Опублікував єврейські граматики і був першим, хто підготував Grammatica Chaldaica - посібник з граматики халдейської мови (Базель, 1527).
До його лексикографічної праці належали Dictionarium Chaldaicum (1527) та трилінгве Dictionarium (1530) для латинської, грецької мов та івриту.
Інший твір, що побачив світ: «Horologiographia» — трактат про побудову сонячних годинників (Базель, 1531).
Як професор івриту та учень Еліаса Левіти він редагував єврейську Біблію (2 т. Фол., Базель, 1534–1535) супроводжуваний латинським перекладом та великою кількістю анотацій. Відтак першим з німецьких вчених видав єврейський текст Біблії з латинським перекладом і примітками (Базель, 1535).
У 1540 р. опублікував латинське видання Географії (Птолемея) з ілюстраціями. Видання 1550 року містить зображення міст, портрети людей та костюмів. Ці видання, надруковані в Німеччині, є найбільш цінними.
Однією з головних робіт Мюнстера стала «Космографія» (Базель, 1544), найдавніший опис світу на німецькій мові, що заснована як на друкованих джерелах так і на повідомленнях різних людей і закладів. Це збірка історико-географічних і біологічних даних, що значною мірою сприяла розповсюдженню географічних знань і стала зразком для наступних укладачів космографій. «Космографія» була однією з найуспішніших і найпопулярніших робіт 16 століття. Упродовж століття праця витримала 24 перевидання мовою оригіналу — німецькій та в перекладах латинською, французькою, італійською, англійською, чеською мовами. Крім карт, вона включала портрети державних діячів, з їх гербами та великою кількістю гравюр, серед яких були роботи Ганса Гольбейна Молодшого, Урса, Ганса Рудольфа Мануеля Дойча та Девіда Канделя. Останнє німецьке видання було опубліковане в 1628 році, задовго після його смерті.
Мюнстер також був знаний як перекладач Hebraica Biblia. Його видання вийшло у двох томах (Базель, 1546). Перший том містить Genesis-2 Kings, за наказом кодексів Masoretic, другий том: Пророки (Major та Minor), Псалми, Іов, прислів'їв, Данило, хроніки, і п'ять Сувоїв (Пісня Пісень, Руф, Плач, Проповідник і Естер).
У 1540 р. Себастьян Мюнстер видає карту «POLONIA ET VNGARIA XV NOVA TABVLA» (Польща та Угорщина). У виданнях 1545 і 1552 рр. заголовок в назві карти має позначення «XX», в інших виданнях — «XV». Формат мапи 14 x 10 дюймів. Мапа регулярно перевидавалась до 1628 р. (близько 40 видань) і цікава тим, що на ній чи не вперше присутні регіональні назви українських земель: Rvssia (Русь), Leopol (Львів), Podolia (Поділля), Volhinia (Волинь), Pokutze (Покуття), Codimia (Кодимія), Bessarabia (Бессарабія), Tartaria minor (Мала Татарія), Tartaria Przecopen[sis] (Перекопська Татарія) (останні дві території належать до Північного Причорномор'я і Кримського півострова). Показано сусідів українських історико-культурних регіонів — Молдову (Mvldavia), Трансільваніїю (Transilvania), Волощину (Valachia) та ін.[6].
Подібною до цієї є його карта «Новий опис Польщі та Угорщини», видана в цьому ж швейцарському місті у 1559 р. Позначені ті ж самі українські регіони (без кордонів). На мапі показано гори Карпати (без назви)[6].
Karl Heinz Burmeister: "Sebastian Münster — Versuch eines biographischen Gesamtbildes". Basler Beiträge zur Geschichtswissenschaft, Band 91, Basel und Stuttgart 1963 und 1969.
Karl Heinz Burmeister: Sebastian Münster — Eine Bibliographie. Wiesbaden 1964.
Hans Georg Wehrens: Freiburg in der «Cosmographia» von Sebastian Münster (1549); in Freiburg im Breisgau 1504 — 1803, Holzschnitte und Kupferstiche. Verlag Herder, Freiburg 2004, S. 34 ff. ISBN 3-451-20633-1.
Günther Wessel: Von einem, der daheim blieb, die Welt zu entdecken — Die Cosmographia des Sebastian Münster oder Wie man sich vor 500 Jahren die Welt vorstellte. Campus Verlag, Frankfurt 2004, ISBN 3-593-37198-7.