelica morrisonicola Hayata var. morrisonicola
- 太魯閣當歸Angelica tarokoensis Hayata
- 柴胡屬BUPLEURUM
- 高氏柴胡Bupleurum kaoi Liu, Chao & Chuang
- 彎柱芎屬Conioselinum
- 玉山彎柱芎Conioselinum morrisonense Hayata
- 天胡荽屬HYDROCOTYLE
- 基隆天胡荽Hydrocotyle keelungensis Liu, Chao & Chuang
- 水芹菜屬OENANTHE
- 翼莖水芹菜Oenanthe pterocaulon Liu, Chao & Chuang
- 山薰香屬OREOMYRRHIS
- 山薰香Oreomyrrhis involucrata Hayata
- 台灣山薰香Oreomyrrhis taiwaniana Masam.
- 南湖山薰香Oreomyrrhis nanhuensis C. H. Chen & J. C. Wang
- 前胡屬 PEUCEDANUM
- 台灣前胡Peucedanum formosanum Hayata
- 茴香屬PIMPINELLA
- 玉山茴香Pimpinella niitakayamensis Hayata
- 山芹菜屬SANICULA
- 五葉山芹菜Sanicula petagioides Hayata
ERICACEAE
- 杜鵑花屬RHODODENDRON
- 南奧社鵑Rhododendron breviperulatum Hayata
- 臺灣杜鵑Rhododendron formosanum Hemsl.
- 南湖杜鵑Rhododendron hyperythrum Hayata
- 烏來杜鵑Rhododendron kanehirai Wilson
- 著生杜鵑Rhododendron kawakamii Hayata
- 細葉杜鵑Rhododendron noriakianum T. Suzuki
- 金毛杜鵑Rhododendron oldhamii Maxim.
- 玉山杜鵑Rhododendron pseudochrysanthum Hayata
- 紅毛杜鵑Rhododendron rubropilosum Hayata var. rubropilosum
- 臺灣高山杜鵑Rhododendron rubropilosumvar. taiwanalpinum (Ohwi) S. Y. Lu, Y. P. Yang & Y. H. Tseng (特有變種)
- 越橘屬VACCINIUM
- 凹葉越橘Vaccinium emarginatum Hayata
- 鞍馬山越橘Vaccinium kengii C. E. Chang
- 高山越橘Vaccinium merrillianum Hayata
MYRSINACEAE
- 紫金牛屬ARDISIA
- 高士佛紫金牛Ardisia kusukuensis Hayata
SYMPLOCACEAE
- 灰木屬 SYMPLOCOS
- 薄葉灰木Symplocos eriostroma Hayata
- 恆春灰木Symplocos koshunensis Kanehira
- 擬日本灰木 Symplocos migoi Nagamasu
- 玉山灰木Symplocos morrisonicola Hayata
- 小泉氏灰木Symplocos koitzumiana
- 能高山灰木Symplocos nokoensis (Hayata) Kanehira
- 佐佐木氏灰木 Symplocos sasakii Hayata
- 希蘭灰木Symplocos shilanensis Y. C. Liu & F. Y. Lu
OLEACEAE
- 女貞屬LIGUSTRUM
- 玉山女貞 Ligustrum morrisonense Kanehira & Sasaki
- 木犀屬OSMANTHUS
- 無脈木犀Osmanthus enervis Masamune & Mori
- 高氏木犀Osmanthus kaoi (Liu & Liao) S. Y. Lu
- 銳葉木犀 Osmanthus lanceolatus Hayata
APOCYNACEAE
- 念珠藤屬ALYXIA
- 蘭嶼念珠藤Alyxia insularis Kanehira & Sasaki
- 錦蘭屬ANODENDRON
- 大錦蘭 Anodendron benthamiana Hemsl.
