尼西亚帝国在1204年至1261年的官方名称为「Βασιλεία Ῥωμαίων」，意为“罗马帝国”，即拜占庭帝国的希腊语正式名称。另外两个拜占庭流亡政权伊庇鲁斯专制国、特拉比松帝国在1204年建立后官方名称也为「Βασιλεία Ῥωμαίων」，但后来伊庇鲁斯成为尼西亚的附庸从而国名被迫使用低一级的“Despot”即“专制国”；特拉比松皇帝则在1261年尼西亚收复君士坦丁堡后不得不放弃名不属实的拜占庭皇帝称号而改称“Emperor and Autocrat of the entire East, of the Iberians and the Perateia”，意为“整个东方，伊比利亚和佩拉提亚的皇帝和专制者”。
拉丁帝国开始分兵接收原拜占廷帝国的土地，而尼西亚帝国公开宣布其为正统拜占庭，因此尼西亚在建国之初受到拉丁帝国的围剿追击，1204-1205年拉丁皇帝鲍德温一世的弟弟佛兰德的亨利在小亚细亚半岛西北部的伯曼农、布尔萨以及埃德雷米特先后打败拉斯卡里斯兄弟。在1205年3月19日，埃德雷米特战役中，君士坦丁在战败后失踪（由于君士坦丁·拉斯卡里斯是否加冕存在争议，一般不把他列入尼西亚与拜占庭皇帝之列）。但在不久之后的1205年4月14日，保加利亚沙皇卡洛扬在阿得里安堡战役（英语：Battle of Adrianople (1205)）中打败拉丁帝国军队，俘虏了皇帝鲍德温一世，鲍德温后来死于保加利亚的监狱内。亨利只得赶回君士坦丁堡，[4]在1206年加冕成为拉丁帝国第二任皇帝并组织防御卡洛扬的入侵。狄奥多尔得以趁机击败特拉比松帝国等其它势力并巩固了尼西亚在安纳托利亚西北角的领土。
1224年，伊庇鲁斯统治者狄奥多尔·科穆宁·杜卡斯消灭拉丁人建立的塞萨洛尼基王国，建立塞萨洛尼基帝国并自立为皇帝，一度攻入阿得里安堡。但是伊庇鲁斯-塞萨洛尼基政权的辉煌是短暂的，1230年在科洛克尼察战役（英语：Battle of Klokotnitsa）中，伊庇鲁斯-塞萨洛尼基军队被保加利亚沙皇伊凡·阿森二世率领的军队打败，狄奥多尔·科穆宁·杜卡斯被俘并遭挖去双眼，其许多领地被保加利亚人夺取。
愤怒的伊凡·阿森二世转而和尼西亚帝国联合，1235年双方在约翰三世刚刚收复的加利波利签订协议，保加利亚正教会的建立得到尼西亚帝国的承认；伊凡·阿森二世还把原来计划嫁给鲍德温二世的女儿许配给约翰的儿子即未来的塞奥多利二世；双方在既定事实的基础上互相承认对方的权力。仅仅一年之后的1236年，不愿为人作嫁伊凡·阿森二世又与拉丁帝国联合，攻击尼西亚帝国在色雷斯的领地特祖鲁伦。但就在此时，保加利亚首都特尔诺沃毫无征兆的发生一起瘟疫，导致伊凡·阿森二世的妻子、一个儿子和保加利亚牧首的死亡，沙皇认为这是上帝对他出尔反尔的外交政策的惩罚，便撤回军队。1237年保加利亚再次与尼西亚订立合约。1241年6月，伊凡·阿森二世于首都特尔诺沃病死，其子科洛曼·阿森一世（英语：Kaliman I of Bulgaria）即位。保加利亚第二帝国不久遭到蒙古人入侵，国力由盛转衰。
约翰的皇后伊琳娜·拉斯卡里斯娜于1239年去世。1245年，约翰迎娶神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世的女儿康斯坦丝，后改名为希腊名字安娜（英语：Anna of Hohenstaufen），与神圣罗马帝国结盟。1246年，约翰进攻保加利亚，光复色雷斯和马其顿的大部分地区，收复了塞萨洛尼基。1248年，约翰再次击败保加利亚人，此时尼西亚的疆域已经包围了拉丁帝国的仅剩领土——君士坦丁堡。此后直到1254年约翰去世，他全力在巴尔干扩张，版图西边直抵亚得里亚海，做好了光复君士坦丁堡的准备。
光复君士坦丁堡
米海尔八世为庆祝驱逐拉丁军队出君士坦丁堡及拜占庭帝国的恢复所发行的金币。
约翰三世的儿子塞奥多利·杜卡斯·拉斯卡利斯继位，为塞奥多利二世。他打败了保加利亚人针对色雷斯的入侵，进一步扩张了尼西亚帝国在巴尔干的领地并吞并了都拉佐和希腊的Servia城，但塞奥多利患有癫痫症，在位四年就于1258年去世了。皇子约翰·杜卡斯·拉斯卡利斯7岁继位，为约翰四世。此时科穆宁家族和杜卡斯家族的后裔，大贵族米海尔·巴列奥略趁机发动政变，杀死原摄政者、塞奥多利二世的童年玩伴乔治·木扎伦，自立为新的摄政者，并于次年成为共治皇帝。已沦为尼西亚附庸的伊庇鲁斯专制君主国，趁机反叛，并联合西西里国王曼弗雷德和十字军亚该亚侯国向尼西亚发动进攻；但在1259年的佩拉冈尼亚战役，米海尔八世率领的尼西亚军队决定性地打败了他们的联军。亚该亚侯国的统治者维利哈顿的威廉（英语：William of Villehardouin）被活捉，不得交出Grand Maigne、莫奈姆瓦夏和米斯特拉斯给尼西亚帝国以求获释。
