Підводний човен проходив службу на Середземному морі, базувався на Мальті, коли в Європі розпочалась війна. Протягом вересня «Сілайон» проводив низку навчань та тренувань в акваторії Середземного моря разом з човнами «Отвей», «Попос», «Кашалот», «Шарк».
11 жовтня1939 року корабель разом з субмаринами «Селмон», «Снеппер» і «Шарк» вийшов до берегів Англії та прибув 22 числа до Портсмута. Невдовзі після прибуття підводний човен увійшов до складу сил, що здійснювали протичовнове патрулювання у Північному морі.
Надалі «Сілайон» протягом зими-весни 1940 року провів декілька бойових виходів у море, патрулював навколишні води. 11 квітня 1940 року, під час 6-го походу, він здобув першу перемогу, потопивши німецьке транспортне судно August Leonhardt неподалік від данського острову Ангольт у протоці Каттегат.
24 липня 1940 року «Сілайон» поблизу Ставангера торпедною атакою намагався знищити німецький підводний човен U-69, проте невдало.
4 серпня 1940 року корабель атакував неподалік від Гомборзунда (Грімстад) норвезький торговельний корабель Toran та потопив його.
5 лютого1941 року у 13-му бойовому виході в море підводний човен торпедною атакою затопив норвезький транспортник Ryfylke неподалік від півострова Штад.
Командувач підводними силами британського флоту віддав наказ на перехоплення німецьких кораблів шести підводним човнам («Сілайон», «Сівулф», «Старджен», «Пандора», «Тігріс» і H44), які висунулись на позиції 120 миль західніше Бреста.
27 травня «Сілайон» вийшов на визначену позицію в Біскайській затоці, а 30 числа шістьма торпедами атакував німецький підводний човенU-74, але промахнувся.
На початку липня 1941 року під час 18-го походу, бойовий корабель затопив у Біскайській затоці французькі риболовецькі судна Christus Regnat, Gustave та St Pierre d'Alcantara.
У жовтні 1941 року підводний човен перевели на північний напрямок, «Сілайон» здійснив декілька рейдів до радянського Полярного з різнорідними завданнями, а потім базувався на цю ВМБ.
У листопаді-грудні 1941 року «Сілайон» діяв на північних морських комунікаціях, під час 20 та 21 походів затопив норвезьке судно «Bessheim», невеликий береговий танкер«Vesco», що перевозив бензин до Кіркенеса і каботажнесудно«Island», що працювали в інтересах нацистів.
26 грудня1941 року підводний човен узяв участь у проведенні спеціальної операції британських командос, під кодовою назвою операція «Анкліт» — рейд No. 12 Commando на Лофотенські острови за підтримки 22 кораблів та суден трьох флотів. У той час німецькі військовики переважно святкували наступне свято після Різдва — День подарунків. Протягом двох діб оперативна група флоту[Прим. 1] та командос утримували низку важливих об'єктів на островах, зокрема вивели з ладу 2 ворожі радіостанції та потопили декілька суден. За результатами рейду Гітлер був певен, що союзники розпочали вторгнення до Норвегії, й віддав наказ утримувати в країні значні сили та засоби[2].
Після завершення спеціальної операції, підводний човен переведений на патрулювання поблизу прибережних вод Шотландії, у квітні 1942 року прибув до Блайта, де встав на ремонт.
8 жовтня 1942 року після завершення ходових випробувань, «Сілайон» вийшов з Голі-Лох та з субмаринами «Урсула», «Юнік» і трофейною «Граф» здійснив перехід до Біскайської затоки.
До листопада 1943 року підводний човен виконував різні бойові завдання, доки не був виведений до резерву; базувалась на Ротсей.
3 березня 1943 року використовувався кораблями британського флоту в ролі мішені, затоплений неподалік від ірландських Аранських островів.
Colledge, J. J.; Warlow, Ben (2006) [1969]. Ships of the Royal Navy: The Complete Record of all Fighting Ships of the Royal Navy (Rev. ed.). London: Chatham Publishing. ISBN 978-1-86176-281-8. OCLC 67375475.
.svg){kind=small}