- 牛皮消屬CYNANCHUM
- 蘭嶼牛皮消Cynanchum lanhsuense Yamazaki
- 布朗藤屬HETEROSTEMMA
- 布朗藤 Heterostemma brownii Hayata
- 山橙屬 MELODINUS
- 山橙 Melodinus angustifolius Hayata
- 絡石屬 TRACHELOSPERMUM
- 臺灣絡石 Trachelospermum formosanum Y. C. Liu & C. H. Ou
RUBIACEAE
- 伏牛花屬 DAMNACANTHUS
- 無刺伏牛花 Damnacanthus angustifolius Hayata
- 豬殃殃屬 GALIUM
- 刺果豬殃殃 Galium echinocarpum Hayata
- 圓葉豬殃殃 Galium formosense Ohwi
- 福山氏豬殃殃 Galium fukuyamai Masam.
- 森氏豬殃殃 Galium morii Hayata
- 南湖大山豬殃殃 Galium nankotaizanum Ohwi
- 太魯閣豬殃殃 Galium tarokoense Hayata
- 耳草屬HEDYOTIS
- 臭涼喉茶 Hedyotis butensis Masam.
- 雞屎樹屬LASIANTHUS
- 密毛雞屎樹 Lasianthus appressihirtus Simizu var. appressihirtus
- 薄葉雞屎樹 Lasianthus microstachys Hayata
- 蛇根草屬 OPHIORRHIZA
- 早田氏蛇根草 Ophiorrhiza hayatana Ohwi.
- 茜草屬 RUBIA
- 玉心花屬 TARENNA
- 薄葉玉心花 Tarenna gracilipes （Hayata）Ohwi
BORAGINACEAE
- 琉璃草屬 CYNOGLOSSUM
- 高山倒提壺 Cynoglossum alpestre Ohwi
- 天芹菜屬 HELIOTROPIUM
- 山豆根 Heliotropium formosanum I. M. Johnst.
- 附地草屬 TRIGONOTIS
- 台北附地草 Trigonotis elevatovenosa Hayata
- 臺灣附地草 Trigonotis formosana Hayata
- 南湖附地草 Trigonotis nankotaizanensis (Sasaki) Masam. & Ohwi ex Masam.
VERBENACEAE
- 紫珠屬CALLICARPA
- 灰背葉紫珠 (裡白杜虹花) Callicarpa hypoleucophylla Lin & Wang
- 細葉紫珠 Callicarpa pilosissima Maxim.
- 巒大紫珠 Callicarpa randaiensis Hayata
- 疏花紫珠 Callicarpa remotiflora Lin &Wang
- 疏齒紫珠 Callicarpa remotiserrulata Hayata
- 銳葉紫珠 Callicarpa tikusikensis Masam.
- 海州常山屬CLERODENDRUM
- 花蓮海州常山 Clerodendrum ohwi Kanehira. & Hatusima
- 魚臭木屬 Premna
- 恆春臭黃荊 Premna hengchunensis S. Y. Lu & Yuen P. Yang
LABIATAE
- 綿穗蘇屬COMANTHOSPHACE
- 臺灣白木草 Comanthosphace formosana Ohwi
- 錐花屬GOMPHOSTEMMA
- 臺灣錐花 Gomphostemma calliucarpoides （Yamamoto）Masamune
- 偏穗花屬 KEISKEA
- 大苞偏穗花 Keiskea macrobracteata Masam.
- 假糙蘇屬 PARAPHLOMIS
- 絨萼舞子草 Paraphlomis tomentoso-capitata Yamamoto
- 刺蕊草屬 POGOSTEMON
- 臺灣刺蕊草 Pogostemon formosanus Oliv.
- 鼠尾草屬 SALVIA
- 阿里山紫花鼠尾草 Salvia arisanensis Hayata
- 紅花鼠尾草 Salvia coccinea Juss. ex Murr.