^ 1.01.1A Short history of Greece from early times to 1964 by W. A. Heurtley, H. C. Darby, C. W. Crawley, C. M. Woodhouse (1967), page 55: "There in the prosperous city of Nicaea, Theodoros Laskaris, the son in law of a former Byzantine Emperor, establish a court that soon become the Small but reviving Greek empire."
^The Columbia history of the world by John Arthur Garraty, Peter Gay (1972), p. 454: "The Greek empire in exile at Nicaea proved too strong to be driven out of Asia Minor, and in Epirus another Greek dynasty defied the intruders.”
^Michael Panaretos, Chronicle, ch. 1. Greek text in Original-Fragmente, Chroniken, Inschiften und anderes Materiale zur Geschichte des Kaiserthums Trapezunt, part 2; in Abhandlungen der historischen Classe der königlich bayerischen Akademie4 (1844), abth. 1, pp. 11; German translation, p. 41
^Alice Gardiner, The Lascarids of Nicaea: The Story of an Empire in Exile, 1912, (Amsterdam: Adolf M. Hakkert, 1964), pp. 75–78
^ 8.08.1Angelov, Dimiter. Imperial ideology and political thought in Byzantium (1204–1330). Cambridge: University Press, 2007. p. 95 Also Kaldellis, Anthony. Hellenism in Byzantium : the transformations of Greek identity and the reception of the classical tradition. Cambridge: University Press, 2007.
^Angold, Michael. A Byzantine government in exile : government and society under the Laskarids of Nicaea, 1204–1261. London: Oxford University Press, 1975. p. 13
^A. E. Vacalopoulos, The Origins of the Greek Nation:the Byzantine Period (1204-1461) (New Brunswick, 1970).
^Beaton, Roderick. "Antique Nation? 'Hellenes' on the Eve of Greek Independence and in Twelfth-Century Byzantium," Byzantine and Modern Greek Studies, 31 (2007), pp. 76–95
^Angold, Michael. "Byzantine ‘Nationalism’ and the Nicaean Empire", Byzantine and Modern Greek Studies, 1 (1975) p. 70
