《1888年地方政府法案》在1889年4月1日生效,北林肯地區納入林齊郡(Lindsey)最北部,北鄰約克郡。《1972年地方政府法案》在1974年4月1日生效,林齊郡被廢除,北林肯地區改歸亨伯賽德郡管理。亨伯賽德郡下轄9個非都市區(non-metropolitan district)。1992年成立的英格蘭地方政府委員會(Local Government Commission for England)建議廢除亨伯賽德郡,把其中3個非都市區─格蘭福德區(Glanford)、斯肯索普區、布斯弗里區(Boothferry)合併成全新的單一管理區「北林肯郡」,在1996年4月1日生效至今。1998年,北林肯郡獲Borough地位。