- 臺灣紫花鼠尾草 Salvia formosana （Murata）Tamazaki var. formosana
- 蕨葉紫花鼠尾草 Salvia formosana （Murata）Tamazaki var. matsudae （Kudo）Huang & Wu
- 早田氏鼠尾草 Salvia hayatana Makino ex Hayata
- 隱藥鼠尾草 Salvia keitaoensis Hayata
- 黃花鼠尾草 Salvia nipponica Miq. var. formosana（Hayata）Kudo
- 黃芩屬 SCUTELLARIA
- 南臺灣黃芩 Scutellaria austrotaiwanensis Hsieh & Huang
- 布烈氏黃芩 Scutellaria playfairi Kudo
- 臺灣黃芩 Scutellaria taiwanensis Wu
- 田代氏黃芩 Scutellaria tashiroi Hayata
- 鈴木草屬 SUZUKIA
- 鈴木草 Suzukia shikikunensis Kudo
- 香科科屬 TEUCRIUM
- 臺灣香科科 Teucrium taiwanianum Hsieh & Huang
SCROPHULARIACEAE
- 碎雪草屬 EUPHRASIA
- 南湖碎雪草 Euphrasia nankotaizanensis Yamamoto
- 太魯閣小米草 Euphrasia tarokoana Ohwi
- 玉山小米草 Euphrasia transmorrisonensis Hayata
- 石龍尾屬LIMNOPHILA
- 桃園石龍尾 Limnophila taoyuanensis Yang & Yen
- 母草屬 LINDERNIA
- 臺南見風紅 Lindernia scutellariiformis Yamazaki
- 通泉草屬MAZUS
- 高山通泉草 Mazus alpinus Masam.
- 馬先蒿屬 PEDICULARIS
- 高山馬先蒿 Pedicularis ikomai Sasaki
- 玄參屬 SCROPHULARIA
- 雙鋸齒玄參 Scrophularia yoshimurae Yamazaki
- 婆婆納屬VERONICA
- 玉山水苦蕒 Veronica morrisonicola Hayata
- 貧子水苦蕒 Veronica oligosperma Hayata
- 臺灣水苦蕒 Veronica taiwanica Yamazaki
- 腹水草屬 VERONICASTRUM
- 臺灣腹水草 Veronicastrum formosanum (Masam.) Yamazaki
- 高山腹水草 Veronicastrum kitamurae (Ohwi) Yamazaki
ACANTHACEAE
- 針刺草屬 CODONACANTHUS
- 銀脈爵床 Codonacanthus albo-nervosa (Hosok.) Yang, comb. nov.
- 鱗球花屬LEPIDAGATHIS
- 柳葉鱗球花 Lepidagathis stenophylla Clarke ex Hayata
- 馬藍屬STROBILANTHES
- 曲莖馬藍 Strobilanthes flexicaulis Hayata
- 臺灣馬藍 Strobilanthes formosanus Moore
- 長穗馬藍 Strobilanthes longespicatus Hayata
- 蘭嵌馬藍 Strobilanthes rankanensis Hayata
CAPRIFOLIACEAE
- 忍冬屬LONICERA
- 無梗忍冬 Lonicera apodantha Ohwi
- 川上氏忍冬 Lonicera kawakamii (Hayata) Masamune
- 追分忍冬 Lonicera oiwakensis Hayata
- 莢屬VIBURNUM
- 著生珊瑚樹 Viburnum arboricolum Hayata
- 玉山糯米樹 Viburnum integrifolium Hayata
- 小葉莢迷 Viburnum parvifolium Hayata
- 臺東莢迷 Viburnum taitoense Hayata
VALERIANACEAE
- 敗醬屬 PATRINIA
- 禿敗醬 Patrinia glabrifolia Yamamoto & Sasaki
COMPOSITAE (ASTERACEAE )
- 鬼督郵屬 AINSLIAEA
- 中原氏鬼督郵 Ainsliaea secundiflora Hayata
- 籟簫屬ANAPHALIS
- 蓬萊籟簫 Anaphalis horaimontana Masam.
- 蒿屬ARTEMISIA
- 山艾 Artemisia kawakamii Hayata
- 細葉山艾 Artemisia morrisonensis Hayata
- 玉山艾 Artemisia niitakayamensis Hayata
- 高山艾 Artemisia oligocarpa Hayata
- 相馬氏艾（臺灣狹葉艾） Artemisia somai Hayata var. somai
- 太魯閣艾 Artemisia somai Hayata var. batakensis (Hayata) Kitam. 特有變種
- 雪山艾 Artemisia tsugitakaensis (Kitam.) Ling & Y. R. Ling
- 紫菀屬ASTER
- 清水馬蘭 Aster chingshuiensis Y. C. Liu & C. H. Ou
- 臺灣山白蘭 Aster formosanus Hayata
- 大武山紫菀 Aster itsunboshi Kitam.
