COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK) — група агенцій охорони здоров'я та наукових установ Великої Британії, створена в квітні 2020 року[1][2][3] для збору, секвенування та аналізу геномів SARS-CoV-2 в рамках протидії пандемії COVID-19. До консорціуму увійшли чотири британські агенції охорони здоров'я, організації Національної служби охорони здоров'я, академічні партнери та Інститут Велкома Сенгера. Консорціум став відомий тим, що в листопаді 2020 року вперше ідентифікував Альфа-варіант SARS-CoV-2 (на той час він називався Variant of Concern 202012/01).[4] Станом на січень 2021 року 45 % усіх послідовностей SARS-CoV-2, завантажено в базу даних секвенування GISAID, походили від COG-UK.[5][6][7]
У квітні 2021 року COVID-19 Genomics UK Consortium розпочав запланований перехід секвенування до використання всередині країни із завершенням цього процсу до вересня 2021 року.[8] Консорціум заявив, що їх пріоритетами після цього переходу є зв'язок даних, дослідження та міжнародне навчання.[9]
Раннє та широкомасштабне скоординоване національне секвенування геномів вірусу SARS-CoV-2 разом із відкритим та швидким обміном геномними даними мало такий вплив на перші 12 місяців заходів боротьби з пандемією COVID-19[10]:
У квітні 2021 року консорціум оголосив про свої стратегічні пріоритети на наступні 12 місяців[9]:
COVID-19 Genomics UK Consortium підтримувався фінансуванням у розмірі 20 мільйонів фунтів стерлінгів від міністерства охорони здоров'я та соціального забезпечення, управління досліджень та інновацій Великої Британії та Інституту Велкома Сенгера.[1] 16 листопада 2020 року консорціум також отримав підтримку Інноваційного фонду тестування міністерства охорони здоров'я та соціального забезпечення, щоб сприяти секвенуванню геному, необхідному для розробки заходів на зростаючу кількість випадків COVID-19 у Великій Британії в зимовий період.[20]
Партнерами в консорціумі були Інститут Сенгера, «Quadram Institute» та ще 15 університетів[21], включаючи Королівський університет Белфасту, Бірмінгемський університет, Кардіффський університет, Кембриджський університет, Единбурзький університет, Ексетерський університет, Університет Глазго, Ліверпульський університет, Нортумбрійський університет, Ноттінгемський університет, Оксфордський університет, Портсмутський університет, Університетський коледж Лондона, Імперський коледж Лондона та Шеффілдський університет.[22]
Першим ініціатором[23] і виконавчим директором консорціуму є Шерон Пікок, професор і мікробіолог Кембриджського університету.[24][5] Від початку пандемії до вересня 2021 року Пікок була відряджена на неповний робочий день у службу охорони здоров'я Англії як директор з науки, де вона зосереджувалася на розробці секвенування патогенів через COVID-19 Genomics UK Consortium.[25]
Під час пандемії COVID-19 широко використовувалися інструменти, розроблені членами консорціуму, зокрема, наприклад, «Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages» (PANGOLIN)[26] і «COG-UK Mutation Explorer».[27] Альфа-варіант SARS-CoV-2 був виявлений у листопаді 2020 року консорціумом «COVID-19 Genomics UK Consortium»[4][28], і цей варіант став предметом тогочасних досліджень британськими агенціями охорони здоров'я, координованими Службою охорони здоров'я Англії та за підтримки «COVID-19 Genomics UK».[29]
До грудня 2020 року кількість послідовностей, завантажених у GISAID COVID-19 Genomics UK Consortium, становила трохи менше 5 % усіх випадків COVID-19 у Великій Британії, порівняно з 3,2 % у США і 60 % в Австралії.[5] Приблизно 60 % з них були секвеновані в Інституті Велкома Сенгера[24], і консорціум COVID-19 Genomics UK Consortium, як повідомляється, зрозумів «генетичну історію понад 150 тисяч зразків вірусу SARS-CoV-2».[30]
За даними веб-сайту COVID-19 Genomics UK Consortium, до грудня 2021 року у Великій Британії секвенувала понад 1,8 мільйона геномів SARS-CoV-2.[31]
{{cite journal}}