У молодіжному віці мав вибір за яку національну збірну виступати. Хуан — уродженець Агентини, який більшість життя прожив у Парагваї. Після товариського матчу в складі національної збірної Парагваю, відіграв три роки за молодіжну збірну Аргентини та зрештою обрав Парагвай.
У дорослому футболі дебютував 2009 року виступами за команду клубу «Серро Портеньйо», в якій провів два сезони, взявши участь у 22 матчах чемпіонату.
Своєю грою за цю команду привернув увагу представників тренерського штабу клубу «Порту», до складу якого приєднався 2011 року. Відіграв за клуб з Порту наступні два сезони своєї ігрової кар'єри.
Частину сезону 2013/14 років був орендований клубом «Рівер Плейт», згодом уклав контракт з італійським клубом «Верона».
2014 року уклав контракт з клубом «Рома», у складі якого провів наступні два роки своєї кар'єри гравця.
Протягом першої половини 2016 року захищав кольори команди клубу «Борнмут» перебуваючи там на правах оренди.
До складу клубу «Рома» повернувся з оренди влітку 2016 року. Надалі він знов на правах оренди захищав кольори команд «Торіно» мексиканських «Тіхуана» та УНАМ Пумас.
Виступи за збірні
2008 року дебютував у складі юнацької збірної Парагваю, взяв участь у 4 іграх на юнацькому рівні, відзначившись 2 забитими голами.
Протягом 2009—2013 років залучався до складу молодіжної збірної Парагваю. На молодіжному рівні зіграв у 21 офіційному матчі, забив 6 голів.
2009 року дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Парагваю. Наразі провів у формі головної команди країни 12 матчів.