- 玉山鐵桿蒿 Aster morrisonensis Hayata
- 臺灣狗娃花 Aster oldhamii Hemsl.
- 臺灣紺菊 Aster ovalifolius Kitam.
- 臺灣馬蘭 Aster taiwanensis Kitam.
- 雪山馬蘭 Aster takasagomontanus Sasaki
- 桃園馬蘭 Aster taoyuenensis S. S. Ying
- 艾納香屬BLUMEA
- 狹葉艾納香 Blumea linearis C.-I Peng & W. P. Leu
- 薊屬CIRSIUM
- 阿里山薊 Cirsium arisanense Kitam.
- 鱗毛薊 Cirsium ferum Kitam.
- 細川氏薊 Cirsium hosokawae Kitam.
- 玉山薊（川上氏薊）Cirsium kawakamii Hayata
- 森氏薊 Cirsium morii Hayata
- 鈴木氏薊 Cirsium suzukii Kitam.
- 假黃鵪菜屬Crepidiastrum
- 臺灣假黃鵪菜 Crepidiastrum taiwanianum Nakai
- 菊屬 DENDRANTHEMA
- 阿里山油菊 Dendranthema arisanense (Hayata) Y. Ling & C. Shih
- 蓬萊油菊 Dendranthema horaimontana (Masam.) S. S. Ying
- 森氏菊 Dendranthema morii (Hayata) Kitam.
- 飛蓬屬Erigeron
- 玉山飛蓬 Erigeron morrisonensis Hayata var. morrisonensis
- 福山氏飛蓬 Erigeron morrisonensis Hayata var. fukuyamae (Kitam.) Kitam. 特有變種
- 澤蘭屬 Eupatorium
- 腺葉澤蘭 Eupatorium amabile Kitm.
- 花蓮澤蘭 Eupatorium hualienense C. H. Ou, S. W. Chung & C.-I Peng
- 島田氏澤蘭 Eupatorium shimadai Kitam.
- 三七草屬Gynura
- 蘭嶼木耳菜 Gynura elliptica Yabe & Hayata
- 白鳳菜Gynura formosana
- 山柳菊屬Hieracium
- 森氏山柳菊 Hieracium morii Hayata
- 小苦賈屬 IXERIDIUM
- 能高刀傷草 Ixeridium transnokoense (Sasaki) J. H. Pak &Kawano
- 稻槎菜屬 LAPSANASTRUM
- 臺灣稻槎菜 Lapsanastrum takasei (Sasaki) J. H. Pak & K. Bremer
- 薄雪草屬 LEONTOPODIUM
- 玉山薄雪草 Leontopodium microphyllum Hayata
- 橐吾屬 LIGULARIA
- 高山橐吾 Ligularia kojimae Kitam.
- 羽葉千里光屬Nemosenecio
- 臺灣劉寄奴 Nemosenecio formosanus (Kitam.) B. Nord.
- 紫菊屬 NOTOSERIS
- 臺灣福王草（臺灣紫菊）Notoseris formosana (Kitam.) C. Shih
- 蟹甲草屬Parasenecio
- 玉山蟹甲草 Parasenecio monantha (Diels) C.-I Peng & S. W. Chung
- 能高蟹甲草 Parasenecio nokoensis (Masam. & Suzuki) C.-I Peng & S. W. Chung
- 高野帚屬Pertya
- 半高野帚 Pertya simozawai Masam.
- 款冬屬 PETASITES
- 臺灣款冬 Petasites formosanus Kitam.
- 毛蓮菜屬Picris
- 玉山毛蓮菜 Picris hieracioides L.
- 青木香屬Saussurea
- 高山青木香 Saussurea glandulosa Kitam.
- 關山青木香 Saussurea kanzanensis Kitam.
- 奇萊青木香 Saussurea kiraisanensis Masam.
- 黃菀屬（千里光屬）Senecio
- 小蔓黃菀 Senecio crataegifolius Hayata
- 玉山黃菀 Senecio morrisonensis Hayata
- 臺東黃菀 Senecio taitungensis S. S. Ying
- 太魯閣千里光 Senecio tarokoensis C.-I Peng
- 破傘菊屬 SYNEILESIS
- 臺灣破傘菊 Syneilesis intermedia (Hayata) Kitam.
- 高山破傘菊 Syneilesis subglabrata (Yamam. & Sasaki) Kitam.
- 狗舌草屬 TEPHROSERIS
- 臺灣狗舌草 (台東黃菀) Tephroseris taitoensis (Hayata) Holub
- 龍膽屬 GENTIANA
- 阿里山龍膽 Gentiana arisanensis
- 玉山龍膽 Gentiana scabrida
- 婆婆納屬 VERONICA
- 玉山水苦蕒 Veronica morrisonicola Hayata
單子葉植物綱
百合科 菝楔科 鳶尾科 燈心草科 鴨跖草科 茺草科 穀精草科 莎草科 禾本科 竹 天南星科 薑科 蘭科 黑藥花科
LILIACEAE
- 粉條兒屬 ALETRIS
- 台灣粉條兒 Aletris formosana (Hayata) H.-Y. Liu comb. nov.
- 蔥屬 ALLIUM
- 玉山蒜 Allium morrisonense Hayata
- 蜘蛛抱蛋屬 ASPIDISTRA
- 薄葉蜘蛛抱蛋 Aspidistra attenuata Hayata
- 大武蜘蛛抱蛋 Aspidistra daibuensis Hayata
- 假寶鐸花屬 DISPOROPSIS
- 阿里山假寶鐸花 Disporopsis arisanensis Hayata
- 寶鐸花屬（萬壽竹屬） DISPORUM
- 台灣寶鐸花 Disporum cantoniense (Lour.) Merr. var. kawakamii (Hayata) Hara
- 山寶鐸花 Disporum sessile D. Don ex Schultes var. shimadai (Hayata) Hara
- 胡麻花屬 HELONIOPSIS
- 台灣胡麻花 Heloniopsis umbellata Baker
- 百合屬 LILIUM
- 台灣百合 Lilium formosanum Wallace
- 小葉台灣百合 Lilium formosanum var. microphyllum Wallace
- 鹿藥屬 MAIANTHEMUM
- 鹿藥 Maianthemum formosanum (Hayata) LaFrankie
- 球子草屬 PELIOSANTHES
- 高氏球子草 Peliosanthes kaoi Ohwi
- 油點草屬 TRICYRTIS
- 台灣油點草 Tricyrtis formosana Baker
- 毛果油點草 Tricyrtis lasiocarpa Matsumura
- 卵葉油點草 Tricyrtis ovatifolia S. S. Ying
- 鈴木油點草 Tricytis suzukii Masamune
SMILACACEAE
- 土茯苓屬 HETEROSMILAX
- 台中假土茯苓 Heterosmilax seisuiensis (Hayata) Wang＆Tang
- 菝葜屬 SMILAX
- 細葉菝葜 Smilax elongato-umbellata Hayata
- 早田氏菝葜 Smilax hayatae T. Koyama
- 南投菝葜 Smilax nantoensis T. Koyama
IRIDACEAE
JUNCACEAE
- 燈心草屬 JUNCUS
- 玉山燈心草 Juncus triflorus Ohwi
- 地楊梅屬 LUZULA
- 台灣地楊梅 Luzula taiwaniana Satake
COMMELINACEAE
- 假紫萬年青屬 BELOSYNAPSIS
- 川上氏鴨舌疝 Belosynapsis kawakamii（Hayata）C. I.Peng＆Y.J.Chen
XYRIDACEAE
- 茐草屬 XYRIS
- 桃園草 Xyris formosana Hayata
ERIOCAULACEAE
- 穀精草屬 Eriocaulon
- 連萼穀精草 Eriocaulon buergerianum Koern.
CYPERACEAE
- 薹屬 CAREX
- 長梗扁果薹 Carex longistipes Hayata
- 森氏薹 Carex morii Hayata
- 直蕊宿柱薹 Carex orthostemon Hayata
- 太魯閣薹 Carex purpureotincta Ohwi
- 台北薹（銳果薹）Carex taihokuensis Hayata
- 台灣疏花薹 Carex taiwanensis (Ohwi) Akiyama
- 大武宿柱薹 Carex transalpine Hayata
- 扁果薹 Carex urelytra Ohwi
- 飄拂草屬 FIMBRISTYLIS
- 白穗飄拂草 Fimbristylis shimadana Ohwi
- 知本飄拂草 Fimbristylis subinclinata T. Koyama
GRAMINEAE（POACEAE）
- 鵝觀草屬 AGROPYRON
- 台灣鵝觀草 Agropyron formosanum Honda
- 剪股穎屬 AGROSTIS
- 阿里山剪股穎 Agrostis clavata Trin var. arisan-montana Miq.
- 伯明剪股穎 Agrostis clavata Trin var. fukuyamae (Ohwi) Veldkemp
- 蘆竹屬 ARUNDO
- 台灣蘆竹 Arundo formosana Hack.
- 馬唐屬 DIGITARIA
- 佛歐里馬唐 Digitaria fauriei Ohwi
- 大絨馬唐 Digitaria magna (Honda) Tsuyama
- 絨馬唐 Digitaria mollicoma (Kunth) Henrard
- 絹毛馬唐 Digitaria sericea (Honda) Honda
- 油芒屬 ECCOILOPUS
- 台灣油芒 Eccoilopus formosanus (Rendle) A. Camus
- 畫眉草屬 ERAGROSTIS
- 毛葉知風草 Eragrostis pilosiuscula Ohwi
- 蔗茅屬 ERIANTHUS
- 紫台蔗茅 Erianthus formosanus Stapf
- 羊茅屬 FESTUCA
- 台灣羊茅 Festuca formosana Honda
- 莠竹屬 MICROSTEGIUM
- 法利莠竹 Microstegium fauriei (Hayata) Honda
- 短軸莠竹 Microstegium glaberrimum (Honda) Koidz.
- 相馬莠竹 Microstegium somai (Hayata) Ohwi
- 茅根草屬 PEROTIS
- 大穗茅根 Perotis macrantha Honda
- 裂稃草屬 SCHIZACHYRIUM
- 尖葉裂稃草 Schizachyrium fragile (R.Br.) A. Camus var. shimadae (Ohwi) C. Hsu
- 大油芒屬 SPODIOPOGON
- 台南大油芒 Spodiopogon tainanensis Hayata
- 假蛇尾草屬 THAUMASTOCHLOA
- 其昌假蛇尾草 Thaumastochloa chenii C. Hsu
BAMBOOS
- 青籬竹屬 ARUNDINARIA
- 台灣矢竹 Arundinaria kunishii Hayata
- 包籜矢竹 Arundinaria usawai Hayata
- 蓬萊竹屬 BAMBUSA
- 長枝竹 Bambusa dolichoclada Hayata
- 火廣竹 Bambusa dolichomerithalla Hayata
- 八芝蘭竹 Bambusa pachinensis Hayata var. pachinensis
- 長毛八芝蘭竹 Bambusa pachinensis Hayata var. hirsutissima（Odashima）Lin
- 烏葉竹 Bambusa utilis Lin
- 孟宗竹屬 PHYLLOSTACHYS
- 轿杠竹 Phyllostachys lithophila Hayata
- 台灣桂竹 Phyllostachys makinoi Hayata
ARACEAE
- 蒟蒻屬 AMORPHOPHALLUS
- 台灣魔芋 Amorphophallus henryi N. E. Br.
- 密毛魔芋 Amorphophallus hirtus N. E. Br.
- 天南星屬 Arisaema
- 台灣天南星 Arisaema formosanum（Hayata）Hayata
- 毛筆天南星 Arisaema grapsospadix Hayata
- 宜蘭天南星 Arisaema ilanense J. C. Wang
- 線花天南星 Arisaema matsudae Hayata
- 南仁山天南星 Arisaema nanjenense T. C. Huang ＆M. J. Wu
- 蓬萊天南星 Arisaema taiwanense J. Murata
- 東台天南星 Arisaema thunbergii Bl. subsp. autumnale J. C. Wang, J. Murata ＆ H. Ohashi特有變種
- 芋屬 COLOCASIA
- 山芋 Colocasia konishii Hayata
- 扁葉芋屬 HOMALOMENA
- 基隆扁葉芋 Homalomena kelungensis Hayata
- 柚葉藤屬 POTHOS
- 台灣柚葉藤 疑問種 Pothos warburgii Eng
- 落檐屬 SCHISMATOGLOTTIS
- 蘭嶼芋 Schismatoglottis kotoensis（Hayata）T. C. Huang, A. Hsiao ＆ H. Y. Yeh
ZINGIBERACEAE
- 法氏薑屬 VANOVERBERGHIA
- 蘭嶼法氏薑 Vanoverberghia sasakiana H. Funak. ＆ H. Ohashi
- 薑屬 ZINGIBER
- 少葉薑 Zingiber oligophyllum K. Schumann
ORCHIDACEAE
- 鹿角蘭屬 ASCOCENTRUM
- 小鹿角蘭 Ascocentrum pumilum（Hayata）Schltr.
- 豆蘭（石豆蘭、株柄蘭）屬 BULBOPHYLLUM
- 溪頭豆蘭 Bulbophyllum chitouense Ying
- 紫紋捲瓣蘭 Bulbophyllum melanoglossum Hayata
- 百合豆蘭 Bulbophyllum pectinatum Finet
- 鸛冠蘭 Bulbophyllum setaceum T. P. Lin
- 根節蘭屬 CALANTHE (大陸稱為‘蝦脊蘭’)
- 輻射根節蘭 Calanthe actinomorpha Fukuyama
- 阿里山根節蘭 Calanthe arisanensis Hayata
- 尾唇根節蘭 Calanthe caudatilabella Hayata
- 闊葉根節蘭 Calanthe elliptica Hayata
- 指柱蘭屬 CHEIROSTYLIS
- 斑葉指柱蘭 Cheirostylis hungyehensis T. P. Lin
- 大蜘蛛蘭屬 CHILOSCHISTA
- 大蜘蛛蘭 Chiloschista segawai（Masamune）Masamune＆Fukuyama
- 喜普鞋蘭屬 Cypripedium
- 台灣喜普鞋蘭 Cypripedium formosanum Hayata
- 寶島喜普鞋蘭 Cypripedium segawae Masam
- 石斛屬 DENDROBIUM
- 紅鸝石斛 Dendrobium falconeri Hayata
- 細莖石斛 Dendrobium leptocladum Hayata
- 小雙花石斛 Dendrobium somai Hayata
- 著頦蘭屬 EPIGENEIUM
- 臘石斛 Epigeneium nakaharai（Schltr.）Surnmerh.
- 鈴蘭屬 EPIPACTIS
- 台灣鈴蘭 Epipactis ohwii Fukuyama
- 斑葉蘭屬 GOODYERA
- 長葉斑葉蘭 Goodyera bilamellata Hayata
- 南湖斑葉蘭 Goodyera nankoensis Fukuyama
- 歌綠懷蘭 Goodyera seikomontana Yamamoto
- 香蘭屬 HARAELLA
- 香蘭 Haraella retrocalla（Hayata）Kudo
- 玉山一葉蘭屬 HEMIPILIA
- 玉山一葉蘭 Hemipilia cordifolia Lindl.
- 撬唇蘭屬 HOLCOGLOSSUM
- 撬唇蘭 Holcoglossum quasipinifolium（Hayata）Schltr.
- 雙葉蘭（對葉蘭）屬 LISTERA
- 梅峰雙葉蘭 Listera meifongensis Su H. J. ＆ C. Y. Hu
- 釵子股屬 LUISIA
- 安朔金釵蘭 Luisia cordata Fukuyama
- 齒唇蘭（假金線蓮）屬 ODONTOCHILUS
- 二囊齒唇蘭 Odontochilus bisaccatus（Hayata）Hayata ex T. P. Lin
- 石山桃屬 PHOLIDOTA
- 烏來石山桃 Pholidota uraiensis Hayata
- 繡球蘭屬 POMATOCALPA
- 黃繡球蘭 Pomatocalpa acuminata（Rolfe.）Schltr.
MELANTHIACEAE
- 藜蘆屬 VERATRUM
- 台灣藜蘆 Veratrum formosanum Loesen. f.
參見
外部連結
